genome.fa.s485.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold485
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  999764

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  3  of  8  ( 928 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224361--224452	18	5.7	17	69	17	54	56	0	0	43	0.99
224347--224392	24	2.0	24	83	12	60	50	0	0	50	1.00
224395--224429	17	2.0	17	88	5	52	57	0	0	42	0.99
225502--225543	21	2.0	21	81	9	50	47	0	0	52	1.00
225514--225565	16	3.2	16	81	5	59	53	0	0	46	1.00
225821--225929	17	6.7	16	67	22	57	48	0	0	50	1.07
225836--225939	46	2.2	47	78	13	117	48	0	0	50	1.07
226729--226828	41	2.5	41	78	18	111	55	3	6	36	1.40
226779--226820	20	2.1	20	86	0	57	54	2	7	35	1.41
226733--226854	36	3.4	36	77	13	90	53	3	4	38	1.39
226794--226860	2	33.5	2	78	11	66	53	2	1	41	1.25
227814--227849	18	2.0	18	89	10	56	44	2	0	52	1.15
228663--228706	21	2.1	21	95	0	79	36	4	0	59	1.18
230112--230262	65	2.3	65	88	0	212	40	5	12	41	1.67
231309--231360	3	17.0	3	92	4	86	34	1	0	63	1.06
231545--231622	38	2.0	39	82	12	97	48	1	0	50	1.09
232679--232718	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
233310--233337	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
237924--237992	27	2.6	27	77	11	79	53	0	1	44	1.09
238233--238313	29	2.8	28	71	22	78	48	0	0	51	1.00
241759--241816	15	4.3	14	75	16	59	68	5	0	25	1.10
242132--242246	32	3.4	32	70	19	90	58	3	0	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242159--242253	11	9.6	10	67	15	54	55	3	0	41	1.15
245090--245134	2	22.5	2	83	0	54	46	4	2	46	1.35
249328--249373	2	23.0	2	90	0	74	50	0	45	4	1.21
249596--249649	25	2.1	27	86	6	76	33	0	0	66	0.92
253390--253431	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
253711--253827	56	2.1	55	81	12	132	44	13	8	33	1.74
253802--253854	27	2.0	27	92	0	88	50	18	7	22	1.72
256523--256572	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
258145--258189	19	2.3	20	80	7	56	68	0	2	28	1.01
258272--258301	15	2.1	14	93	6	51	63	3	0	33	1.11
259286--259353	23	2.9	23	71	4	64	23	0	16	60	1.36
259625--259695	14	5.4	14	67	23	55	61	1	1	35	1.13
259618--259667	24	2.0	25	84	11	66	60	0	2	38	1.09
259663--259726	24	2.7	24	78	9	60	64	1	3	31	1.19
260371--260420	23	2.2	23	88	0	73	80	2	0	18	0.82
271932--272008	9	8.2	9	69	18	50	53	1	3	41	1.27
271939--272070	4	31.0	4	70	13	61	50	1	7	40	1.40
271933--272034	22	4.9	21	74	14	63	51	0	5	41	1.32
271932--272034	35	3.1	34	75	11	95	51	0	5	41	1.32
271996--272070	21	3.6	21	85	5	100	49	1	9	40	1.43
272000--272098	21	4.8	21	76	9	87	48	2	12	37	1.52
272182--272215	16	2.1	16	88	0	50	47	11	5	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273871--273898	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
274557--274604	11	4.9	10	76	23	57	35	0	0	64	0.94
274566--274620	22	2.5	21	82	8	74	38	1	0	60	1.08
275096--275162	29	2.4	27	79	15	82	40	0	0	59	0.97
275135--275168	15	2.2	15	89	5	50	38	0	0	61	0.96
275102--275187	23	3.7	24	75	12	90	41	1	0	56	1.06
275088--275195	45	2.4	43	79	11	119	42	0	0	56	1.05
276979--277010	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
278498--278567	34	2.1	34	94	0	122	32	7	27	32	1.84
279151--279190	18	2.2	19	86	4	55	57	2	2	37	1.26
280091--280136	12	3.6	13	82	11	60	58	0	0	41	0.98
280191--280255	21	3.0	21	84	8	87	44	0	0	55	0.99
280293--280319	11	2.5	11	100	0	54	62	0	7	29	1.22
280581--280644	6	10.8	6	75	20	55	60	0	0	39	0.97
