genome.fa.s439.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold439
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807636--807660	13	1.9	13	100	0	50	24	0	28	48	1.52
807805--807832	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
815993--816020	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
816063--816127	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
816083--816107	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
818138--818186	20	2.5	20	93	0	89	44	16	8	30	1.76
819964--820035	28	2.6	28	86	4	92	22	20	36	20	1.96
820023--820199	52	3.4	53	82	4	207	31	11	25	30	1.92
820065--820245	52	3.5	52	83	5	179	34	12	24	28	1.92
820229--820303	27	2.7	28	89	2	107	21	20	34	24	1.96
822787--822812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
822766--822832	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
822852--822919	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
822874--822898	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
822855--822917	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
823475--824361	55	15.9	55	88	4	1242	22	19	28	28	1.98
824059--824148	26	3.3	26	69	19	85	18	17	34	28	1.94
824089--824177	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
824225--824309	27	3.1	27	63	21	68	23	17	29	29	1.97
825343--825400	13	4.7	12	82	6	71	0	6	6	86	0.72
825343--825396	24	2.2	25	83	9	67	0	7	7	85	0.75
828938--828987	24	2.0	25	92	7	84	44	8	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828939--828987	26	2.0	23	92	8	71	44	8	0	46	1.33
840620--840679	13	5.1	13	69	22	60	30	16	13	40	1.87
841978--842028	24	2.1	24	92	0	84	31	11	19	37	1.88
842846--842944	42	2.4	42	89	3	146	46	12	24	17	1.81
842724--842938	119	1.8	116	82	8	274	40	13	24	21	1.88
842988--843134	61	2.4	62	81	3	172	28	23	24	23	1.99
844153--844200	26	1.9	25	91	8	80	31	10	27	31	1.90
845510--845535	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
848931--848964	15	2.3	15	89	0	50	32	0	0	67	0.91
848865--848992	51	2.5	52	90	1	195	39	0	2	57	1.11
850743--850778	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
855398--855474	40	2.0	40	84	2	102	40	9	12	37	1.76
856137--856750	52	11.8	50	73	7	212	38	14	21	26	1.91
856861--857131	31	8.5	31	75	11	210	22	15	29	32	1.94
856868--857128	33	8.1	33	77	11	206	23	15	29	32	1.95
856868--857128	64	4.0	64	79	6	269	23	15	29	32	1.95
856861--857079	95	2.3	94	82	8	248	22	16	28	31	1.96
857139--857660	32	16.8	32	69	16	185	36	11	27	23	1.90
857183--857244	28	2.2	28	88	0	97	32	12	32	22	1.92
857280--857338	27	2.2	27	87	6	84	30	13	32	23	1.93
857183--857403	95	2.3	95	82	4	261	36	12	28	22	1.91
857139--857530	126	3.1	125	82	5	413	37	11	27	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857462--857529	35	2.0	34	91	8	111	45	11	20	22	1.83
857348--857658	93	3.3	91	79	6	300	38	11	27	22	1.89
857536--857717	64	2.9	62	82	6	188	35	12	30	21	1.91
857540--857723	96	1.9	95	81	9	223	36	11	30	21	1.89
857578--857713	32	4.3	29	76	14	94	34	13	30	22	1.92
868676--868810	50	2.7	50	87	0	180	43	12	17	26	1.84
869442--869767	75	4.3	76	84	5	392	40	14	24	21	1.90
869546--869819	42	6.9	42	72	15	183	42	14	21	21	1.88
869442--869767	151	2.2	151	89	2	485	40	14	24	21	1.90
869448--869767	77	4.2	75	83	5	367	40	14	24	20	1.89
869831--870584	183	4.1	182	81	5	727	31	17	24	25	1.97
869831--870558	62	11.9	62	82	3	724	31	17	24	25	1.97
869831--870584	121	6.2	120	79	5	660	31	17	24	25	1.97
873342--873386	17	2.5	17	82	7	54	77	2	2	17	0.97
873363--873425	20	3.2	20	77	8	67	76	6	0	17	0.99
