genome.fa.s439.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold439
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468--2496	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3388--3418	12	2.7	12	95	5	55	58	6	0	35	1.24
3619--3645	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
4655--4688	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
5510--5542	15	2.2	15	100	0	66	24	0	0	75	0.80
8323--8373	27	1.9	27	84	4	68	31	19	29	19	1.97
10581--10665	20	3.7	20	71	28	71	42	11	17	28	1.84
14535--14573	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
15533--15562	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21131--21164	5	6.6	5	93	6	59	55	0	0	44	0.99
21208--21242	13	2.8	12	87	8	52	42	0	5	51	1.25
21208--21242	6	5.7	6	86	6	52	42	0	5	51	1.25
21287--21340	24	2.3	25	90	9	87	35	0	0	64	0.94
21264--21343	13	5.7	14	75	23	71	36	0	0	63	0.94
21268--21343	39	2.0	38	85	12	102	34	0	0	65	0.93
21904--21944	16	2.5	17	88	4	57	31	0	0	68	0.90
25840--25976	51	2.7	52	89	1	204	40	11	17	30	1.85
27231--27280	18	2.8	18	79	11	57	34	6	12	48	1.65
28490--28542	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
28530--28554	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29108--29152	22	2.0	22	91	8	74	35	31	0	33	1.58
31007--31045	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37214--37238	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37281--37335	21	2.6	21	100	0	110	29	18	14	38	1.90
37323--37386	20	3.5	20	72	27	79	29	15	18	35	1.92
37341--37366	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37323--37386	33	1.9	33	100	0	128	29	15	18	35	1.92
37324--37394	33	2.2	33	94	0	124	29	16	16	36	1.92
38449--38545	51	1.9	50	89	4	151	25	14	11	48	1.77
38449--38569	57	2.3	50	84	9	143	27	14	10	47	1.78
38488--38569	26	2.9	27	71	16	85	28	14	8	48	1.73
40315--40531	97	2.2	97	89	0	317	30	11	27	30	1.91
41488--41553	12	5.3	12	83	5	69	1	19	1	77	0.93
41512--41553	22	1.9	22	90	0	66	2	19	0	78	0.86
42372--42500	32	4.2	32	78	8	110	17	18	34	28	1.94
42449--43299	28	30.3	28	80	5	548	27	15	30	27	1.96
42417--43851	56	25.8	57	79	8	694	28	15	29	25	1.96
42611--43846	27	44.7	27	78	7	561	29	15	29	25	1.96
42805--43852	54	19.0	55	78	7	702	30	15	29	24	1.95
52360--52417	1	58.0	1	78	0	53	87	5	6	0	0.65
52358--52415	28	2.0	30	93	6	102	84	5	10	0	0.77
52358--52418	30	2.0	30	90	6	97	83	4	11	0	0.79
58662--58698	14	2.6	14	95	0	65	18	10	37	32	1.86
60041--60278	97	2.5	96	84	3	316	31	11	26	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61917--61975	12	4.7	13	84	14	79	0	18	0	81	0.69
67780--67809	7	4.4	7	95	4	53	40	0	0	60	0.97
68191--68221	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
71644--71690	23	2.0	24	87	4	69	48	0	0	51	1.00
74261--74302	22	1.9	22	85	0	57	40	4	11	42	1.63
75147--75231	3	28.3	3	95	0	107	61	0	31	7	1.23
75734--75775	22	1.9	22	85	9	59	14	14	23	47	1.80
77147--77173	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
78682--78801	60	2.0	60	96	0	222	23	24	15	36	1.94
79033--79103	32	2.2	32	80	5	81	52	8	5	33	1.55
79050--79101	16	3.3	15	78	5	50	50	9	5	34	1.59
80262--80298	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
81902--81969	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
81924--81949	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82001--82053	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
82063--82105	20	2.2	20	82	0	50	34	16	13	34	1.88
