genome.fa.s485.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold485
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  999764

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771352--771401	26	1.9	27	88	8	77	48	0	2	50	1.12
771563--771595	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
771594--771625	3	10.7	3	93	0	55	31	0	31	37	1.58
772836--772882	18	2.3	21	79	17	55	61	4	2	31	1.27
775668--775728	32	1.9	32	86	0	86	60	0	0	39	0.97
776279--776323	21	2.2	20	84	11	56	64	2	0	33	1.06
776386--776431	23	2.0	23	82	0	56	30	2	0	67	1.03
781070--781109	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
781720--781767	24	2.0	24	84	8	62	60	0	4	35	1.16
790375--790411	5	7.0	5	90	9	56	24	0	0	75	0.80
790380--790409	11	2.8	11	95	5	53	23	0	0	76	0.78
790911--790942	6	4.9	7	92	7	50	46	0	0	53	1.00
790915--790949	6	5.8	6	90	10	54	45	0	0	54	0.99
791029--791085	21	2.8	21	82	10	66	47	0	0	52	1.00
791033--791095	19	3.0	20	75	13	56	49	3	0	47	1.17
792056--792093	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
792159--792186	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
792353--792433	16	5.0	16	79	11	94	46	28	9	14	1.77
792352--792433	32	2.5	32	88	2	119	46	29	9	14	1.77
792420--792484	23	2.8	23	88	0	85	44	26	9	20	1.81
792827--793174	176	2.0	169	85	5	464	38	8	10	42	1.69
793599--793783	97	1.9	97	87	2	273	25	16	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796572--796642	29	2.4	29	80	13	83	56	1	2	39	1.23
796599--796637	19	2.1	18	90	4	60	61	2	2	33	1.23
796709--796754	22	2.1	22	91	0	74	30	19	2	47	1.61
796864--796898	10	3.6	10	84	7	54	34	0	0	65	0.93
796861--796898	19	2.1	18	95	5	67	31	0	0	68	0.90
797455--797482	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
797583--797643	15	3.9	15	80	17	70	29	0	0	70	0.88
797588--797640	18	3.1	19	84	15	71	26	0	0	73	0.83
798300--798426	48	2.6	49	80	10	154	51	2	1	44	1.23
798463--798517	23	2.4	22	85	8	74	47	1	0	50	1.11
800025--800095	24	3.0	24	93	0	115	12	59	5	22	1.54
800027--800106	12	6.7	12	72	13	58	13	58	5	22	1.54
800026--800106	24	3.4	24	87	3	101	13	59	4	22	1.54
800906--800941	18	2.0	18	94	0	63	27	25	16	30	1.97
804187--804567	191	2.0	190	91	3	615	29	20	16	32	1.95
804365--804962	212	2.8	212	92	0	975	32	21	15	30	1.94
806447--806496	19	2.6	19	87	0	64	52	0	2	46	1.12
807703--807736	17	1.9	18	94	5	61	47	0	17	35	1.48
813385--813458	37	2.0	36	92	2	121	13	27	1	58	1.44
816268--816310	22	2.0	22	90	9	70	62	0	0	37	0.95
816348--816423	14	5.6	14	75	9	59	68	1	0	30	0.98
816348--816423	6	11.1	7	69	19	54	68	1	0	30	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816676--816731	6	9.2	6	84	3	76	62	30	3	3	1.29
818170--818199	14	2.1	14	100	0	60	20	13	6	60	1.55
824751--824800	25	2.0	25	100	0	100	20	12	16	52	1.75
826981--827014	12	2.7	13	86	4	52	70	0	8	20	1.13
830618--830669	27	1.9	27	100	0	104	36	7	17	38	1.78
831624--831654	16	1.9	16	93	0	53	25	6	0	67	1.14
832032--832103	27	2.5	28	80	11	83	63	2	4	29	1.27
832055--832106	23	2.3	21	78	12	59	61	1	3	32	1.25
832091--832140	22	2.1	25	85	14	70	56	0	0	44	0.99
832222--832255	5	6.8	5	89	0	50	0	26	0	73	0.83
832216--832255	15	2.7	14	88	11	62	0	27	0	72	0.85
834000--834024	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
836053--836090	15	2.5	15	87	8	51	47	5	5	42	1.48
838175--838213	7	5.7	7	87	6	62	82	0	17	0	0.68
840555--840585	6	5.2	6	100	0	62	0	67	16	16	1.23
