genome.fa.s43.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold43
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2559314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735406--735470	27	2.4	27	85	12	80	61	1	4	32	1.26
735459--735524	18	3.6	18	73	22	57	59	0	0	40	0.98
735459--735613	22	7.1	23	66	21	75	58	0	0	40	1.03
735467--735553	29	2.7	32	81	16	99	54	0	1	44	1.07
735499--735571	29	2.6	27	80	6	92	53	0	1	45	1.09
735459--735612	65	2.4	65	77	10	151	58	0	0	40	1.03
735549--735606	21	2.8	20	80	17	66	62	0	0	37	0.96
736935--736989	29	1.9	28	85	3	74	58	0	30	10	1.33
746010--746082	38	2.0	35	84	12	94	42	0	1	56	1.08
746136--746521	137	2.8	136	87	3	551	37	11	6	44	1.66
751814--751844	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
751844--751880	2	18.0	2	88	5	56	45	2	0	51	1.15
753047--753087	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
763820--763869	22	2.3	22	85	0	64	58	2	0	40	1.10
765772--765825	11	5.2	11	73	13	51	61	0	0	38	0.96
765776--765827	16	3.4	16	77	20	56	59	0	0	40	0.97
765903--765943	19	2.3	19	91	8	68	68	0	0	31	0.90
766121--766184	27	2.4	27	82	10	80	56	0	0	43	0.99
766544--766594	24	2.1	24	85	7	68	56	3	1	37	1.29
766631--766694	28	2.3	26	76	10	65	53	0	4	42	1.22
774119--774147	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
775939--775967	15	1.9	15	100	0	58	51	6	20	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780420--780454	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
783380--783497	11	10.6	11	72	18	66	60	0	0	38	1.03
783370--783500	32	4.4	29	75	17	94	60	0	0	38	1.02
783417--783471	18	3.1	17	76	10	56	56	0	0	43	0.99
783667--783725	19	3.0	20	85	9	77	49	0	0	50	1.00
783667--783731	11	6.3	10	71	18	53	47	0	0	52	1.00
784465--784497	6	5.8	6	86	13	52	81	0	0	18	0.68
784463--784497	11	3.2	11	100	0	70	80	0	0	20	0.72
785120--785210	24	3.5	24	69	22	60	61	1	3	34	1.19
785555--785601	23	2.0	24	88	8	71	65	10	4	19	1.39
785851--785892	17	2.6	16	82	14	50	57	4	2	35	1.33
786180--786219	12	3.3	12	86	10	55	0	17	0	82	0.67
786181--786219	8	4.8	8	83	3	51	0	17	0	82	0.68
786182--786220	16	2.5	16	91	4	62	0	20	0	79	0.73
786772--786823	6	7.8	6	80	16	50	63	0	0	36	0.95
786790--786829	8	5.4	8	82	11	50	72	0	0	27	0.85
786772--786828	14	4.1	14	77	6	62	64	0	0	35	0.93
786716--786823	19	5.6	19	69	17	62	61	1	0	36	1.13
788801--788835	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
788925--788988	28	2.3	28	75	5	67	50	0	0	50	1.00
789131--789176	21	2.2	21	88	0	65	50	0	0	50	1.00
789125--789178	26	2.0	28	85	7	76	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789133--789165	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
789283--789315	5	7.0	5	86	13	52	42	0	0	57	0.98
789282--789311	9	3.3	9	100	0	60	43	0	0	56	0.99
789299--789379	30	2.5	33	86	9	105	50	4	1	43	1.31
789368--789425	9	6.4	9	74	7	55	46	1	1	50	1.22
789365--789405	5	8.6	5	84	10	50	51	0	2	46	1.14
789384--789438	27	2.0	27	82	6	67	38	3	3	54	1.36
789962--790253	148	2.0	148	92	1	487	44	10	5	40	1.61
793051--793080	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
793511--793539	14	2.1	14	93	6	51	20	3	6	68	1.27
794280--794307	12	2.3	12	100	0	56	78	0	7	14	0.95
794375--794405	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
795005--795080	12	6.2	12	70	18	50	52	0	2	44	1.14
798892--798922	15	2.1	15	94	5	55	19	3	0	77	0.90
799648--799689	8	5.2	8	88	0	57	47	0	4	47	1.23
