genome.fa.s726.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold726
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  990522

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 587 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842309--842404	21	4.7	21	72	19	78	39	0	0	60	0.97
843480--843513	13	2.8	13	86	13	54	35	0	0	64	0.94
847720--847771	24	2.2	24	96	0	95	25	9	13	51	1.71
847858--847906	21	2.3	22	80	20	59	30	4	0	65	1.11
852282--852317	2	18.0	2	88	0	54	44	0	2	52	1.15
854704--854781	41	1.9	40	89	2	120	30	17	21	29	1.97
857481--857526	13	3.4	14	85	11	60	54	0	0	45	0.99
865817--865847	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
866154--866201	27	1.9	26	84	16	66	35	4	0	60	1.16
869010--869042	13	2.6	13	90	4	50	69	0	0	30	0.88
869015--869058	16	2.7	15	83	13	52	68	0	2	29	1.02
870352--870384	16	2.1	16	100	0	66	51	0	0	48	1.00
871263--871324	21	2.8	21	79	18	63	58	0	0	41	0.98
871722--871872	78	1.9	78	81	5	180	35	12	10	41	1.78
875299--875328	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
875320--875363	16	2.8	16	73	13	54	43	0	0	56	0.99
875954--875993	2	20.0	2	84	0	53	45	0	7	47	1.31
877042--877077	5	6.8	5	96	3	54	22	0	0	77	0.76
877693--877739	2	23.5	2	86	0	67	46	2	4	46	1.34
880277--880323	23	2.0	23	84	12	60	63	6	0	29	1.19
882721--882782	27	2.1	30	85	11	85	35	3	1	59	1.23
885348--885392	19	2.3	19	84	3	54	48	2	4	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890399--890431	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
899033--899060	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
899351--899407	12	4.4	14	72	18	52	38	0	0	61	0.96
899670--899724	21	2.6	21	82	5	67	49	0	7	43	1.30
900148--900250	53	1.9	53	82	3	127	43	8	5	41	1.59
902220--902248	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
906362--906406	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
907452--907752	156	1.9	153	88	3	451	50	12	14	22	1.76
908700--908772	37	2.0	37	81	10	87	41	0	1	57	1.07
909159--909190	17	1.9	16	93	6	55	78	0	0	21	0.76
909382--909450	4	17.2	4	73	11	52	63	0	0	36	0.94
909377--909450	12	6.2	12	77	12	73	63	0	0	36	0.95
909352--909426	35	2.2	35	85	7	100	56	0	1	42	1.08
910289--910323	17	2.1	17	94	0	61	68	0	0	31	0.90
910348--910387	20	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
911459--911496	16	2.4	16	90	0	58	31	0	0	68	0.90
911467--911509	13	3.1	13	81	15	50	34	0	2	62	1.08
912118--912195	32	2.4	34	74	8	81	47	1	2	48	1.23
912180--912222	17	2.4	18	92	3	70	58	0	0	41	0.98
912640--912678	19	2.1	19	90	0	60	53	0	0	46	1.00
912662--912767	28	3.9	27	77	17	96	39	1	0	58	1.09
912695--912767	28	2.6	28	83	12	98	36	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912597--912745	11	12.8	11	63	20	54	40	0	0	59	1.03
912995--913021	3	9.0	3	100	0	54	0	33	33	33	1.58
914721--914780	29	2.2	27	82	17	79	55	3	0	41	1.16
914955--915011	15	3.9	15	77	13	64	57	0	0	42	0.98
915572--915604	12	2.6	13	90	4	50	54	0	0	45	0.99
915656--915735	29	3.2	25	71	22	69	43	0	0	56	0.99
916580--916611	15	2.1	15	94	0	55	3	43	0	53	1.16
923412--923468	24	2.3	24	84	3	69	47	0	1	50	1.11