280583--280644	11	5.5	11	73	21	56	61	0	0	38	0.96
280592--280644	23	2.3	23	83	6	72	62	0	0	37	0.96
280581--280651	17	3.9	18	83	14	85	60	0	0	39	0.97
280610--280686	17	4.3	18	72	18	56	57	1	0	41	1.07
283415--283458	21	2.0	23	86	8	65	56	0	0	43	0.99
285660--285689	12	2.5	12	100	0	60	80	0	0	20	0.72
285738--285768	7	4.4	7	91	0	53	77	9	0	12	0.99
285738--285777	14	2.9	14	88	3	55	77	10	0	12	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286699--286759	23	2.6	24	76	7	81	50	13	32	3	1.57
288578--288907	162	2.0	163	97	0	626	32	16	11	40	1.83
289231--290411	598	2.0	599	92	1	1965	30	19	20	29	1.97
290869--290909	21	2.0	21	90	4	66	39	7	2	51	1.43
291128--291171	18	2.4	18	81	11	54	75	4	4	15	1.14
299186--299236	25	2.0	25	96	0	93	27	21	7	43	1.80
305769--305842	37	2.0	37	84	10	98	48	0	1	50	1.09
306100--306137	19	2.0	19	89	0	58	50	0	2	47	1.15
306373--306429	21	2.6	22	80	8	71	50	0	1	47	1.11
306512--306568	22	2.7	21	81	5	60	36	1	3	57	1.26
307686--307725	20	2.0	20	85	9	55	35	5	7	52	1.51
308211--308257	13	3.1	16	79	20	64	44	0	0	55	0.99
308418--308444	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
308580--308618	20	2.0	20	85	10	53	41	0	5	53	1.23
308600--308673	32	2.2	33	85	9	105	37	0	1	60	1.05
308611--308664	16	3.4	16	70	10	56	38	0	1	59	1.08
309030--309100	27	2.6	26	84	10	81	53	0	0	46	1.00
309092--309135	10	4.4	10	85	0	61	47	0	2	50	1.13
309069--309135	15	4.3	15	81	14	64	49	0	1	49	1.10
309728--309755	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
309861--309886	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
310061--310100	18	2.1	18	86	9	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310492--310544	19	2.8	18	77	8	52	58	1	3	35	1.27
311734--311801	20	3.2	21	71	19	61	48	0	4	47	1.22
311808--311865	22	2.7	21	82	10	64	53	13	1	31	1.50
312326--312376	16	3.2	16	73	18	52	41	0	0	58	0.98
312333--312411	32	2.4	32	83	8	88	46	0	1	51	1.08
312381--312531	16	9.3	16	68	22	59	37	0	1	60	1.05
312393--312455	28	2.2	28	80	5	74	42	0	0	57	0.99
312454--312546	17	5.4	18	74	15	65	33	0	1	65	1.00
312461--312545	18	4.9	18	71	22	67	32	0	0	67	0.91
312454--312545	33	2.7	34	79	12	100	32	0	1	66	0.99
312785--312836	15	3.2	16	71	10	52	53	0	0	46	1.00
312864--312961	17	5.8	17	67	15	51	44	0	1	54	1.07
313033--313069	5	7.8	5	93	6	60	78	0	0	21	0.75
316775--316803	15	1.9	15	100	0	58	34	20	6	37	1.80
319415--319458	15	2.9	15	77	12	54	43	4	6	45	1.51
319507--319558	22	2.3	24	75	18	58	50	1	0	48	1.12
324311--324342	15	2.1	15	100	0	64	34	12	21	31	1.91
330312--330384	34	2.1	34	83	11	96	45	1	1	52	1.18
330366--330397	13	2.5	13	94	0	55	40	0	0	59	0.97
331352--331395	23	2.0	23	90	4	72	50	0	0	50	1.00
331405--331453	17	2.8	17	81	3	62	44	0	0	55	0.99
331390--331446	22	2.6	22	84	15	75	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331390--331462	25	3.1	22	71	23	60	45	0	0	54	0.99
339809--339867	28	2.1	28	100	0	118	28	22	23	25	1.99
342231--342274	13	3.1	14	90	6	63	0	15	0	84	0.63
342233--342295	20	3.2	21	80	8	71	1	19	0	79	0.82
343493--344883	28	46.8	31	86	5	1206	20	18	32	28	1.96
343493--344953	64	24.7	59	85	6	1290	20	17	32	28	1.96
343505--344953	96	16.3	89	84	6	1299	20	18	32	28	1.96
343550--345774	273	7.8	280	83	7	1247	24	16	32	26	1.96
344549--345876	136	9.6	135	87	3	1506	27	14	32	24	1.94
344606--345876	27	46.2	27	88	2	1500	28	14	32	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8