genome.fa.s78.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold78
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2238306

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7379--7427	22	2.1	22	85	7	62	38	2	4	55	1.31
7391--7446	24	2.3	24	81	6	69	33	1	3	60	1.24
7915--7943	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
8725--8786	28	2.2	28	91	5	99	53	20	8	17	1.69
8733--8787	28	2.0	28	100	0	110	49	21	10	18	1.78
13305--13366	28	2.2	28	91	5	99	53	20	8	17	1.69
13313--13367	28	2.0	28	100	0	110	49	21	10	18	1.78
16348--16386	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
16565--16592	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
29685--29739	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
33030--33087	13	4.5	13	76	20	50	27	3	3	65	1.25
33028--33103	12	6.1	13	71	22	56	27	3	2	65	1.23
33029--33104	38	2.0	39	86	2	109	27	5	2	64	1.28
33046--33103	12	4.7	12	76	19	57	25	3	1	68	1.14
34516--34541	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
34649--34674	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
36446--36486	21	1.9	21	85	5	55	29	9	9	51	1.67
36811--36836	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
38292--38340	22	2.3	22	82	10	57	32	0	4	63	1.13
38312--38388	38	2.0	39	87	5	111	28	3	2	64	1.24
38311--38387	12	6.1	13	73	23	58	28	2	2	66	1.18
48904--48978	27	2.8	27	91	0	123	20	9	25	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53037--53101	27	2.4	27	97	0	121	20	9	24	46	1.79
56645--56684	20	2.0	20	100	0	80	40	10	15	35	1.80
59261--59330	25	3.2	22	77	16	58	31	4	2	61	1.30
59275--59330	23	2.4	23	77	11	60	26	5	3	64	1.32
59280--59357	38	2.0	39	85	2	104	28	6	3	61	1.38
59818--59896	27	2.9	27	80	0	95	46	21	10	21	1.80
64360--64462	28	3.6	27	81	12	100	48	21	10	19	1.79
65769--65807	19	2.2	17	86	9	51	33	2	5	58	1.33
65772--65839	11	6.5	10	73	21	50	33	5	2	57	1.38
65822--65846	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
73777--73811	18	1.9	18	88	0	52	25	2	2	68	1.17
76629--76689	28	2.2	28	94	5	106	55	21	4	18	1.60
78595--78640	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
81017--81066	20	2.5	20	90	6	75	36	6	42	16	1.72
81029--81073	20	2.2	20	96	0	81	33	4	44	17	1.69
81850--81913	23	2.6	25	74	23	71	64	7	6	21	1.43
82139--82187	18	3.1	16	73	26	50	55	4	2	38	1.31
83668--83754	30	3.0	29	83	11	90	48	2	6	42	1.42
83699--83759	30	2.0	30	96	0	113	49	0	9	40	1.36
83796--83843	14	3.4	14	77	13	53	66	0	2	31	1.03
83883--83936	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
85012--85062	6	8.3	6	80	4	57	76	0	1	21	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86101--86160	30	2.0	29	87	3	84	63	6	1	28	1.29
87619--87659	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
90883--90951	22	3.1	22	67	24	54	55	1	0	43	1.08
92665--93236	286	2.0	286	91	0	921	33	13	19	32	1.91
95782--95823	18	2.4	17	88	4	66	42	0	0	57	0.99
95812--95840	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
100063--100096	17	2.0	17	88	0	50	23	0	0	76	0.79
100046--100097	23	2.2	23	82	3	59	32	0	0	67	0.91
103662--103719	25	2.3	25	84	3	71	32	3	22	41	1.71
103796--103834	10	3.7	10	80	12	51	30	0	25	43	1.55
103844--103884	19	2.1	19	86	4	55	73	0	7	19	1.07
104150--104215	15	4.5	15	78	14	66	42	0	1	56	1.08
104080--104190	44	2.5	41	71	23	93	36	0	0	62	1.02
104088--104208	61	2.0	60	84	10	158	40	0	0	58	1.04
104158--104217	7	8.1	7	74	17	50	45	0	0	55	0.99
104132--104216	15	5.6	16	77	12	65	42	0	1	56	1.07
