genome.fa.s78.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold78
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2238306

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843632--843675	18	2.5	17	82	17	54	54	2	0	43	1.12
847533--847560	13	2.2	13	100	0	56	46	14	7	32	1.71
847773--847810	16	2.4	16	90	0	58	44	0	2	52	1.14
848057--848111	26	2.1	27	83	6	69	50	0	1	47	1.11
850180--850244	26	2.7	23	81	11	76	46	0	1	52	1.10
850753--850790	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
851227--851258	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
852144--852177	16	2.1	17	94	5	61	41	2	0	55	1.15
852961--853026	27	2.4	28	75	14	66	19	39	6	34	1.77
854420--854450	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
854988--855019	15	2.1	15	94	0	55	53	0	3	43	1.16
855341--855389	13	3.5	13	78	10	53	55	2	0	42	1.11
856217--856248	14	2.2	15	94	5	57	21	0	0	78	0.76
857921--857956	9	4.2	9	89	10	58	69	0	0	30	0.89
857921--857956	17	2.1	18	90	10	58	69	0	0	30	0.89
857919--857964	8	5.5	8	84	7	56	65	0	0	34	0.93
859253--859299	23	2.0	23	95	0	85	38	12	6	42	1.69
864285--864443	86	1.9	86	80	7	191	44	15	22	18	1.86
864586--864943	85	4.2	83	77	6	321	33	17	32	16	1.92
864672--864899	83	2.7	84	81	5	246	33	17	34	14	1.91
864971--865476	42	11.9	42	72	11	185	36	18	28	16	1.93
865074--865448	84	4.4	83	77	10	319	37	18	28	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864977--865471	215	2.3	210	78	8	509	36	18	28	16	1.92
865070--865470	131	3.1	126	79	6	342	37	18	28	15	1.91
866041--866181	73	1.9	73	86	2	203	45	13	20	20	1.85
872533--872571	10	3.5	11	86	13	53	0	15	0	84	0.62
872525--872571	20	2.2	22	88	7	71	2	14	0	82	0.75
873106--873470	167	2.2	165	82	8	422	49	9	9	30	1.69
874372--874428	18	3.3	18	85	9	66	38	0	0	61	0.96
874398--874436	18	2.2	18	85	0	51	38	2	2	56	1.27
874604--874676	27	2.6	28	82	10	78	39	1	0	58	1.06
874625--874671	18	2.7	18	84	12	55	38	0	0	61	0.96
874865--874985	16	7.8	16	69	10	81	38	0	0	61	1.02
874893--874985	15	6.2	14	71	19	64	36	0	1	62	1.03
874896--874930	18	2.0	17	88	5	52	28	0	0	71	0.86
874918--874970	20	2.5	20	80	14	63	41	0	1	56	1.10
874882--874998	61	1.9	61	92	0	198	40	0	0	58	1.04
874897--875030	61	2.2	59	83	7	171	39	1	0	58	1.13
875018--875070	12	4.7	12	77	17	60	32	0	0	67	0.91
875338--875376	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
875291--875399	43	2.6	42	80	7	107	45	0	0	53	1.06
877651--877697	20	2.4	20	96	3	87	42	8	10	38	1.70
878303--878373	27	2.6	27	86	6	90	46	22	7	23	1.76
880123--880168	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882744--882814	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
883020--883065	22	2.1	22	84	8	58	34	0	2	63	1.07
883233--883279	23	2.0	24	83	4	60	36	2	4	57	1.30
883555--883600	18	2.5	19	83	13	60	28	0	0	71	0.86
883548--883600	20	2.8	18	78	13	61	26	0	0	73	0.83
885413--885446	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
885527--885585	30	2.1	28	84	9	75	37	11	3	47	1.57
886778--886804	13	2.1	13	100	0	54	7	7	0	85	0.75
887521--887616	20	4.4	22	74	16	76	40	0	0	59	0.97
887606--887669	21	3.0	21	78	15	69	57	0	0	42	0.98
887608--887687	39	2.0	40	83	7	101	60	0	0	40	0.97
887630--887691	22	2.9	21	75	13	63	61	0	0	38	0.96
887889--887963	17	4.2	18	75	11	57	68	1	1	29	1.06
887905--887962	23	2.5	23	88	8	82	65	1	1	31	1.13
887904--887963	11	5.6	10	79	14	59	66	1	1	30	1.11
887910--887962	12	4.3	12	80	9	63	64	1	1	32	1.15
