genome.fa.s451.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold451
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596512

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107683--107724	21	2.0	20	86	13	59	38	7	0	54	1.28
108610--108685	37	2.1	37	97	0	143	31	18	18	31	1.95
109177--109230	22	2.4	23	81	9	67	68	1	7	22	1.24
110349--110395	20	2.2	23	85	11	64	53	0	2	44	1.12
110849--110903	28	1.9	29	85	10	78	65	0	1	32	1.03
114205--114237	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
118688--118717	12	2.4	13	94	5	53	66	3	0	30	1.07
120374--120435	31	2.0	31	81	9	74	43	1	0	54	1.09
122332--122387	29	2.0	29	86	6	80	33	0	0	66	0.92
122346--122387	14	2.9	14	77	16	50	33	0	0	66	0.92
122340--122388	15	3.2	16	77	16	59	34	0	0	65	0.93
122742--122799	25	2.3	26	78	3	64	62	0	0	37	0.96
122751--122841	30	2.9	29	73	16	85	52	0	0	47	1.00
122940--122985	21	2.2	21	84	7	58	50	2	2	45	1.26
122967--123014	15	3.1	16	87	6	71	45	2	0	52	1.12
123956--124017	25	2.4	27	79	15	69	32	4	0	62	1.16
124091--124133	12	3.4	12	75	12	50	53	6	0	39	1.28
124093--124135	13	3.2	14	74	12	54	53	4	0	41	1.21
124469--124501	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
128047--128085	21	1.9	21	89	5	62	48	0	2	48	1.15
128596--128636	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
128784--128817	16	2.3	14	90	10	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129506--129550	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
132929--132990	14	4.1	14	75	15	61	51	0	0	48	1.00
132920--132983	17	3.9	16	74	24	62	51	0	0	48	1.00
132920--132983	16	3.9	17	75	17	64	51	0	0	48	1.00
134227--134286	27	2.2	27	79	8	68	38	0	0	61	0.96
134542--134587	23	1.9	25	86	8	69	67	4	0	28	1.10
135282--135329	24	1.9	26	87	8	73	39	14	2	43	1.57
135282--135335	24	2.2	24	81	15	67	38	14	1	44	1.56
135918--135956	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
143330--143374	24	1.9	23	86	4	63	37	2	13	46	1.55
143798--143854	19	2.8	20	82	17	64	49	0	0	50	1.00
144126--144159	14	2.5	14	90	4	52	76	0	2	20	0.92
144566--144605	18	2.2	19	86	8	57	65	0	0	35	0.93
145421--145485	30	2.2	29	81	10	78	55	0	6	38	1.25
145452--145502	21	2.5	20	79	14	59	56	0	5	37	1.23
145539--145596	20	2.6	22	78	15	66	58	0	0	41	0.98
149863--149934	33	2.2	33	85	9	94	41	4	6	47	1.50
151079--151109	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
154341--154385	17	2.5	18	85	7	65	48	2	0	48	1.13
154341--154390	18	2.7	18	84	9	66	48	2	0	50	1.12
155064--155095	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
155738--155780	21	2.1	20	82	4	50	58	2	2	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156061--156115	26	2.0	26	82	6	65	43	1	0	54	1.10
163436--163487	23	2.1	23	86	10	68	48	0	1	50	1.12
163447--163531	23	3.6	24	72	12	59	47	1	4	47	1.31
165094--165147	7	7.3	7	76	12	54	51	0	0	48	1.00
165089--165139	16	3.3	15	78	8	57	50	0	0	49	1.00
165094--165151	14	3.9	14	84	10	71	48	0	0	51	1.00
165097--165144	22	2.1	22	92	7	78	45	0	0	54	0.99
166582--166618	19	1.9	19	100	0	74	40	10	21	27	1.86
172208--172240	16	2.1	16	88	11	50	69	3	0	27	1.03
172208--172241	17	2.1	16	88	5	50	70	2	0	26	1.01
172749--172790	13	3.1	13	83	16	50	80	0	16	2	0.81
172827--172855	12	2.5	12	94	5	51	31	0	0	68	0.89
172796--172870	33	2.2	32	80	13	80	33	0	1	65	1.01
174018--174075	17	3.5	17	77	13	59	56	3	6	32	1.42
174099--174140	20	2.1	20	86	8	59	50	2	0	47	1.14
