genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1536239

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769218--769264	14	3.4	14	77	14	53	51	0	0	48	1.00
770105--770358	72	3.5	72	85	2	330	45	18	6	29	1.74
770673--770701	13	2.2	13	100	0	58	44	6	24	24	1.77
775673--775741	35	2.0	35	91	2	113	55	13	0	31	1.38
775811--775884	29	2.5	29	86	8	96	67	2	0	29	1.04
775841--775891	14	3.6	14	76	23	61	70	0	0	29	0.87
776602--776655	27	2.0	28	82	10	67	37	3	7	51	1.48
776869--776912	3	14.7	3	90	0	70	34	0	2	63	1.07
776826--776903	15	5.0	15	74	11	68	43	0	2	53	1.14
777241--777303	2	31.5	2	87	6	83	46	3	0	50	1.17
777230--777302	24	3.0	24	90	4	103	45	5	0	49	1.25
777373--777414	18	2.1	21	83	12	54	66	2	0	30	1.04
782683--782742	27	2.2	26	79	5	66	51	0	0	48	1.00
783119--783157	19	2.1	18	90	4	60	25	5	0	69	1.09
783284--783320	17	2.2	17	90	4	58	62	0	0	37	0.96
783277--783353	22	3.8	20	75	9	59	64	1	0	33	1.01
783529--783599	32	2.2	33	84	2	90	46	0	5	47	1.26
783556--783608	17	3.2	17	71	23	51	54	0	1	43	1.11
785376--785412	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
785519--785549	14	2.3	14	94	5	55	29	0	29	41	1.56
792018--792067	17	2.9	18	77	14	52	58	0	0	42	0.98
792319--792370	15	3.2	16	73	26	56	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792320--792372	17	3.2	17	76	23	60	56	1	0	41	1.10
792534--792582	20	2.5	19	77	9	53	59	0	2	38	1.09
792934--792976	16	2.7	16	85	0	59	48	0	4	46	1.22
793060--793109	20	2.7	18	79	14	57	60	0	0	40	0.97
793276--793329	23	2.4	21	82	14	56	62	0	1	35	1.06
793303--793386	34	2.5	34	76	18	86	55	0	1	42	1.07
793868--793910	22	2.0	21	86	4	59	51	0	0	48	1.00
796612--796649	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
800175--800220	23	2.0	23	86	0	65	50	0	0	50	1.00
800154--800226	32	2.4	30	84	11	87	46	0	0	53	1.00
800217--800253	11	3.3	11	88	3	56	35	0	0	64	0.94
800207--800258	22	2.3	23	84	15	74	30	0	0	69	0.89
800221--800262	18	2.4	19	81	18	56	28	0	0	71	0.86
800321--800354	15	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
802061--802085	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
804169--804209	14	3.0	14	79	13	50	41	0	0	58	0.98
808911--808940	15	2.0	15	100	0	60	40	26	13	20	1.89
810573--810668	22	4.4	22	70	12	65	51	0	0	48	1.00
811023--811052	15	2.0	15	93	0	51	20	0	10	70	1.16
811043--811083	16	2.4	17	80	19	50	41	0	0	58	0.98
811045--811086	15	2.6	16	85	14	59	42	0	0	57	0.99
811039--811100	21	3.0	21	71	17	58	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811660--811712	20	2.7	20	85	11	65	49	0	0	50	1.00
812504--812555	21	2.6	19	82	14	68	59	7	1	30	1.36
812504--812560	20	2.8	21	84	12	82	57	8	3	29	1.45
814219--814253	10	3.4	10	88	7	52	34	0	0	65	0.93
814384--814462	39	2.1	38	81	11	90	53	0	1	45	1.08
814411--814488	33	2.3	34	76	10	79	53	0	1	44	1.08
814789--814838	23	2.1	23	85	3	64	70	0	6	24	1.10
815661--815693	16	2.1	16	88	5	50	30	0	3	66	1.06
815791--815827	17	2.1	19	85	10	51	40	0	0	59	0.97
816265--816332	29	2.4	28	83	11	84	48	0	0	51	1.00
816298--816346	20	2.7	18	78	9	55	44	0	0	55	0.99
817518--817547	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
817658--817709	20	2.5	21	78	3	61	38	0	0	61	0.96
818035--818095	16	4.3	15	71	26	53	55	0	0	44	0.99
818043--818156	32	3.5	31	73	15	93	51	0	0	48	1.00
818066--818118	17	3.1	17	78	7	54	52	0	0	47	1.00