887975--888062	44	2.0	46	88	4	135	57	1	0	40	1.06
887982--888062	24	3.5	23	70	14	69	60	1	0	38	1.05
889307--889341	10	3.5	10	84	0	52	42	0	2	54	1.15
889300--889341	20	2.1	20	90	0	66	40	0	4	54	1.21
890470--890509	17	2.4	16	84	8	53	70	0	2	27	1.01
891112--891157	22	2.1	22	84	8	58	34	0	2	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894627--894657	9	3.4	9	95	0	53	54	6	0	38	1.26
895675--895755	30	2.6	30	74	14	76	49	0	0	50	1.00
896210--896243	17	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
896231--896273	10	4.3	10	82	17	54	53	0	0	46	1.00
896235--896273	18	2.0	20	90	9	64	56	0	0	43	0.99
896578--896625	22	2.1	23	84	3	62	52	0	2	45	1.12
896579--896644	30	2.2	30	84	7	82	50	0	1	48	1.10
896789--896845	16	3.7	15	81	13	71	50	1	0	47	1.11
896793--896835	14	2.9	15	86	6	61	51	2	0	46	1.13
896785--896864	30	2.8	30	81	12	80	50	1	1	47	1.17
898906--898962	2	28.5	2	96	0	105	47	0	0	52	1.00
899309--899349	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
899598--899672	25	3.1	25	84	7	93	41	1	1	56	1.16
909801--909837	2	19.0	2	88	5	58	51	0	0	48	1.00
914919--914949	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
920656--920701	24	1.9	24	90	0	74	43	28	6	21	1.77
920682--920758	28	2.9	27	79	11	79	50	20	5	23	1.68
920706--920759	28	1.9	28	92	0	90	51	18	9	20	1.73
922053--922083	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
926259--926314	28	2.0	28	82	6	69	25	1	5	67	1.21
927337--927376	20	2.0	20	100	0	80	25	10	10	55	1.64
928052--928143	28	3.4	27	78	8	91	26	7	20	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928052--928117	27	2.4	27	85	7	89	25	7	19	46	1.76
932625--932695	27	2.6	27	84	6	90	23	7	22	46	1.76
935278--935316	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
936077--936175	50	2.0	50	97	0	189	38	5	12	44	1.64
936148--936191	22	2.0	23	86	8	65	40	4	13	40	1.65
936077--936187	50	2.2	50	93	3	179	38	4	12	44	1.63
938673--938701	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
942127--942179	25	2.2	24	96	3	97	41	11	3	43	1.58
943646--943776	38	3.4	38	78	4	129	27	27	14	30	1.95
948354--948454	38	2.7	38	85	0	139	28	22	12	35	1.91
950211--950302	43	2.2	42	80	7	105	19	11	33	34	1.89
950236--950331	43	2.3	43	83	5	115	19	10	37	32	1.86
954144--954181	20	1.9	20	94	0	67	28	5	50	15	1.66
954228--954297	24	2.8	24	77	14	70	45	22	10	21	1.81
954230--954326	27	3.7	27	80	4	101	45	23	9	21	1.81
954314--954371	26	2.3	25	88	5	82	25	13	25	34	1.93
956235--956280	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
958753--958790	20	1.9	20	94	0	67	28	5	50	15	1.66
958837--958906	24	2.8	24	77	14	70	45	22	10	21	1.81
958839--958935	27	3.7	27	80	4	101	45	23	9	21	1.81
960177--960250	27	2.7	28	79	8	89	50	17	4	28	1.64
961938--962010	27	2.7	27	84	0	92	26	8	17	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963306--963340	15	2.4	15	90	4	54	28	2	0	68	1.04
967316--967426	50	2.2	50	95	0	195	37	4	13	44	1.64
967387--967430	22	2.0	23	86	8	65	40	4	13	40	1.65
971127--971159	11	2.8	12	90	9	50	54	15	9	21	1.68
975373--975423	17	3.1	18	78	13	56	58	5	11	23	1.55
975429--975490	28	2.2	28	78	16	65	74	3	4	17	1.13
980355--980383	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
982842--982883	21	2.0	21	82	13	52	57	0	2	40	1.12
984014--984044	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
990701--990726	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15