104849--104910	27	2.4	25	84	12	74	40	1	0	58	1.08
104955--105042	31	2.8	31	74	17	85	48	0	0	51	1.00
104954--105017	22	2.7	23	76	17	69	51	0	0	48	1.00
104978--105022	16	2.9	15	78	21	56	46	0	0	53	1.00
105004--105057	21	2.6	20	75	16	56	44	0	1	53	1.11
104988--105059	19	3.8	20	73	17	64	45	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105045--105073	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
109401--109663	24	10.8	24	84	9	313	12	26	30	30	1.92
111758--111804	23	2.0	23	87	0	67	40	8	51	0	1.33
112043--112206	11	15.1	11	70	18	78	57	0	0	42	0.98
112043--112100	17	3.4	17	79	9	55	60	0	0	39	0.97
112035--112123	23	3.9	22	76	15	74	62	0	0	37	0.95
112069--112101	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
112057--112125	28	2.8	24	84	10	86	63	0	0	36	0.94
112142--112207	17	3.9	17	73	15	64	53	0	0	46	1.00
112163--112219	21	2.8	20	78	7	62	52	0	0	47	1.00
112141--112214	34	2.2	35	80	9	82	54	0	0	45	1.00
112461--112487	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
114372--114453	31	2.5	31	84	7	92	43	2	0	53	1.13
115184--115213	12	2.6	12	94	5	53	43	6	50	0	1.28
116884--116917	2	17.0	2	87	0	50	52	2	0	44	1.16
120872--120911	18	2.2	19	86	13	57	50	2	0	47	1.14
121380--121425	20	2.3	20	92	0	74	58	4	8	28	1.47
121389--121427	20	2.0	20	100	0	78	56	2	10	30	1.46
126767--126824	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
126814--126879	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
126841--126910	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
126957--126994	20	1.9	20	94	0	67	15	50	5	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131376--131433	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
131423--131488	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
131450--131519	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
131566--131603	20	1.9	20	94	0	67	15	50	5	28	1.66
142752--142807	28	2.0	28	96	0	103	33	1	14	50	1.53
150794--150820	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
169169--169215	16	2.9	15	79	14	58	65	0	0	34	0.93
169169--169210	11	3.9	11	87	6	68	66	0	0	33	0.92
173019--173054	18	1.9	19	88	5	56	41	2	2	52	1.30
176469--176513	21	2.2	20	88	4	63	53	2	0	44	1.13
177466--177507	20	2.0	22	86	9	61	57	2	2	38	1.25
181964--182009	18	2.5	19	86	6	69	34	2	0	63	1.07
181966--182012	19	2.6	18	80	16	60	31	2	0	65	1.04
183006--183196	96	2.0	96	100	0	382	35	17	15	31	1.92
190827--190883	12	5.1	12	81	8	59	49	0	1	49	1.11
191005--191052	24	1.9	26	87	8	73	64	2	0	33	1.05
197133--197244	43	2.6	43	95	0	197	46	17	4	31	1.68
199377--199428	11	4.7	11	82	0	59	67	0	0	32	0.91
199382--199449	6	11.7	6	73	17	54	64	2	0	32	1.08
199635--199689	22	2.5	20	80	11	56	38	1	0	60	1.08
199635--199690	28	2.0	28	86	13	80	37	1	0	60	1.07
200056--200170	8	14.4	8	67	28	59	39	0	0	60	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200097--200131	19	1.9	18	88	11	54	42	0	0	57	0.99
200038--200132	10	9.9	10	69	24	62	36	1	0	62	1.03
200102--200165	17	3.6	18	78	16	62	42	1	0	56	1.09
201033--201110	19	4.0	19	77	9	68	51	1	1	46	1.17
200986--201103	39	3.1	39	77	9	102	50	0	0	48	1.12
201252--201364	5	22.8	5	69	21	51	59	0	1	38	1.08
201268--201382	32	3.7	31	75	21	91	60	0	1	37	1.07
201268--201383	21	5.5	22	74	19	97	60	0	1	37	1.07
201699--201742	21	2.1	21	87	8	63	2	38	6	52	1.41
202189--202238	19	2.6	19	76	17	50	44	6	8	42	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15