genome.fa.s43.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold43
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2559314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  7  of  19  ( 2200 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853612--853668	20	2.9	20	84	12	66	42	0	0	57	0.98
853635--853680	20	2.2	20	88	3	65	47	0	0	52	1.00
854493--854550	29	2.0	29	93	0	98	25	25	8	39	1.84
855347--855388	22	1.9	22	85	0	57	30	14	14	40	1.85
859123--859180	29	2.0	29	96	0	107	24	25	10	39	1.87
861757--861819	33	1.9	33	96	0	117	30	14	25	30	1.95
863258--863282	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
863542--863735	48	4.1	47	75	10	132	43	4	6	45	1.51
863674--863736	24	2.6	25	76	14	69	44	6	3	46	1.45
863540--863748	46	4.4	47	76	7	156	44	4	6	44	1.51
865886--865925	16	2.4	17	87	8	55	42	10	10	37	1.72
866095--866133	20	2.0	20	89	0	60	53	0	5	41	1.23
867874--867909	17	2.2	16	90	5	54	55	0	0	44	0.99
871439--871468	14	2.1	14	100	0	60	36	0	0	63	0.95
874286--874318	6	5.7	6	89	7	50	33	0	12	54	1.37
875666--875732	14	5.0	14	71	20	54	49	0	0	50	1.00
875667--875747	24	3.6	24	77	12	66	45	1	1	51	1.16
876782--876819	18	2.1	19	85	9	53	60	0	0	39	0.97
877318--877368	18	2.6	19	84	9	59	50	1	1	45	1.24
879062--879100	11	3.5	11	82	0	51	35	5	0	58	1.20
879156--879251	18	5.3	18	71	20	67	32	1	2	64	1.12
879167--879251	27	3.2	27	80	14	88	30	1	2	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879161--879241	9	8.4	10	74	16	73	29	1	1	67	1.06
879572--879601	16	1.9	15	93	6	51	43	0	0	56	0.99
880285--880334	24	2.2	24	82	7	59	46	2	0	52	1.12
880291--880369	24	3.2	24	72	21	65	39	1	0	59	1.06
881373--881411	18	2.2	18	86	9	53	58	5	0	35	1.20
881919--881961	18	2.2	19	80	16	52	51	0	0	48	1.00
882023--882061	19	2.0	21	85	10	55	51	0	0	48	1.00
882541--882578	6	6.7	6	85	11	53	68	2	0	28	1.03
882541--882579	11	3.5	11	89	3	60	69	2	0	28	1.02
883468--883505	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
883799--883883	11	8.4	11	69	20	60	34	2	0	63	1.07
883793--883867	27	2.8	28	86	8	102	32	2	0	65	1.07
883793--883872	26	3.2	25	75	8	74	31	2	0	66	1.05
884152--884216	26	2.5	27	80	12	82	52	1	0	46	1.10
884152--884222	25	2.7	26	77	12	74	52	2	0	45	1.15
884233--884265	12	2.5	14	85	14	52	45	6	0	48	1.27
884273--884312	9	4.4	9	87	9	55	57	2	0	40	1.12
887277--887312	15	2.4	15	100	0	72	44	5	13	36	1.68
891660--891701	2	22.0	2	85	9	52	54	0	0	45	0.99
892311--892348	15	2.4	16	82	4	51	28	0	2	68	1.03
893615--893648	11	3.2	11	87	4	52	61	0	0	38	0.96
893613--893649	10	3.6	10	85	7	56	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894954--895039	31	2.8	31	80	15	83	40	0	0	59	0.97
894972--895054	19	4.7	19	72	28	76	38	1	0	60	1.05
894972--895064	11	9.0	11	69	28	62	38	1	0	60	1.04
895031--895069	12	3.3	12	82	7	53	41	5	0	53	1.23
894972--895064	30	3.4	27	80	18	104	38	1	0	60	1.04
894977--895058	43	2.0	40	81	11	94	39	1	0	59	1.05
895427--895483	22	2.7	21	75	5	53	31	3	3	61	1.30
896701--896757	24	2.5	23	81	13	64	47	0	3	49	1.18
897502--897553	15	3.2	17	75	24	51	42	0	1	55	1.10
897502--897609	31	3.4	32	79	7	96	38	0	1	58	1.15
897502--897610	19	5.8	18	71	17	71	38	0	1	58	1.15
897573--897613	12	3.2	12	89	6	55	31	0	0	68	0.90
897526--897634	31	3.6	28	75	18	87	36	0	0	61	1.09
897573--897634	18	3.4	19	82	14	69	32	0	0	67	0.91
897573--897634	20	3.4	18	80	20	67	32	0	0	67	0.91
898752--898798	2	23.5	2	91	0	76	55	0	0	44	0.99
