genome.fa.s726.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold726
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  990522

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692085--692245	80	2.0	80	97	0	304	41	13	12	32	1.82
695207--695252	22	2.1	22	84	11	60	56	0	2	41	1.11
728440--728479	17	2.4	17	95	0	71	32	25	5	37	1.77
729208--729238	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
729965--729998	17	2.0	17	88	0	50	29	2	2	64	1.22
730539--730608	25	2.8	25	85	8	81	42	2	1	52	1.24
731793--731839	17	2.8	17	78	15	62	59	4	4	31	1.36
732555--732609	20	2.7	20	76	20	60	47	0	0	52	1.00
732555--732612	22	2.8	20	80	15	66	46	0	0	53	1.00
737484--737510	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
739010--739061	22	2.3	23	87	6	72	55	0	0	44	0.99
740114--740158	25	1.9	24	86	13	67	55	2	0	42	1.12
741040--741089	25	2.0	25	88	0	73	40	14	0	46	1.44
741650--741683	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
743648--743758	38	2.8	38	72	18	100	37	3	0	57	1.22
743677--743737	28	2.2	28	82	8	72	45	1	0	52	1.10
743731--743780	22	2.2	23	89	10	77	28	8	0	64	1.22
743665--743874	103	2.0	103	91	0	339	35	7	1	55	1.38
744254--744287	10	3.3	10	88	8	50	73	0	0	26	0.83
744257--744287	11	2.7	12	90	10	55	77	0	0	22	0.77
746771--746810	21	1.9	21	100	0	80	40	15	20	25	1.90
748865--748906	2	22.5	2	86	13	63	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751799--751832	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
752515--752544	3	10.0	3	92	0	51	0	36	0	63	0.95
752543--752647	3	34.3	3	74	14	72	37	0	1	60	1.07
752608--752763	8	19.6	8	68	22	55	39	0	0	60	1.02
752610--752663	10	5.1	11	76	14	51	37	0	0	62	0.95
752609--752677	20	3.5	20	72	18	65	36	0	0	63	0.94
752613--752759	30	4.9	30	71	18	94	39	0	0	59	1.02
752586--752762	15	11.6	16	62	22	60	38	0	1	59	1.09
752606--752732	37	3.7	34	73	13	107	40	0	0	59	1.03
752716--752756	11	3.8	11	81	18	59	31	0	0	68	0.90
752721--752764	21	2.0	23	91	8	74	34	0	0	65	0.93
753161--753216	17	3.2	17	73	14	51	44	0	1	53	1.11
758645--758680	17	2.1	17	89	0	54	63	2	0	33	1.08
758747--758793	13	3.6	13	80	8	51	31	4	0	63	1.13
760057--760097	21	2.0	20	85	4	55	34	0	2	63	1.08
760191--760218	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
762005--762040	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
762103--762164	23	2.7	22	80	5	70	46	1	1	50	1.20
762213--762298	24	3.7	23	72	18	61	45	0	0	54	0.99
762294--762330	20	1.9	20	94	5	67	56	5	0	37	1.22
762613--762658	11	3.9	11	86	13	65	60	0	0	39	0.97
762613--762712	38	2.7	35	75	14	94	63	0	2	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762627--762725	40	2.5	40	77	12	98	62	0	3	34	1.11
762723--762752	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
762689--762779	33	2.7	34	80	10	98	54	1	1	42	1.14
762721--762776	18	3.4	17	75	20	64	53	1	0	44	1.11
769300--769371	14	5.1	14	83	8	83	33	0	0	66	0.92
769342--769385	20	2.1	21	84	12	56	34	0	2	63	1.07
769336--769372	15	2.5	15	95	4	67	29	0	0	70	0.88
769483--769518	18	2.0	18	88	0	54	30	8	0	61	1.26
769650--769690	14	2.9	14	92	0	73	41	0	0	58	0.98
769649--769693	2	22.5	2	86	0	63	44	0	0	55	0.99
770089--770118	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
770653--770871	50	4.4	50	91	1	348	29	19	20	30	1.97
775285--775517	50	4.6	50	92	1	376	28	19	21	30	1.97
778627--778664	19	2.0	19	100	0	76	31	36	5	26	1.79
780726--780929	102	2.0	101	89	2	311	34	9	13	42	1.77
