genome.fa.s439.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold439
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
623300--623354	18	3.1	18	91	0	83	49	9	0	41	1.34
623303--623354	2	26.0	2	84	0	68	50	7	0	42	1.31
624457--624529	38	1.9	37	84	15	96	50	0	1	47	1.09
626804--626837	14	2.3	15	90	5	52	55	0	11	32	1.36
626985--627029	17	2.6	18	77	16	51	24	8	8	57	1.57
627207--627263	21	2.7	21	81	15	64	45	0	0	54	0.99
628179--628226	17	2.9	17	77	22	57	58	0	0	41	0.98
628194--628241	23	2.1	23	88	0	69	52	0	4	43	1.20
635396--635449	20	2.6	21	76	2	56	42	12	14	29	1.83
641238--641267	15	1.9	16	93	6	53	13	0	0	86	0.57
656321--656348	10	2.8	10	100	0	56	32	7	0	60	1.24
657921--657958	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
664561--664607	11	4.2	11	76	12	51	34	2	2	61	1.20
664633--664704	24	3.0	25	74	15	62	48	1	0	50	1.09
664616--664683	19	3.4	19	71	16	57	52	0	0	47	1.00
667432--667640	50	4.2	50	93	1	357	29	21	19	30	1.97
672638--672664	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
672940--673170	113	2.0	114	89	0	356	41	3	7	46	1.51
672940--673221	113	2.5	113	83	4	282	42	3	7	46	1.49
674332--674366	18	2.0	17	88	5	52	0	11	2	85	0.69
675899--675979	17	5.0	17	67	21	57	55	0	2	41	1.13
675906--675969	12	5.3	12	73	17	53	56	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675900--675992	49	1.9	49	85	8	129	54	0	2	43	1.12
676366--676396	13	2.3	14	94	5	55	22	0	0	77	0.77
676404--676435	16	2.1	15	94	5	55	50	0	0	50	1.00
676477--676562	28	3.0	27	71	15	66	46	3	0	50	1.18
679278--679303	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
683075--683151	38	2.0	38	100	0	154	50	10	10	28	1.69
685441--685508	26	2.7	24	82	11	66	44	1	0	54	1.09
685463--685520	25	2.2	26	78	6	64	43	1	0	55	1.10
686874--686908	13	2.7	13	86	0	52	54	0	2	42	1.15
686874--686982	54	2.0	53	81	16	127	50	2	2	44	1.30
688397--688435	17	2.2	18	86	4	53	23	10	0	66	1.22
692057--692117	31	1.9	32	96	3	115	40	8	24	26	1.83
702490--702539	17	3.1	16	82	5	57	80	0	18	2	0.82
704101--704308	97	2.1	97	84	1	283	27	28	12	31	1.93
705261--705525	103	2.6	103	82	3	300	31	30	14	24	1.94
705252--705571	103	3.1	102	77	4	259	30	29	14	25	1.95
705261--705580	52	6.2	52	72	8	192	31	30	14	24	1.94
709777--709823	23	2.0	23	88	8	69	53	0	0	46	1.00
710535--710584	19	2.5	19	87	6	64	36	0	0	64	0.94
710538--710600	20	3.3	20	78	10	62	33	0	0	66	0.92
710538--710600	19	3.3	19	77	16	51	33	0	0	66	0.92
710599--710650	14	3.6	14	75	14	61	61	3	0	34	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710842--710887	23	2.1	22	84	11	60	50	0	0	50	1.00
713793--713870	40	2.0	40	97	0	147	32	20	16	30	1.95
714601--714631	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
721544--721770	49	4.6	48	82	5	267	34	17	22	24	1.96
721508--722166	98	7.0	94	77	8	474	32	17	24	25	1.97
721742--721987	39	5.8	39	69	16	168	28	17	25	28	1.98
721691--722037	88	3.9	88	85	1	444	29	17	25	26	1.98
721778--722166	49	8.3	49	74	12	307	31	18	24	25	1.97
721704--722037	175	1.9	177	88	1	501	29	17	25	26	1.98
728019--728110	30	3.2	30	61	30	72	35	9	18	35	1.84
727996--728110	57	2.0	57	100	0	230	35	8	19	36	1.82
729179--729228	24	2.1	24	96	0	91	40	4	40	16	1.67
731859--732616	79	9.6	75	77	9	524	27	23	13	35	1.92
731877--732617	158	4.7	157	80	7	722	27	23	13	35	1.93
731859--732545	315	2.2	316	83	5	852	27	22	13	35	1.92
732475--732723	130	1.9	130	79	6	281	28	22	10	37	1.88
