genome.fa.s452.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold452
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  589716

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 522 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74--147	24	3.2	24	64	24	68	47	12	40	0	1.41
62--207	45	3.2	46	91	4	217	51	10	37	0	1.41
1304--1333	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1521--1560	18	2.4	17	87	8	55	45	0	0	55	0.99
1532--1569	17	2.2	18	90	4	60	44	0	0	55	0.99
1602--1638	17	2.2	16	90	4	56	56	0	0	43	0.99
2144--2189	20	2.3	20	85	7	67	39	10	8	41	1.71
2828--2893	20	3.2	20	74	16	55	77	1	21	0	0.85
3709--4070	58	6.2	57	74	9	205	28	11	13	46	1.78
3819--4070	116	2.2	116	79	4	292	28	11	15	44	1.80
10630--10665	19	1.9	19	94	5	65	38	11	11	38	1.76
12458--12525	28	2.4	28	85	0	82	47	13	16	23	1.81
18169--19021	426	2.0	426	94	0	1483	40	10	20	28	1.86
20115--20148	17	1.9	18	94	5	61	73	0	0	26	0.83
20264--20306	16	2.5	18	82	17	56	32	2	0	65	1.06
20265--20314	18	2.8	17	85	11	57	30	2	0	68	1.01
20331--20359	14	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
20557--20654	8	12.8	8	67	22	59	62	0	0	37	0.96
20537--20644	44	2.4	45	80	10	121	61	0	1	36	1.13
20575--20648	21	3.6	21	75	21	77	63	0	0	36	0.95
20679--20725	8	5.5	8	81	18	51	59	0	0	40	0.97
20580--20706	16	8.5	16	66	27	50	59	0	0	39	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20571--20730	33	4.7	33	66	25	93	60	0	0	39	1.02
20558--20734	11	17.1	11	64	20	78	59	0	0	39	1.01
21164--21295	5	27.8	5	66	22	54	56	1	0	42	1.08
21166--21304	31	4.6	31	72	14	114	55	1	0	42	1.14
21176--21301	13	9.6	13	65	16	55	54	1	0	42	1.15
21165--21253	26	3.7	24	76	19	87	53	1	0	44	1.07
21165--21306	21	7.3	18	67	17	63	55	1	0	42	1.13
21266--21315	25	2.1	23	82	14	57	60	0	2	38	1.09
21359--21406	20	2.4	22	76	20	59	58	0	0	41	0.98
21163--21398	34	6.9	34	66	20	102	55	1	1	41	1.18
21187--21448	138	1.9	137	83	7	345	53	1	1	43	1.23
21508--21574	29	2.4	26	75	22	64	59	2	1	35	1.22
22892--22932	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
22932--22977	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
26400--26440	21	1.9	22	95	5	75	41	0	7	51	1.30
26953--27008	28	1.9	29	85	7	78	57	1	0	41	1.09
28062--28118	27	2.1	27	84	12	73	61	0	0	38	0.96
28095--28145	14	3.0	18	81	18	65	52	0	0	47	1.00
28085--28184	9	10.8	10	66	21	58	55	0	0	45	0.99
28085--28184	18	5.4	18	73	13	71	55	0	0	45	0.99
28360--28398	20	2.0	20	85	10	53	56	0	0	43	0.99
28333--28401	25	2.9	24	69	25	56	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28412--28443	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
28960--29010	16	3.3	15	76	17	52	3	15	7	72	1.23
29313--29391	35	2.3	33	79	14	81	49	0	0	50	1.00
29641--29672	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
32742--32772	16	1.9	16	93	0	53	45	3	0	51	1.17
34092--34127	19	1.9	18	94	5	63	63	0	0	36	0.94
34169--34262	10	9.4	10	69	16	61	55	0	0	44	0.99
34177--34227	14	3.4	14	75	19	57	54	0	0	45	0.99
34165--34269	10	10.4	10	69	16	56	57	0	0	42	0.99
34202--34269	18	3.4	21	76	15	74	55	0	0	44	0.99
34165--34271	32	3.2	34	77	21	118	57	0	0	42	0.99
34164--34269	41	2.6	41	78	12	112	57	0	0	42	0.98
34379--34465	8	10.8	8	71	18	56	62	0	0	37	0.96
34393--34435	11	4.1	11	85	8	63	69	0	0	30	0.88
34388--34458	21	3.7	19	81	9	90	63	0	0	36	0.95