873330--873386	24	2.3	24	85	8	71	77	1	1	19	0.95
881350--881438	1	89.0	1	81	0	79	87	12	0	0	0.54
881350--881438	11	8.5	10	84	12	101	87	12	0	0	0.54
881350--881438	23	4.0	22	81	14	94	87	12	0	0	0.54
881351--881438	33	2.7	32	87	5	124	87	12	0	0	0.54
891119--891167	13	4.2	13	75	24	54	38	18	10	32	1.84
891119--891188	33	2.1	34	86	7	99	35	18	11	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893746--893771	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
898321--898350	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
899920--899968	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
899920--899989	33	2.1	33	89	7	106	34	18	12	34	1.89
900018--900072	19	2.8	19	83	8	67	34	18	16	30	1.93
900058--900083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
901210--901252	16	2.7	15	89	10	59	51	0	0	48	1.00
901210--901252	17	2.6	17	88	3	61	51	0	0	48	1.00
901376--901653	140	2.0	140	81	1	324	46	10	13	30	1.76
901840--901914	13	5.9	13	70	10	57	61	6	5	26	1.43
901841--901915	23	3.1	24	78	17	91	61	8	5	25	1.45
902049--902091	10	4.2	10	85	5	59	46	0	2	51	1.13
902044--902088	21	2.1	21	87	0	63	40	0	4	55	1.20
902044--902100	10	5.5	11	77	10	50	40	0	3	56	1.17
904233--904264	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
905025--905073	21	2.5	20	84	15	66	40	0	0	59	0.98
906784--906808	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
910034--910780	373	2.0	373	98	0	1440	21	21	16	40	1.91
911209--911233	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
911262--911323	10	6.1	10	72	10	54	24	27	9	38	1.86
911270--911347	32	2.5	32	91	2	122	26	26	10	35	1.89
911402--911444	22	2.0	22	100	0	86	27	23	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911483--911529	20	2.4	19	79	10	58	34	12	19	34	1.89
911885--911951	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
914691--914720	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
915290--915334	20	2.1	22	84	8	58	40	0	0	60	0.97
916168--916192	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
917161--917211	5	10.6	5	87	8	79	60	0	0	39	0.97
918585--918889	79	3.9	78	78	5	281	34	13	25	26	1.93
918824--918940	51	2.3	51	81	0	144	35	7	25	31	1.84
918746--919071	130	2.5	131	82	7	384	35	12	24	27	1.92
918979--919082	49	2.1	49	81	0	118	42	10	20	26	1.84
921308--921345	20	1.9	19	89	5	58	34	5	2	57	1.35
922117--922259	26	5.4	26	74	11	103	31	5	14	48	1.67
922134--922229	30	3.3	30	77	11	110	33	7	14	44	1.73
922138--922259	26	4.5	28	79	10	119	31	6	14	47	1.70
922281--922365	24	3.5	23	70	26	59	41	4	7	47	1.52
926113--926411	142	2.1	143	79	6	304	45	18	10	25	1.81
928042--928116	20	3.8	20	89	0	105	33	14	8	44	1.75
930577--930644	27	2.5	27	83	9	86	27	29	16	26	1.97
938963--939009	16	2.9	16	75	12	51	44	31	17	6	1.73
938997--939029	16	2.1	16	94	0	57	45	33	15	6	1.70
939590--939633	19	2.3	19	88	4	61	25	15	15	43	1.87
939737--939761	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939820--939871	20	2.7	20	91	8	81	38	13	13	34	1.84
940439--940472	13	2.6	13	90	0	59	29	17	14	38	1.90
942216--942282	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
942772--942867	46	2.1	46	84	2	120	39	9	19	31	1.84
945170--945216	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
947800--947866	36	1.9	35	85	11	93	29	23	11	34	1.91
948355--948450	46	2.1	46	84	2	120	39	10	20	29	1.86
948420--948541	22	5.5	22	76	11	131	37	11	21	29	1.88
948370--948540	68	2.5	68	98	0	324	38	11	19	30	1.87
948683--948723	21	2.0	21	85	9	57	36	9	14	39	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7