799648--799689	6	7.0	6	88	0	57	47	0	4	47	1.23
800249--800283	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
800524--800560	14	2.6	14	91	0	56	32	2	0	64	1.07
800887--802347	206	7.0	206	87	3	1985	32	14	13	38	1.86
800887--802348	632	2.3	622	87	4	2072	32	14	13	38	1.86
807006--807048	20	2.2	20	91	4	70	55	4	0	39	1.20
807000--807047	20	2.6	17	78	15	60	50	6	0	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807544--807601	16	3.5	16	78	4	62	29	0	1	68	0.99
808050--808110	32	1.9	32	86	6	88	50	3	3	42	1.34
808065--808122	16	3.7	15	82	8	62	51	1	3	43	1.28
808050--808122	32	2.3	32	83	6	87	52	2	2	42	1.30
814966--814996	10	3.0	10	90	9	53	29	3	0	67	1.06
816059--816112	17	3.0	18	81	13	58	31	0	5	62	1.18
816102--816150	22	2.2	23	79	17	59	53	0	4	42	1.20
816207--816240	15	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
816891--816940	26	2.0	25	84	4	64	42	2	0	56	1.11
816915--816956	20	2.1	20	86	0	57	57	0	0	42	0.99
816928--816959	11	3.1	11	86	13	50	59	0	0	40	0.97
817429--817494	14	4.4	14	77	17	62	56	0	0	43	0.99
817430--817538	32	3.6	31	76	18	115	56	0	0	43	0.99
817863--817995	39	3.6	40	75	19	103	60	1	2	35	1.18
817935--817999	5	12.2	5	78	12	67	64	0	0	35	0.94
817918--817996	21	3.7	22	77	19	87	65	0	0	34	0.93
817888--817995	33	3.2	33	83	11	123	63	0	0	34	1.07
817934--817999	11	6.1	11	82	10	91	65	0	0	34	0.93
817918--817999	22	3.8	21	78	16	71	65	0	0	34	0.93
818240--818294	20	2.7	20	83	8	58	52	0	1	45	1.11
818222--818292	28	2.5	28	71	13	65	53	2	1	42	1.24
818955--819015	25	2.5	24	81	7	68	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819080--819124	24	1.9	23	81	4	54	37	2	4	55	1.32
821050--821129	17	4.9	17	71	18	62	45	1	1	52	1.16
821017--821147	47	2.8	46	82	11	135	40	0	3	54	1.24
822252--822310	3	19.3	3	73	16	50	35	0	0	64	0.94
822254--822312	22	2.8	21	78	14	66	33	0	0	66	0.92
822279--822328	13	3.8	13	82	10	66	32	2	2	64	1.16
822278--822334	13	4.4	14	73	20	52	35	3	1	59	1.25
822528--822571	20	2.2	20	92	8	72	61	0	0	38	0.96
822754--822802	24	2.0	24	84	8	62	48	0	2	48	1.12
827099--827143	21	2.1	22	88	8	67	48	0	0	51	1.00
827914--827952	17	2.3	17	95	0	69	33	7	10	48	1.66
828711--828755	23	2.0	23	86	8	65	48	13	2	35	1.54
829096--829138	21	2.1	20	87	12	61	60	4	0	34	1.17
829160--829218	30	2.0	30	96	3	111	67	0	3	28	1.06
829740--829788	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
834170--834218	21	2.3	21	82	10	55	40	2	2	55	1.23
836339--836393	22	2.4	23	84	6	67	41	3	1	52	1.29
838140--838168	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
838334--838369	8	4.6	8	89	3	56	52	5	0	41	1.24
840416--840466	24	2.1	25	82	7	61	43	1	3	50	1.31
841152--841191	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
841493--841525	14	2.4	14	90	10	50	54	6	6	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841765--841800	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
842583--842631	20	2.3	22	86	10	66	34	0	6	59	1.22
843221--843248	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
844740--844817	5	15.0	5	69	12	50	16	6	2	74	1.14
844772--844819	11	4.4	11	87	10	71	16	2	2	79	0.93
846437--846539	34	3.0	34	72	16	104	42	7	0	48	1.38
846394--846566	68	2.5	68	86	2	231	43	4	2	48	1.38
852436--852470	18	1.9	18	88	0	52	51	0	5	42	1.25
852435--852477	18	2.3	18	80	4	50	53	0	4	41	1.21
852881--852923	22	1.9	23	86	13	63	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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