734651--734706	20	2.8	19	81	13	60	48	1	0	50	1.11
736042--736083	23	1.9	23	85	9	61	61	9	11	16	1.55
736698--736731	18	1.9	17	88	5	50	52	8	2	35	1.47
737134--737168	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
737412--738064	225	2.9	222	86	4	855	42	6	7	43	1.59
740701--740739	20	2.0	20	89	0	60	58	2	0	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742492--742570	18	4.3	18	81	9	88	50	10	5	34	1.58
742492--742580	37	2.4	36	83	5	108	47	10	6	35	1.64
743667--743706	18	2.2	18	86	0	53	22	25	15	37	1.93
745213--745278	18	3.6	18	81	2	69	46	10	6	36	1.63
745942--745991	21	2.4	21	83	3	66	36	10	2	52	1.47
749692--749724	17	1.9	17	93	0	57	90	6	0	3	0.52
749698--749740	20	2.2	20	86	0	59	83	16	0	0	0.64
751017--751480	31	15.0	30	86	5	577	24	29	15	29	1.96
751025--751480	92	4.9	91	89	3	619	25	30	15	29	1.96
751461--751617	34	4.9	34	78	12	179	19	30	13	36	1.90
751523--751615	27	3.2	27	77	16	96	19	30	12	37	1.89
751699--751826	49	2.8	44	81	8	141	27	25	16	30	1.97
752203--752227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
755081--755893	407	2.0	407	99	0	1599	26	26	20	27	1.99
755830--756066	49	4.7	50	80	6	230	25	26	16	31	1.96
755830--756021	49	3.9	49	83	2	231	25	25	16	32	1.96
756783--756808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
761869--761902	6	6.0	6	86	13	54	0	11	0	88	0.52
761869--761902	11	3.0	11	95	4	59	0	11	0	88	0.52
761868--761901	17	2.1	16	94	5	59	0	8	0	91	0.43
762221--762259	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
762349--762385	18	2.0	19	89	5	58	62	0	5	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765138--765340	50	4.2	50	88	3	292	31	19	19	30	1.96
765477--765514	9	4.1	9	86	6	58	86	0	2	10	0.66
765477--765514	19	2.0	19	94	0	67	86	0	2	10	0.66
765655--765698	18	2.4	19	84	7	72	59	0	0	40	0.98
767917--767956	21	2.0	20	85	5	53	32	7	5	55	1.50
768849--768903	26	2.1	26	80	12	60	40	0	7	52	1.29
769384--769429	24	1.9	24	82	8	58	8	36	2	52	1.45
773516--773578	31	2.0	31	100	0	126	22	22	6	49	1.72
773519--773599	31	2.6	30	86	7	92	23	24	6	45	1.75
775330--775360	14	2.1	15	94	5	55	9	12	0	77	0.99
775745--775783	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
775956--776010	11	4.8	11	78	8	56	29	3	1	65	1.20
776976--777020	2	22.5	2	86	0	63	44	0	0	55	0.99
777123--777168	22	2.0	24	83	8	60	47	0	2	50	1.13
777222--777261	16	2.5	16	91	0	62	57	0	0	42	0.98
778927--779005	38	2.1	39	87	2	115	29	20	18	31	1.97
781739--781779	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
782223--782270	17	2.7	18	90	6	71	27	0	4	68	1.07
782996--783050	18	2.8	20	78	18	62	61	5	0	32	1.19
783313--783341	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
783601--783627	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
783447--784518	535	2.0	535	82	4	1311	47	9	5	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784279--784339	23	2.6	23	78	19	56	60	13	3	22	1.47
788379--788496	48	2.5	48	88	2	166	38	16	6	37	1.76
788411--788514	48	2.2	48	82	6	122	39	18	5	36	1.75
788633--788706	39	1.9	38	91	8	123	50	16	5	28	1.67
788622--788720	39	2.6	39	82	4	112	47	16	8	28	1.74
791463--791495	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
802487--802580	1	94.0	1	80	0	80	87	3	9	0	0.65
802487--802581	29	3.2	28	88	8	127	86	3	10	0	0.68
805732--805769	19	2.0	20	89	5	60	23	5	2	68	1.23
806175--806206	12	2.7	12	95	0	55	31	28	9	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7