923932--924008	17	4.2	17	69	19	57	35	0	1	63	1.03
924036--924072	19	1.9	19	89	10	58	64	0	0	35	0.94
924036--924086	15	3.3	15	76	23	52	64	0	0	35	0.94
924066--924116	25	1.9	28	88	11	81	66	0	0	33	0.92
927178--927234	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
929389--929414	13	2.0	13	100	0	52	7	38	7	46	1.61
929455--929494	3	13.3	3	89	0	62	67	0	2	30	1.04
936367--936391	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
936773--936805	16	2.1	16	94	0	57	24	3	6	66	1.28
940127--940332	34	6.4	34	83	13	292	41	38	0	19	1.52
940156--940279	22	5.5	22	73	22	107	40	40	0	19	1.52
940132--940324	22	8.4	23	69	23	83	40	39	0	19	1.52
945029--945084	22	2.5	22	94	0	94	37	41	1	19	1.62
945000--945129	56	2.3	57	91	4	208	40	38	0	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945051--945137	34	2.6	34	96	0	156	41	39	0	19	1.52
945026--945137	9	10.3	10	67	27	52	40	39	0	19	1.58
947074--947113	21	1.9	21	89	0	62	60	2	0	37	1.11
948049--948086	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
950539--950581	18	2.7	15	77	19	50	48	9	6	34	1.62
950541--950575	18	1.9	18	100	0	70	51	5	5	37	1.50
955629--955764	34	4.0	34	99	0	263	19	0	38	41	1.52
955629--955883	68	3.9	68	81	15	358	20	0	38	40	1.53
955731--955854	22	5.5	22	74	24	116	20	0	40	39	1.52
955670--955854	90	2.1	90	98	0	361	20	0	40	38	1.53
955760--955883	34	3.6	34	95	0	230	20	0	39	39	1.53
955622--955883	124	2.1	124	95	0	470	20	0	38	40	1.53
955704--955854	56	2.7	52	83	15	169	20	0	41	38	1.53
960557--960692	34	4.0	34	97	0	254	20	0	38	41	1.53
960557--960811	68	3.9	68	80	15	349	20	0	38	41	1.53
960659--960782	22	5.5	22	72	24	107	19	0	40	40	1.52
960632--960748	56	2.1	56	96	0	216	21	0	40	38	1.53
960598--960782	90	2.1	90	98	0	361	20	0	40	39	1.53
960688--960811	34	3.6	34	97	0	239	20	0	39	40	1.52
960550--960811	124	2.1	124	95	0	470	20	0	38	41	1.53
960614--960806	22	8.4	23	69	23	83	20	0	39	40	1.52
963264--963309	20	2.3	20	84	0	56	36	4	45	13	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965161--965186	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
967734--967759	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
975229--975327	50	2.0	51	93	2	173	25	11	13	50	1.74
980321--980356	15	2.4	15	100	0	72	33	13	5	47	1.67
980759--980789	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
982066--982130	31	2.1	31	91	5	105	21	1	26	50	1.57
982299--982338	21	1.9	21	94	0	71	60	0	2	37	1.11
984437--984506	25	2.7	26	78	14	72	50	0	2	47	1.16
984561--984655	50	1.9	50	100	0	190	26	22	17	33	1.96
984807--984850	22	2.0	23	82	13	56	38	15	18	27	1.91
984830--984898	16	4.3	16	83	0	84	43	18	15	21	1.88
985624--985743	53	2.3	53	81	5	136	37	19	15	28	1.91
985718--985782	16	4.1	16	84	7	87	38	24	16	20	1.93
985718--985791	32	2.3	32	83	4	87	40	27	14	17	1.89
986637--986766	66	2.0	66	81	3	154	45	6	8	39	1.62
986954--986997	23	2.0	22	82	13	54	45	6	0	47	1.29
987523--987559	2	19.0	2	84	15	51	0	48	2	48	1.15
987523--987559	15	2.5	15	91	4	58	0	48	2	48	1.15
989690--989719	13	2.3	13	94	0	51	70	0	3	26	1.03

Tables:   1   2   3   4   5

The End!