85743--85891	52	2.9	51	87	4	217	31	18	18	32	1.94
85943--86000	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
91649--91801	77	2.0	76	92	2	254	49	10	4	35	1.58
91770--91821	4	13.2	4	80	11	63	76	0	1	21	0.87
92367--92431	19	3.8	18	73	24	68	32	10	16	40	1.84
92369--92439	32	2.2	32	94	0	124	32	11	18	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92388--92412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92482--92507	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93039--93072	12	2.7	13	95	4	61	85	14	0	0	0.60
93042--93075	11	3.0	11	91	4	50	82	17	0	0	0.67
94877--94993	51	2.4	51	83	15	140	30	23	11	34	1.91
95115--95284	52	3.3	52	81	2	191	28	26	12	32	1.92
95011--95183	79	2.2	80	85	5	226	25	29	15	30	1.95
94876--95464	290	2.1	284	84	5	774	27	26	13	32	1.94
95297--95518	78	2.8	78	76	5	223	25	28	15	30	1.96
107904--107963	13	4.5	13	81	10	68	86	10	3	0	0.67
107905--107945	21	1.9	22	95	5	75	87	9	2	0	0.62
107908--107963	17	3.3	18	80	12	73	85	10	3	0	0.71
108947--109714	55	13.3	59	85	6	840	27	26	20	25	1.99
110433--110509	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
110546--110596	19	2.7	19	93	0	84	33	11	15	39	1.84
110647--110672	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111186--111217	12	2.7	12	95	0	55	87	12	0	0	0.54
111189--111219	10	3.1	10	95	0	53	87	12	0	0	0.55
113018--113134	51	2.4	48	79	12	123	30	22	11	35	1.90
113116--113192	27	2.8	27	86	2	100	23	31	19	25	1.98
113145--113324	80	2.3	80	85	2	238	25	28	16	30	1.97
113256--113424	51	3.3	51	82	3	196	29	26	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114895--115054	29	5.5	28	75	14	128	33	16	8	41	1.77
114895--115031	29	4.7	29	80	5	134	32	18	8	41	1.79
116865--117156	150	1.9	149	79	8	324	53	7	6	32	1.55
118992--119046	20	2.8	20	97	0	101	29	14	10	45	1.79
121503--121622	51	2.4	51	77	2	134	31	21	11	35	1.90
121605--121677	27	2.7	27	80	6	85	23	30	20	26	1.99
121659--121778	51	2.4	51	88	0	168	29	26	14	30	1.95
121710--121939	79	2.9	79	82	2	273	29	23	13	33	1.94
129253--129302	23	2.2	23	96	0	91	48	6	22	24	1.73
130522--130591	16	4.4	16	81	13	90	15	11	28	44	1.81
130506--130568	32	1.9	33	90	3	101	15	12	25	46	1.82
130509--130607	32	3.0	33	82	7	96	13	9	31	46	1.74
131333--131377	24	1.9	23	81	4	54	48	6	0	44	1.29
135846--135871	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
136665--136704	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
140873--140908	9	4.0	9	92	0	54	16	22	36	25	1.94
141816--142332	43	10.8	52	76	14	252	33	17	23	24	1.96
141883--142350	43	10.1	43	78	11	414	32	17	25	25	1.97
141830--142072	95	2.5	96	86	4	308	34	17	23	24	1.95
142027--142094	21	3.2	21	62	25	52	30	17	26	25	1.97
141978--142350	92	4.1	92	91	0	568	32	17	25	24	1.97
142338--142535	32	6.2	32	90	4	305	17	18	34	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142546--142802	35	7.6	35	84	9	304	33	12	33	21	1.91
142546--142802	71	3.8	68	83	11	312	33	12	33	21	1.91
142644--142771	62	2.1	62	91	2	204	32	12	33	21	1.90
142615--142797	96	1.9	98	88	4	282	32	13	33	20	1.91
142772--143046	32	8.6	31	86	7	356	30	16	30	21	1.95
142775--143046	64	4.3	64	92	2	442	30	16	30	22	1.96
142706--143020	127	2.4	130	89	4	467	31	15	31	21	1.94
143980--144022	12	3.7	12	84	9	54	2	0	11	86	0.67
143980--144022	17	2.6	16	85	10	52	2	0	11	86	0.67
144273--144311	11	3.5	11	92	0	60	2	2	10	84	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7