818008--818111	40	2.6	40	72	11	97	54	0	2	42	1.15
818343--818400	28	2.0	28	90	6	89	67	1	0	31	1.01
818433--818458	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
818557--818593	8	4.4	8	87	12	56	64	0	0	35	0.94
818836--818877	20	2.1	19	86	8	57	52	0	0	47	1.00
819192--819250	21	2.9	19	76	18	57	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819299--819340	21	2.0	21	86	9	59	54	0	0	45	0.99
819520--819546	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
820123--820172	24	2.1	24	96	0	91	34	22	4	40	1.72
820809--820845	15	2.4	16	86	13	60	32	0	8	59	1.27
915576--915637	25	2.3	26	76	18	65	37	4	1	56	1.30
915949--916009	19	3.4	18	73	13	63	55	0	0	44	0.99
915938--915997	31	1.9	31	83	6	77	55	0	0	45	0.99
917115--917142	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
920324--920352	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
920326--920355	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
921322--921361	6	6.5	6	86	13	55	15	0	2	82	0.77
921322--921361	11	3.4	11	89	10	53	15	0	2	82	0.77
923534--923565	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
925970--926014	22	2.0	22	84	16	58	55	0	2	42	1.12
930354--930395	16	2.6	16	77	7	50	59	0	0	40	0.97
931783--931838	21	2.8	20	76	10	60	62	0	0	37	0.95
931809--931872	26	2.5	24	80	14	74	60	1	1	35	1.15
931829--931879	26	2.0	26	84	7	68	62	5	1	29	1.29
932054--932103	20	2.5	20	87	9	75	58	0	0	42	0.98
932120--932158	20	2.0	20	89	0	60	46	2	0	51	1.14
932121--932178	26	2.4	25	85	8	75	46	1	0	51	1.11
933601--933626	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933595--933645	17	2.7	19	82	14	61	37	0	0	62	0.95
933593--933645	19	2.8	19	73	21	56	39	0	0	60	0.97
933884--933979	16	5.9	16	74	6	86	39	2	5	53	1.35
934005--934070	29	2.4	27	80	14	75	56	0	0	43	0.99
934002--934061	25	2.3	27	82	8	79	50	0	0	50	1.00
934009--934064	20	2.6	21	78	16	62	55	0	0	44	0.99
935722--935758	2	18.5	2	88	0	56	45	0	0	54	1.00
937352--937418	26	2.6	27	72	9	68	46	0	0	53	1.00
937380--937423	17	2.6	18	78	10	56	43	0	0	56	0.99
941356--941389	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
941399--941433	16	2.2	16	89	0	52	51	0	0	48	1.00
941470--941503	15	2.3	15	89	0	50	47	0	0	52	1.00
942003--942038	16	2.2	17	90	5	56	38	0	0	61	0.96
943421--943454	17	2.1	16	94	5	59	52	0	0	47	1.00
945243--945278	17	2.1	17	94	0	63	44	0	2	52	1.15
946534--946582	24	2.0	24	96	0	89	51	0	4	44	1.20
947433--947470	16	2.3	17	86	4	51	47	0	0	52	1.00
947693--947723	13	2.4	13	94	0	53	45	0	0	54	0.99
947902--947936	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
947907--947992	29	2.9	28	76	17	77	48	0	0	51	1.00
948313--948369	21	2.6	21	77	5	60	57	1	0	40	1.09
948491--948540	15	3.2	16	77	11	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948908--949009	46	2.2	47	81	11	113	40	0	0	59	0.97
951233--951263	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
951426--951451	12	2.2	12	100	0	52	42	7	19	30	1.79
951729--951765	13	2.8	13	100	0	74	54	5	8	32	1.53
952477--952502	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
955470--955535	5	13.2	5	78	10	64	65	0	1	33	1.02
955792--955872	9	8.0	9	73	18	54	55	1	0	43	1.07
955822--955879	16	3.6	16	70	9	55	56	0	0	43	0.99
955792--955905	32	3.6	31	86	6	133	53	3	0	42	1.24
955825--955871	21	2.0	25	84	15	66	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14