genome.fa.s439.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold439
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 799 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144281--144322	11	3.8	11	90	0	57	4	4	11	78	1.06
151055--151090	9	4.0	9	92	0	54	16	25	36	22	1.94
151256--151384	52	2.5	52	98	0	249	28	17	18	35	1.93
151393--151417	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
151458--151523	32	2.0	33	91	2	107	34	16	13	34	1.88
152646--152694	13	3.6	14	81	13	50	63	0	32	4	1.13
160430--160479	19	2.5	20	87	6	66	50	0	2	48	1.12
160483--160524	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
165473--165514	22	1.9	22	85	9	59	64	7	4	23	1.38
168642--168691	20	2.5	20	83	6	57	32	12	10	46	1.74
168726--168787	21	3.0	21	82	0	79	38	14	8	38	1.76
168635--168881	113	2.2	114	78	5	261	36	15	11	36	1.84
169743--169798	20	2.8	21	81	5	71	28	16	14	41	1.87
169784--169810	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
170524--170557	9	3.8	9	92	0	59	76	8	11	2	1.12
176377--176409	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
177991--178079	20	4.5	19	80	12	90	29	10	15	44	1.79
179154--179203	20	2.6	19	83	3	64	36	12	12	40	1.79
179921--179960	21	2.0	21	85	14	57	50	12	15	22	1.77
180208--180279	20	3.7	20	83	3	101	41	15	15	27	1.87
180327--180351	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
180307--180371	33	2.0	33	87	6	96	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187930--187998	33	2.1	33	88	0	102	21	21	21	34	1.97
188953--188979	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
192219--192245	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
192316--192340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192296--192358	33	1.9	33	83	0	81	33	11	20	34	1.88
200347--200411	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
200365--200390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
200347--200411	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
202607--202656	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
204454--204484	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
206565--206602	13	2.9	13	88	0	58	34	13	15	36	1.87
206713--206758	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
209127--209189	19	3.6	19	76	24	84	42	15	12	28	1.84
209145--209202	13	4.0	13	76	23	62	41	15	13	29	1.86
209127--209223	32	3.0	32	95	3	167	44	14	12	28	1.81
220748--221457	374	1.9	374	94	0	1269	35	18	20	25	1.95
222469--222519	21	2.4	21	86	3	75	84	15	0	0	0.63
223744--223861	52	2.3	52	83	0	137	25	22	13	38	1.91
224104--224190	33	2.7	33	76	1	95	29	25	19	25	1.98
224334--224914	52	11.2	52	83	1	558	25	23	13	37	1.92
224317--224935	156	4.0	155	79	3	679	25	22	14	37	1.92
224828--225213	113	3.4	112	77	7	384	25	22	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225134--225251	61	1.9	61	81	6	141	24	25	13	36	1.92
226133--226171	20	2.0	19	95	5	69	30	17	10	41	1.83
235006--235056	27	1.9	27	84	4	68	33	1	3	60	1.26
240585--240609	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
242236--242263	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
243566--243612	23	2.1	23	88	4	69	8	12	4	74	1.19
244316--244385	31	2.2	32	80	7	81	52	0	5	41	1.25
245206--245236	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
245850--245942	38	2.4	39	80	20	113	36	3	3	56	1.31
246377--246410	18	2.0	16	88	11	50	2	26	0	70	1.01
247798--247838	20	2.0	20	86	9	57	51	12	0	36	1.40
249512--249552	19	2.1	20	95	4	75	56	0	7	36	1.27
249520--249561	19	2.2	19	91	0	66	57	2	4	35	1.33
250033--250064	14	2.2	15	94	5	57	37	9	0	53	1.34
250602--250659	19	3.2	17	84	15	73	67	0	1	31	1.01
251666--251729	19	3.4	19	69	16	60	67	1	9	21	1.28
251669--251729	18	3.3	18	70	17	61	67	1	9	21	1.29
253536--253586	25	2.0	25	92	0	84	37	23	5	33	1.79
256710--256743	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
263636--263754	51	2.3	52	85	4	170	29	15	15	39	1.88
266001--266306	52	6.6	43	70	16	216	31	18	24	25	1.98
266001--266306	95	3.3	95	88	2	458	31	18	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266177--266311	44	2.9	45	77	11	157	31	18	24	25	1.97
266406--266611	27	7.0	28	74	18	143	32	13	32	22	1.92
266432--266525	34	2.8	34	87	6	120	36	12	29	21	1.91
266495--266610	28	4.2	27	82	9	146	30	12	33	23	1.92
266402--266672	151	1.8	150	84	4	375	33	12	32	21	1.91
266577--266862	31	9.0	34	78	13	118	31	14	32	22	1.93
266577--266671	33	2.8	34	79	7	104	33	12	33	20	1.90
266626--266860	31	7.6	31	85	8	277	31	14	31	22	1.94
269989--270014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
270472--270538	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
272061--272221	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
273739--273763	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
274498--274540	21	2.0	21	100	0	86	18	13	13	53	1.73
274594--274660	29	2.2	30	84	7	82	31	4	29	34	1.78
275559--275584	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
276042--276108	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
281867--281893	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
281945--281994	19	2.6	19	93	0	82	38	20	12	30	1.88
288742--288872	42	3.1	42	84	5	165	24	24	10	40	1.87
289158--290091	42	22.1	41	70	9	202	21	25	16	36	1.94
289072--289865	84	9.4	84	74	7	442	21	26	16	35	1.94
289626--289734	43	2.5	43	76	10	123	20	30	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289419--290578	84	13.9	83	73	10	523	20	24	16	37	1.93
290092--290249	86	1.9	83	84	6	210	21	21	17	39	1.92
290175--290779	42	14.4	42	70	8	185	20	24	15	39	1.91
290134--290546	85	5.0	80	74	12	248	19	24	16	39	1.92
290634--290779	43	3.4	43	80	3	161	21	24	13	40	1.89
290763--290863	42	2.4	42	83	0	130	19	24	20	34	1.96
290823--291036	85	2.5	83	78	3	214	21	26	16	36	1.94
291548--291604	17	3.4	16	81	15	71	71	7	1	19	1.17
291548--291606	16	3.6	16	81	6	73	71	6	1	20	1.18
291550--291611	9	7.2	9	77	12	60	72	6	1	19	1.15
291742--291812	30	2.4	29	86	6	90	23	22	11	42	1.86
297676--297738	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
297695--297719	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
297676--297746	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
301014--301044	8	3.9	8	91	0	53	90	6	0	3	0.55
301013--301044	16	2.0	16	100	0	64	87	6	0	6	0.67
302042--302219	63	2.9	62	86	4	218	28	22	15	33	1.95
302013--302231	63	3.5	63	83	4	214	29	22	15	32	1.95
303315--303340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
307313--307343	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
309398--309435	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
309556--309601	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311605--312035	215	2.0	215	98	0	826	37	8	14	39	1.76
312111--312163	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
312222--312247	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
312204--312267	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
314467--314511	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
316323--316352	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
320952--320977	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
320934--320997	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
321903--321928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
321885--321948	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7