781203--781234	11	2.8	12	81	18	50	50	0	0	50	1.00
781861--781907	17	2.8	17	83	3	60	72	0	0	27	0.85
781867--781905	8	4.8	8	81	6	51	74	0	0	25	0.82
782104--782138	15	2.3	15	90	0	52	51	2	2	42	1.31
782453--782510	25	2.3	25	88	5	82	56	0	1	41	1.09
783765--783809	23	2.0	22	82	4	54	55	4	0	40	1.20
785663--785817	79	2.0	80	84	6	208	30	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785861--785910	17	2.9	16	80	11	55	44	4	0	52	1.20
792272--792327	16	3.8	16	77	13	57	44	0	0	55	0.99
792264--792327	28	2.3	27	76	12	67	42	0	0	57	0.98
792326--792359	18	1.9	18	94	5	61	61	0	0	38	0.96
795559--795792	79	3.0	78	78	3	254	26	26	13	33	1.94
798191--798228	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
798469--798511	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
802505--802541	17	2.1	19	85	10	51	40	2	0	56	1.13
803142--803191	10	5.1	10	75	20	52	68	0	2	30	1.01
803150--803191	15	2.9	14	77	22	50	66	0	2	30	1.04
803131--803207	35	2.2	35	81	4	84	61	0	2	36	1.10
803944--804025	16	5.2	15	72	8	65	35	1	4	58	1.27
804232--804270	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
804566--804627	11	5.5	11	70	11	54	64	0	1	33	1.03
804583--804631	21	2.3	20	78	18	55	67	0	0	32	0.91
804617--804670	27	1.9	27	81	7	63	50	0	0	50	1.00
805562--805596	17	2.0	17	88	5	52	37	2	0	60	1.12
806379--806422	11	3.7	12	90	6	63	22	0	4	72	1.02
807507--807532	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
807870--807916	23	2.0	23	88	8	69	44	0	0	55	0.99
807943--807976	10	3.4	10	87	0	50	52	2	0	44	1.16
809232--809313	24	3.4	24	76	19	71	56	1	0	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814083--814130	13	3.4	14	81	15	55	27	0	2	70	0.98
814629--814654	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
814314--814966	340	1.9	348	89	4	1038	43	5	9	41	1.59
814799--814849	26	2.0	26	88	0	75	52	0	3	43	1.19
816310--816347	19	2.0	20	89	5	60	52	0	0	47	1.00
817049--817099	2	25.5	2	81	0	57	41	0	5	52	1.25
818184--818208	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
818634--818675	16	2.5	17	78	17	52	38	0	0	61	0.96
821031--821067	15	2.3	15	90	9	56	48	0	2	48	1.15
821647--821680	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
821927--821970	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
823444--823487	20	2.2	20	84	8	54	45	0	2	52	1.13
824803--824862	25	2.4	24	75	10	59	45	0	5	50	1.23
833724--833761	19	2.0	19	85	10	51	21	13	7	57	1.60
834350--834414	29	2.2	29	81	10	80	36	3	6	53	1.41
834570--834601	16	2.0	17	88	11	50	37	6	0	56	1.25
834623--834665	2	21.5	2	90	0	68	46	0	4	48	1.22
834823--835212	191	2.0	194	94	1	687	40	8	13	36	1.77
835352--835376	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
835509--835559	21	2.5	20	84	9	59	54	0	3	41	1.19
836605--836653	23	2.0	25	84	7	66	59	0	0	40	0.98
838396--838437	2	21.0	2	90	0	57	47	4	0	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839619--839662	20	2.2	20	83	0	52	34	0	2	63	1.07
839883--839933	21	2.5	21	87	3	68	70	1	1	25	1.08
841031--841080	19	2.7	18	78	6	55	42	2	6	50	1.38
841031--841083	18	2.9	18	80	5	61	39	1	5	52	1.36
841643--841701	20	3.0	20	73	11	59	54	0	0	45	0.99
841632--841709	23	3.4	24	75	12	67	51	0	0	48	1.00
842042--842109	16	4.2	16	70	20	52	47	0	1	51	1.09
842104--842160	15	3.5	16	78	9	62	31	0	0	68	0.90
842105--842142	18	2.1	18	90	0	58	31	0	0	68	0.90
842353--842421	18	4.0	18	73	22	67	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5