genome.fa.s451.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold451
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596512

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
446--471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
425--491	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
511--578	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
533--557	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
514--576	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
634--690	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
695--742	1	48.0	1	93	0	78	2	2	0	95	0.29
694--738	23	2.0	23	100	0	90	4	2	0	93	0.41
936--1024	8	10.0	8	69	23	54	41	0	2	56	1.12
976--1035	19	3.2	19	80	17	72	36	0	3	60	1.14
988--1082	28	3.4	27	69	16	68	34	0	3	62	1.11
1618--1662	17	2.7	16	89	6	63	64	0	0	35	0.94
1852--1941	29	3.1	29	69	21	73	42	0	2	55	1.12
2118--2161	14	3.1	14	81	12	54	40	0	2	56	1.11
3059--3099	2	21.5	2	85	9	59	51	2	0	46	1.14
3070--3099	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
3063--3095	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
3061--3097	19	1.9	19	94	0	65	51	2	0	45	1.15
3059--3101	21	2.0	21	91	8	70	51	4	0	44	1.22
3067--3109	21	2.0	21	90	0	68	51	9	0	39	1.34
3615--3662	21	2.3	21	75	3	53	62	2	4	31	1.26
4728--4762	17	2.1	16	89	5	52	48	8	0	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5963--6001	16	2.5	16	91	4	62	61	0	0	38	0.96
5959--6009	15	3.6	14	82	10	59	56	0	0	43	0.99
5965--6034	19	3.7	20	72	24	62	61	0	0	38	0.96
7049--7127	32	2.4	33	85	6	106	40	0	0	59	0.97
7748--7803	23	2.5	23	82	2	69	50	3	5	41	1.43
15739--15788	25	2.1	22	85	10	64	44	0	8	48	1.32
15750--15806	25	2.3	25	78	6	62	56	0	3	40	1.17
16008--16046	20	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
18305--18350	22	2.1	22	84	11	60	45	0	0	54	0.99
18288--18350	21	2.9	22	73	20	60	46	0	0	53	1.00
19616--19672	23	2.4	22	81	18	62	59	0	1	38	1.08
23562--23613	23	2.3	23	83	6	61	46	0	1	51	1.12
25455--25479	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26069--26152	14	6.0	14	77	18	86	57	0	0	42	0.99
26069--26143	13	5.4	14	75	13	75	56	0	0	44	0.99
26160--26220	17	3.5	17	70	10	52	65	3	4	26	1.28
26609--26646	17	2.3	17	86	13	53	60	7	10	21	1.54
27256--27295	16	2.5	16	88	8	55	0	27	0	72	0.85
28308--28386	27	3.0	27	79	15	76	60	2	0	36	1.10
28341--28381	10	4.5	10	80	20	54	53	0	0	46	1.00
28348--28385	16	2.4	16	87	12	53	55	0	0	44	0.99
28329--28384	29	1.9	29	82	7	69	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28381--28408	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
30722--30764	12	3.6	11	82	14	50	62	0	0	37	0.95
30716--30776	21	2.9	21	80	14	63	62	1	0	36	1.05
31521--31557	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
34105--34179	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
34105--34182	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
35535--35583	10	5.1	9	78	11	53	69	0	4	26	1.06
37107--37140	17	1.9	18	94	5	61	55	0	0	44	0.99
37902--37982	39	2.0	40	83	2	101	59	1	0	39	1.05
37948--37985	14	2.6	15	87	8	60	60	0	0	39	0.97
40386--40410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40366--40432	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
40473--40497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44710--44736	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