841577--841626	16	3.1	16	82	0	55	50	2	4	44	1.32
843401--843448	18	2.7	18	84	12	71	58	0	0	41	0.98
843437--843480	15	2.8	16	93	6	72	50	0	0	50	1.00
843386--843480	17	5.6	17	75	13	72	55	0	0	44	0.99
844348--844393	24	1.9	24	82	8	58	39	0	2	58	1.10
844405--844451	15	2.9	17	72	15	55	48	6	0	44	1.28
844458--844498	15	2.6	16	82	14	50	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846577--846667	43	2.2	42	82	9	116	54	0	2	42	1.12
847263--847303	20	2.2	20	86	8	59	73	9	0	17	1.09
847563--847608	15	3.2	14	81	12	58	0	17	0	82	0.67
847583--847611	4	7.5	4	92	7	51	0	20	0	79	0.74
847562--847611	19	2.6	19	87	9	66	0	18	0	82	0.68
848392--848432	2	20.5	2	94	0	73	0	2	48	48	1.14
849092--849122	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
849748--849776	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
849945--849989	2	22.0	2	81	4	54	51	2	4	42	1.34
851321--851353	14	2.3	15	90	10	52	36	0	9	54	1.32
853704--853738	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
854664--854716	10	5.1	10	78	21	56	58	1	1	37	1.20
856214--856246	13	2.5	13	85	14	50	60	3	6	30	1.36
857267--857298	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
860904--860933	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
861150--861820	250	2.8	237	81	11	743	34	15	14	36	1.87
861792--861881	42	2.1	42	79	4	101	32	32	16	18	1.94
862285--862341	30	1.9	30	85	3	80	38	21	0	40	1.53
864330--864380	24	2.1	25	85	7	70	64	3	19	11	1.41
867836--867871	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
869022--869075	24	2.2	25	83	9	67	37	1	0	61	1.07
870684--870734	24	2.1	25	85	3	68	50	0	1	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871065--871096	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
871149--871199	20	2.5	20	87	6	68	35	13	17	33	1.89
872138--872198	33	1.9	33	86	6	90	40	4	8	45	1.55
874786--874820	3	11.7	3	93	0	61	68	2	0	28	1.04
875609--875643	16	2.1	18	89	10	56	48	0	0	51	1.00
875619--875659	21	2.0	20	85	4	55	43	0	2	53	1.13
882248--882297	16	3.2	16	75	10	50	60	0	0	40	0.97
882256--882322	19	3.6	19	76	9	59	64	1	0	34	1.03
882463--882488	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
882617--882741	45	2.7	45	90	2	187	39	17	10	32	1.84
884255--884307	28	1.9	28	85	11	74	45	0	1	52	1.11
884786--884870	19	4.6	18	75	15	75	38	0	1	60	1.05
884780--884858	23	3.2	23	75	13	61	39	0	1	59	1.06
884780--884858	29	2.8	29	78	17	94	39	0	1	59	1.06
884803--884859	8	7.5	8	70	18	50	42	0	0	57	0.98
884789--884873	20	4.4	20	77	15	63	38	0	1	60	1.05
884803--884885	17	5.1	17	73	25	63	40	0	0	59	0.98
886332--886392	15	4.0	15	76	17	54	37	0	0	62	0.96
886348--886384	18	2.0	19	94	5	67	40	0	0	59	0.97
886644--886673	14	2.1	14	93	6	51	60	0	0	40	0.97
886689--886760	22	3.0	22	70	22	56	36	1	0	62	1.04
888463--888504	15	2.8	15	82	10	50	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888467--888516	16	3.2	16	81	13	52	64	0	0	36	0.94
888491--888520	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
906693--906728	19	1.9	18	88	5	54	72	0	2	25	0.98
907844--908033	95	2.0	95	100	0	380	40	9	13	36	1.77
909371--909429	18	3.4	17	81	9	64	84	0	10	5	0.76
909371--909429	27	2.2	27	87	6	84	84	0	10	5	0.76
909713--909865	77	2.0	77	96	0	279	28	14	20	37	1.91
914187--914281	41	2.3	43	78	7	106	28	13	13	44	1.82
914185--914281	21	4.7	21	74	7	83	27	13	13	45	1.81
922500--922563	22	2.9	22	81	9	67	65	1	1	31	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8