174426--174469	20	2.1	21	83	4	54	56	0	0	43	0.99
174722--174776	20	2.6	22	75	18	62	52	1	0	45	1.11
174815--174894	20	4.2	19	84	6	99	48	8	2	40	1.47
174815--174889	39	1.9	38	86	7	107	49	9	2	38	1.49
175145--175206	22	2.9	21	83	9	81	56	9	0	33	1.32
175375--175424	19	2.6	19	81	9	57	56	2	2	40	1.22
175441--175495	19	2.8	20	83	5	67	49	12	1	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175569--175613	12	3.5	13	80	14	58	55	8	0	35	1.31
175572--175614	14	3.3	13	78	9	52	58	6	0	34	1.25
176137--176210	27	2.6	29	72	6	71	43	0	5	51	1.24
177141--177176	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
180276--180315	6	6.3	6	83	11	53	62	0	0	37	0.95
180259--180315	26	2.2	26	87	0	78	56	0	0	43	0.99
180278--180315	20	1.9	19	89	5	58	60	0	0	39	0.97
180368--180421	19	3.0	17	79	12	63	38	0	0	61	0.96
180900--180940	20	2.1	19	86	4	55	43	0	0	56	0.99
181963--182020	8	8.0	7	75	24	50	41	0	0	58	0.98
181960--181992	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
181949--181998	24	2.1	23	85	3	64	42	0	0	58	0.98
184391--184438	21	2.3	20	75	3	51	58	0	0	41	0.98
185696--185726	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
185929--185970	22	1.9	22	90	9	68	45	4	0	50	1.23
187471--187507	18	2.0	19	85	15	51	45	5	5	43	1.49
187521--187563	17	2.5	17	80	20	54	55	4	0	39	1.20
187659--187704	20	2.3	20	85	10	60	26	2	2	69	1.11
187663--187711	23	2.1	24	84	3	64	22	2	4	71	1.13
188111--188156	2	23.0	2	81	0	56	45	4	4	45	1.43
188326--188460	11	12.2	11	64	20	50	54	2	2	40	1.28
188355--188404	20	2.7	18	77	19	57	52	4	2	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188378--188418	16	2.4	18	80	8	50	51	2	0	46	1.14
189643--189675	15	2.2	15	94	0	57	12	3	12	72	1.23
192537--192607	32	2.2	32	83	14	85	8	18	42	30	1.80
192581--192633	19	2.7	19	97	2	97	9	16	39	33	1.81
193293--193330	19	2.0	19	94	0	67	18	0	5	76	0.97
194220--194306	31	2.8	31	86	6	140	19	27	28	24	1.98
194304--194572	28	9.6	28	84	6	339	21	16	28	33	1.95
194589--194773	33	5.4	32	68	18	97	31	11	32	24	1.91
194625--194804	33	5.3	32	71	13	110	32	12	31	23	1.92
194559--194781	104	2.2	100	83	7	290	31	10	32	25	1.89
194749--194960	30	6.8	30	78	10	178	35	14	27	22	1.93
194749--194961	63	3.4	62	82	7	236	35	14	27	23	1.93
196261--196286	8	3.2	8	100	0	52	0	0	11	88	0.52
202150--202197	19	2.5	19	79	0	60	8	16	39	35	1.79
202856--202913	8	7.6	8	75	11	50	13	3	1	81	0.91
202850--202906	21	2.7	21	86	2	69	14	3	1	80	0.92
208844--208916	21	3.5	21	84	0	92	35	9	17	36	1.83
210717--210842	19	7.6	19	69	28	117	34	12	18	34	1.89
210735--210823	13	5.9	13	72	27	70	34	13	16	34	1.88
210717--210850	32	4.2	32	98	0	259	33	12	18	35	1.89
216681--216745	12	5.6	11	73	10	58	80	15	1	3	0.92
217952--218331	34	11.6	34	75	13	273	21	30	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218278--218331	27	2.0	27	92	0	90	24	35	12	27	1.92
217946--218333	200	2.0	197	88	4	570	21	31	12	34	1.91
218551--218619	21	3.2	21	64	18	52	24	26	18	30	1.98
218538--218992	43	9.9	43	77	13	451	23	25	19	31	1.98
218478--219041	91	6.0	91	89	4	777	23	25	19	31	1.98
218382--219041	182	3.5	182	88	4	888	23	25	18	31	1.98
219819--219877	19	3.4	19	69	26	67	33	8	18	38	1.81
219819--219886	32	2.1	32	100	0	136	33	10	17	38	1.84
227369--227422	20	2.7	20	91	5	83	33	11	14	40	1.82
230830--230872	22	2.0	22	95	0	77	48	23	4	23	1.69

Tables:   1   2   3   4   5