899469--899573	52	2.0	53	83	1	131	43	16	8	31	1.78
900264--900295	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
902684--902729	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
903822--903872	26	2.0	27	84	7	70	43	0	5	50	1.26
903894--903930	16	2.3	16	90	0	56	51	8	2	37	1.46
903905--903966	31	2.0	32	83	3	81	50	6	6	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905161--905242	3	27.3	3	100	0	164	67	0	0	32	0.91
905622--905663	21	1.9	22	90	9	68	66	4	0	28	1.12
906319--906377	19	3.2	18	77	18	68	69	1	0	28	0.98
906328--906382	18	3.1	17	77	10	56	65	1	0	32	1.03
906321--906399	36	2.2	34	86	6	104	65	2	0	31	1.06
906309--906376	12	5.8	12	73	10	52	69	1	0	29	0.98
906321--906399	17	4.4	19	74	22	73	65	2	0	31	1.06
906747--906781	16	2.2	16	89	0	52	34	0	11	54	1.37
907658--907691	14	2.4	14	90	5	50	61	0	0	38	0.96
909247--909299	15	3.4	16	82	12	67	28	0	0	71	0.86
909246--909308	20	3.3	19	78	20	69	26	0	0	73	0.84
909247--909296	26	2.0	23	85	11	64	28	0	0	72	0.86
911461--911542	15	5.5	15	66	8	51	50	0	0	50	1.00
912187--912226	21	1.9	21	85	10	55	52	0	0	47	1.00
912361--912400	20	2.0	21	85	5	55	40	0	5	55	1.22
916667--916725	27	2.2	26	82	11	66	44	0	1	54	1.10
917751--917792	20	2.1	20	82	8	50	30	2	4	61	1.29
918885--918909	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
921840--921893	21	2.6	21	100	0	108	18	27	16	37	1.93
924844--924873	11	2.6	12	89	10	53	66	0	0	33	0.92
925872--925898	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
926323--926353	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927094--927169	15	4.9	15	74	4	53	57	3	0	38	1.17
927095--927168	16	4.8	16	80	5	71	56	4	0	39	1.18
927428--927476	18	2.9	17	72	22	50	55	6	0	38	1.25
928882--928918	10	3.5	11	82	10	51	62	0	0	37	0.96
930895--930939	23	2.0	23	86	8	65	55	0	0	44	0.99
930977--931001	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
934751--934796	23	2.0	23	100	0	92	47	4	8	39	1.54
935234--935277	23	1.9	23	85	0	61	52	6	4	36	1.49
935553--935582	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
935615--935739	64	2.0	63	88	1	187	57	5	1	35	1.32
935678--935711	13	2.6	13	85	0	50	61	5	0	32	1.20
935668--935742	29	2.5	31	76	4	82	57	4	0	38	1.18
935619--935757	64	2.2	64	83	3	156	57	7	1	33	1.35
941843--941930	30	3.0	30	76	18	94	55	0	0	44	0.99
942837--942879	22	2.0	22	90	9	70	39	0	0	60	0.97
943626--943656	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
944339--944397	11	5.4	11	74	13	59	28	1	0	69	0.98
944351--944394	16	2.9	14	78	21	52	27	2	0	70	0.99
944730--944760	13	2.5	12	90	10	53	29	3	0	67	1.06
945550--945582	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
947054--947088	18	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
947576--947616	9	4.7	9	80	14	50	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947576--947624	17	2.8	19	85	14	63	34	0	0	65	0.93
948224--948255	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
948682--948723	10	4.1	10	84	6	57	35	0	2	61	1.09
948843--948965	62	2.0	62	90	0	192	50	3	1	44	1.27
948930--948977	15	3.2	15	80	11	62	52	4	0	43	1.20
948875--948985	30	3.7	30	77	11	120	51	3	0	45	1.18
948934--948985	15	3.4	15	79	12	61	50	3	0	46	1.20
949406--949430	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
953210--953255	17	2.9	15	78	12	56	45	8	2	43	1.47
956930--956989	22	2.5	24	82	15	72	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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