54425--54530	1	106.0	1	75	0	77	85	9	2	1	0.76
54427--54530	16	6.9	15	75	11	97	85	9	2	1	0.77
54425--54530	25	4.4	23	73	12	88	85	9	2	1	0.76
54425--54530	35	2.9	35	83	10	115	85	9	2	1	0.76
54425--54530	47	2.3	47	79	8	101	85	9	2	1	0.76
55968--56437	88	5.4	88	79	8	404	29	29	17	24	1.97
55968--56437	57	8.0	59	76	10	360	29	29	17	24	1.97
55972--56441	30	16.0	30	78	8	362	29	29	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56443--56532	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
56486--56639	52	2.9	53	80	4	184	24	24	16	35	1.95
57440--57464	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
57420--57486	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
57527--57551	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61053--61238	79	2.4	79	78	3	203	34	14	23	27	1.94
61209--61324	51	2.3	51	81	3	135	31	16	25	26	1.96
61313--61382	27	2.6	27	86	6	88	25	22	30	21	1.99
63780--63854	29	2.6	29	95	0	132	42	20	13	24	1.87
63841--63870	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
64353--65009	335	2.0	335	97	0	1233	35	29	15	19	1.92
65992--66184	79	2.4	79	83	2	226	32	16	26	23	1.96
66136--66207	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
66196--66365	52	3.3	52	77	9	177	32	12	25	29	1.93
66352--66420	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
66082--66473	107	3.7	105	72	11	330	30	14	27	27	1.95
66089--66533	211	2.1	212	86	4	623	32	13	26	28	1.94
68899--68924	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
68964--69018	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
69074--69130	21	2.7	21	100	0	114	36	21	10	31	1.87
69141--69165	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
79234--79272	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79714--79925	75	2.8	75	80	2	212	25	18	25	30	1.98
79788--79945	75	2.1	75	84	2	201	25	18	26	29	1.98
79661--79945	150	1.9	150	80	1	329	27	17	26	29	1.97
80696--80742	22	2.2	21	85	11	60	59	0	0	40	0.97
80720--80803	34	2.4	35	80	7	109	52	0	0	47	1.00
80739--80835	33	2.9	33	77	11	90	50	1	0	48	1.07
81497--81529	14	2.4	14	85	5	50	27	0	6	66	1.15
85518--85599	11	7.7	11	70	17	66	40	2	0	57	1.12
85898--85942	16	2.7	17	79	6	65	37	0	0	62	0.96
85898--85946	17	2.9	17	74	14	57	38	0	0	61	0.96
89159--89221	26	2.3	27	86	5	83	41	1	0	57	1.08
89201--89247	20	2.3	21	78	10	53	48	0	2	48	1.13
89833--89993	47	3.4	47	87	3	243	34	13	4	47	1.64
90581--90633	17	3.1	16	76	13	52	47	0	1	50	1.12
91126--91208	28	2.9	28	72	13	71	37	0	2	60	1.10
91182--91235	20	2.7	20	85	5	74	31	0	1	66	1.02
91205--91256	17	3.1	17	78	13	54	36	0	1	61	1.07
91580--91635	16	3.7	16	80	15	57	58	0	0	41	0.98
91591--91636	16	2.8	16	81	12	58	60	0	0	39	0.97
93342--93386	22	2.0	22	95	0	81	37	20	11	31	1.87
94537--94589	27	1.9	28	96	3	99	30	9	13	47	1.74
98835--98884	23	2.1	23	82	14	57	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98843--98884	23	2.0	22	86	13	61	57	0	0	42	0.99
104547--104602	13	4.5	13	76	19	57	39	1	0	58	1.08
104966--105046	5	16.2	5	73	14	69	54	1	0	44	1.08
104966--105046	20	3.8	21	79	17	87	54	1	0	44	1.08
104975--105021	24	2.0	24	91	8	78	51	0	0	48	1.00
104969--105043	30	2.5	29	83	12	98	54	1	0	44	1.08
105012--105050	20	2.0	20	100	0	78	53	5	0	41	1.23
105664--105704	21	2.0	21	90	0	64	34	2	2	60	1.23
105945--105997	22	2.5	21	77	16	56	43	0	0	56	0.99
106024--106052	8	3.8	8	95	4	51	37	0	0	62	0.96

Tables:   1   2   3   4   5