genome.fa.s452.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold452
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  589716

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170468--170507	13	3.1	13	96	0	71	45	20	7	27	1.78
171284--171357	11	6.8	11	80	11	73	28	1	0	70	0.96
171287--171357	27	2.6	26	77	16	65	28	1	0	70	0.96
171284--171347	13	4.4	15	73	23	57	26	1	0	71	0.94
171652--171693	17	2.3	19	88	12	61	50	0	0	50	1.00
171652--171706	19	2.9	18	80	19	60	47	0	0	52	1.00
171660--171713	22	2.4	24	76	17	62	44	0	0	55	0.99
171922--172057	65	2.1	65	92	0	227	39	7	11	41	1.70
172456--172484	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
177848--177887	3	13.3	3	84	10	55	5	30	0	65	1.14
180481--180574	47	1.9	47	83	12	118	45	5	5	43	1.49
181242--181294	22	2.4	22	87	9	72	58	0	0	41	0.98
182551--182601	19	2.6	19	75	9	50	54	0	0	45	0.99
182832--182856	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
185645--185730	14	5.7	16	74	20	71	39	0	1	59	1.05
186083--186129	25	1.9	24	86	4	67	57	0	0	42	0.98
186426--186494	29	2.2	32	82	10	90	56	0	0	43	0.99
186522--186587	32	2.0	33	88	2	98	34	3	7	54	1.44
186972--187000	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
189452--189556	48	2.2	48	83	8	124	56	0	0	43	0.99
189529--189569	21	2.0	21	85	9	57	70	0	0	29	0.87
189896--189921	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193986--194057	36	2.0	36	97	0	135	18	50	13	18	1.79
195661--195709	21	2.3	21	78	3	53	32	8	20	38	1.82
197390--197416	12	2.2	12	100	0	54	22	11	51	14	1.73
198041--198075	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
198407--198454	16	3.0	16	77	17	55	56	0	0	43	0.99
198407--198465	32	1.9	32	83	10	79	59	0	0	40	0.97
204983--205022	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
208103--208147	15	2.9	17	78	18	53	46	0	0	53	1.00
208464--208616	61	2.5	60	80	6	164	28	32	18	20	1.96
212983--213035	27	2.0	27	92	0	88	49	5	28	16	1.69
216635--216668	12	2.8	12	86	0	50	41	2	5	50	1.42
216793--216844	18	2.8	18	82	2	50	28	3	1	65	1.21
217382--217440	28	2.1	28	84	6	75	71	5	0	23	1.06
217989--218122	15	8.6	15	68	16	53	41	0	1	56	1.13
217994--218086	21	4.8	18	71	19	62	44	1	1	53	1.14
217967--218108	39	3.7	39	76	19	122	40	1	1	56	1.17
217977--218136	13	12.5	13	71	20	60	39	0	1	58	1.11
218053--218119	26	2.5	27	81	13	77	41	0	1	56	1.08
218078--218134	18	3.3	18	81	15	68	33	0	1	64	1.04
219567--219680	46	2.3	49	72	18	112	42	0	0	57	0.99
223572--223662	40	2.3	40	83	10	109	47	0	0	52	1.00
224244--224281	19	2.0	20	84	5	51	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224357--224404	23	2.1	23	88	0	69	64	0	2	33	1.05
224860--224928	5	13.8	5	74	17	63	63	0	1	34	1.03
224860--224916	24	2.3	24	88	8	80	64	0	0	35	0.93
224862--224930	11	6.3	11	81	17	81	63	0	1	34	1.03
224862--224927	35	1.9	33	85	11	89	63	0	1	34	1.04
224927--224983	18	3.2	18	82	5	62	59	0	0	40	0.97
224935--224990	27	2.0	28	83	10	71	64	0	0	35	0.94
224947--224988	20	2.1	20	86	8	59	64	0	0	35	0.94
231355--231409	15	3.7	15	73	11	51	47	1	0	50	1.11
231358--231408	23	2.3	22	86	6	68	49	1	0	49	1.12
231350--231409	22	2.7	21	80	14	68	45	1	0	53	1.10
237895--237957	8	7.6	8	74	22	51	57	0	0	42	0.99
237895--237957	18	3.7	18	71	16	62	57	0	0	42	0.99
237841--237976	56	2.5	54	81	11	136	57	0	2	40	1.11
237856--237940	23	3.6	23	75	12	75	57	0	3	38	1.16
237887--237971	32	2.7	32	78	14	95	55	0	1	43	1.07