38039--38077	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
38082--38112	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
41072--41124	20	2.6	21	87	3	72	67	3	1	26	1.17
43201--43268	24	2.8	24	82	6	66	60	0	2	36	1.12
44511--44552	14	2.9	15	79	13	61	66	0	0	33	0.92
44643--44683	19	2.2	19	91	4	66	0	9	4	85	0.73
46195--46267	4	19.0	4	80	8	71	4	19	0	76	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46191--46267	23	3.3	23	75	12	77	3	18	0	77	0.91
46317--46357	3	14.0	3	94	5	75	65	0	0	34	0.93
48401--48432	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
55379--55421	21	2.0	21	82	8	52	37	0	0	62	0.95
55388--55480	45	2.1	43	81	16	102	40	0	2	56	1.11
55465--55509	15	3.1	15	81	15	51	40	0	0	60	0.97
55444--55503	21	2.8	21	76	14	52	46	0	0	53	1.00
60600--60652	17	2.9	17	76	15	52	45	0	0	54	0.99
61249--61276	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71244--71271	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
71566--71615	21	2.4	21	86	0	73	52	0	0	48	1.00
71531--71606	35	2.1	37	83	9	95	53	0	0	46	1.00
71678--71706	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
72395--72421	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
72824--72874	26	2.0	25	96	3	93	41	0	0	58	0.98
72835--72900	19	3.5	19	77	6	62	46	0	0	53	1.00
73716--73741	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
73754--73800	16	2.8	17	84	15	62	57	0	0	42	0.98
73757--74040	27	10.6	27	66	22	66	57	3	1	38	1.25
73998--74041	8	5.2	8	83	8	52	68	0	0	31	0.90
74867--74924	27	2.2	26	81	9	64	41	0	5	53	1.23
75008--75036	13	2.2	13	100	0	58	17	0	13	68	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75284--75323	20	2.0	21	90	9	66	62	0	0	37	0.95
75701--75737	11	3.5	11	85	14	60	27	0	5	67	1.12
75899--75945	23	2.0	23	87	0	67	44	2	2	51	1.25
76329--76386	25	2.3	25	79	5	64	58	3	1	36	1.25
80698--80756	16	3.7	16	81	0	64	35	3	5	55	1.38
81435--81478	22	2.0	22	86	8	63	20	6	6	65	1.39
82336--82366	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
82741--82779	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
83622--83654	11	2.8	12	81	9	50	66	0	0	33	0.92
83617--83679	29	2.2	28	83	11	74	61	3	3	31	1.27
83671--83738	16	4.2	15	75	20	57	58	1	0	39	1.07
83671--83780	48	2.3	49	78	7	118	60	1	0	37	1.14
84015--84061	7	7.4	7	75	22	50	46	0	0	53	1.00
84031--84071	18	2.3	18	84	16	50	46	2	0	51	1.14
84015--84072	30	1.9	31	85	3	82	48	1	0	50	1.11
84628--84662	16	2.1	16	89	5	52	62	5	5	25	1.40
84696--84738	16	2.7	16	89	7	61	46	4	11	37	1.61
85007--85067	19	3.6	16	75	12	50	45	1	1	50	1.21
85032--85087	17	3.2	17	75	10	51	39	0	1	58	1.08
84985--85109	35	3.5	35	78	10	114	40	1	0	57	1.14
85058--85096	20	2.0	19	85	14	53	33	0	0	66	0.92
84985--85109	36	3.5	35	78	8	121	40	1	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86462--86503	16	2.5	17	81	14	52	52	4	0	42	1.22
86613--86662	19	2.7	19	84	9	59	64	0	0	36	0.94
86614--86670	19	3.3	17	79	11	53	61	0	0	38	0.96
86831--86910	24	3.6	23	75	18	73	53	1	1	43	1.16
87045--87082	19	2.1	18	95	5	67	63	0	0	36	0.95
87537--87583	24	2.0	24	83	8	60	68	0	0	31	0.90
87525--87574	13	3.9	13	76	10	50	72	0	0	28	0.86
87731--87775	18	2.5	17	83	16	56	64	4	2	28	1.25
88168--88208	5	8.4	5	81	13	50	75	2	2	19	1.03
88173--88197	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72

Tables:   1   2   3   4   5