237945--237974	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
238238--238263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
244631--244671	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
246165--246224	31	1.9	32	86	3	86	51	0	0	48	1.00
246165--246232	32	2.1	33	83	8	86	52	0	0	47	1.00
246224--246270	17	2.7	18	72	21	55	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246224--246288	33	1.9	33	84	9	87	63	0	0	36	0.95
246748--246795	17	2.9	16	78	9	51	52	0	0	47	1.00
246724--246775	10	5.2	10	78	15	54	40	0	0	59	0.97
246778--246834	19	3.0	19	77	7	62	63	0	0	36	0.95
246782--246836	13	4.3	13	75	13	51	60	0	0	40	0.97
252014--252048	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
257721--257762	17	2.5	17	88	0	57	35	7	2	54	1.41
260042--260096	15	3.4	17	70	25	55	61	1	0	36	1.06
262393--262439	22	2.1	22	84	0	58	59	2	0	38	1.09
264158--264215	20	3.0	20	78	14	59	46	0	1	51	1.11
264158--264223	18	3.8	18	74	24	61	46	0	1	51	1.10
264522--264551	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
273708--273754	24	1.9	25	86	4	69	48	2	0	48	1.13
273781--273810	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
273846--273870	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
273870--273926	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
274369--274433	35	1.9	33	84	6	85	55	0	0	44	0.99
280094--280139	20	2.2	21	84	3	58	76	10	2	10	1.12
282966--283020	25	2.2	24	78	9	58	61	0	1	36	1.06
283145--283198	26	2.0	27	82	13	67	50	3	3	42	1.38
283171--283369	98	2.0	98	83	7	253	43	7	9	40	1.63
284308--284343	17	2.0	19	89	10	58	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286205--286278	27	2.7	27	87	0	103	47	18	9	24	1.78
290728--290773	24	1.9	24	90	0	74	45	26	6	21	1.76
290730--290833	27	3.9	27	83	5	124	48	22	9	20	1.78
295163--295188	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
295826--295856	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
296256--296298	16	2.7	16	82	7	52	69	0	0	30	0.88
297750--297784	18	1.9	18	88	0	52	42	2	0	54	1.15
302247--302293	4	11.0	4	91	8	67	76	0	0	23	0.78
303429--303474	21	2.1	23	84	8	60	58	2	0	39	1.10
306488--307085	206	2.9	206	88	1	829	31	22	18	27	1.97
308368--308459	44	2.0	48	85	8	129	55	2	1	41	1.19
309903--310073	87	2.0	87	89	2	263	23	19	20	36	1.95
311879--311907	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
315145--315213	28	2.7	23	72	22	57	50	1	1	46	1.19
319177--319240	30	2.1	30	83	11	78	31	3	3	62	1.26
321221--321274	15	3.4	16	80	14	67	44	0	0	55	0.99
321228--321281	15	3.5	15	82	7	63	48	0	0	51	1.00
321259--321305	22	2.1	22	84	0	58	55	0	0	44	0.99
321451--321485	7	4.7	7	89	10	52	25	2	0	71	1.00
321451--321488	4	10.0	4	83	11	53	26	2	0	71	1.00
321451--321488	18	2.1	18	90	5	58	26	2	0	71	1.00
321765--321816	25	2.2	25	83	16	67	48	3	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322022--322073	21	2.5	21	93	0	86	32	0	5	61	1.20
322339--322407	5	14.2	5	75	14	56	39	1	0	59	1.06
323277--323331	23	2.3	24	84	12	69	70	0	0	29	0.87
323282--323327	15	3.2	15	81	12	53	73	0	0	26	0.83
324195--324228	17	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
324551--324603	24	2.3	22	78	18	63	56	1	0	41	1.10
324697--324760	10	6.4	10	75	0	65	57	1	3	37	1.24
324729--324768	18	2.1	20	86	9	57	65	0	2	32	1.06
325653--325683	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
330450--330491	2	21.0	2	95	0	75	52	0	47	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5