genome.fa.s78.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold78
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2238306

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1594589--1594628	22	1.9	21	90	10	64	37	0	2	60	1.11
1594595--1594683	22	3.9	22	71	16	74	40	0	2	57	1.11
1595153--1595231	19	4.2	20	76	12	78	64	1	0	34	1.02
1595165--1595294	16	7.6	17	72	19	85	56	2	1	40	1.21
1595155--1595237	37	2.3	36	80	12	89	61	1	0	37	1.04
1595173--1595332	87	1.8	88	84	11	222	54	3	2	39	1.32
1596024--1596085	27	2.3	27	80	5	72	50	0	0	50	1.00
1596065--1596103	13	3.2	13	89	7	55	58	2	0	38	1.12
1598318--1598361	6	7.8	6	80	14	58	65	0	0	34	0.93
1601565--1601607	15	2.8	15	85	3	59	65	0	0	34	0.93
1608486--1608577	31	3.0	31	83	0	112	29	13	19	38	1.89
1609263--1609319	13	4.1	14	77	11	64	77	5	0	17	0.95
1609266--1609321	28	2.0	27	86	10	78	76	7	0	16	0.99
1610384--1610442	24	2.5	24	83	8	84	49	15	33	1	1.55
1610387--1610438	13	4.1	13	79	20	56	48	15	34	1	1.56
1615828--1615867	10	3.8	10	87	9	53	90	0	10	0	0.47
1615830--1615867	15	2.6	15	95	4	69	89	0	10	0	0.49
1616395--1616419	10	2.5	10	100	0	50	84	16	0	0	0.63
1616723--1616747	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
1621457--1621483	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1624488--1624513	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1624470--1624535	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1628561--1628591	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1630673--1630710	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1632318--1632358	22	2.0	20	85	9	55	17	9	14	58	1.62
1633266--1633291	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1633248--1633312	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
1633634--1633700	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1634158--1634183	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1634138--1634201	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1634879--1634924	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
1639229--1639254	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1639209--1639272	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1641044--1641397	185	1.9	185	97	0	663	32	11	18	38	1.86
1644736--1644776	7	5.9	7	94	0	73	14	26	29	29	1.95
1647560--1647590	13	2.4	13	94	0	53	32	16	9	41	1.80
1647544--1647610	33	2.0	33	82	5	82	37	13	13	35	1.84
1649972--1650544	55	10.4	55	91	3	822	28	30	19	21	1.98
1650325--1650472	29	5.3	29	62	18	89	29	31	17	21	1.96
1651179--1651278	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
1651181--1651275	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
1651200--1651256	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
1651318--1651343	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1651298--1651364	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1653899--1654053	80	1.9	80	81	2	186	25	29	14	30	1.95
1658756--1658979	111	2.0	111	100	0	448	50	9	11	28	1.71
1661826--1661855	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1662670--1662807	38	3.6	38	75	5	109	39	18	14	27	1.90
1662717--1662886	38	4.5	38	82	2	180	35	23	12	27	1.92
1667004--1667043	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1669644--1669674	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1676776--1676812	18	2.0	19	89	5	58	48	8	2	40	1.47
1678525--1678606	32	2.6	32	75	9	87	37	18	9	34	1.84
1678642--1678815	65	2.7	64	81	11	180	43	16	10	28	1.82
1678697--1678791	33	3.0	30	73	8	91	46	14	9	29	1.76
1678699--1678800	32	3.2	31	71	9	89	44	14	9	31	1.78
1682862--1682897	18	2.0	18	100	0	72	38	22	5	33	1.77
1684909--1684940	13	2.5	13	94	0	55	40	15	12	31	1.85
1684969--1685008	20	2.0	21	90	5	64	30	20	12	37	1.89
1695409--1695657	72	3.5	72	93	0	417	33	14	16	34	1.90
1695625--1695678	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
1700863--1701001	51	2.7	52	81	5	174	40	11	17	30	1.85
1701037--1701094	20	2.8	20	84	7	73	29	22	13	34	1.93
1702629--1702745	51	2.3	51	85	4	155	33	11	23	31	1.90
1702893--1703004	51	2.2	51	88	0	161	31	15	26	26	1.96
1702622--1703083	130	3.6	130	85	1	606	34	11	24	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702936--1703143	79	2.6	78	86	4	301	34	12	24	28	1.92
1710680--1710851	32	5.4	32	78	7	161	22	27	12	36	1.91
1710692--1710851	33	5.0	32	77	11	116	21	27	12	38	1.90
1710669--1710846	95	1.9	95	95	0	320	21	26	12	39	1.89
1710676--1710920	34	7.5	33	81	7	227	21	28	12	37	1.89
1710669--1710866	95	2.1	95	89	4	303	21	27	12	38	1.89
1710676--1710932	65	3.9	66	77	12	203	21	28	12	37	1.90
1710946--1711685	49	15.4	49	76	11	658	24	25	19	31	1.98
1711139--1711380	87	2.8	86	86	3	331	25	23	20	30	1.98
1711307--1711685	101	3.8	101	87	5	495	24	25	18	31	1.97
1711307--1711688	149	2.5	150	81	4	437	24	25	18	31	1.97
1716481--1716581	20	4.6	20	77	20	85	42	11	16	28	1.84
1716481--1716632	69	2.2	70	92	1	252	41	13	17	28	1.86
1716661--1716710	20	2.5	20	96	0	91	44	14	14	28	1.83
1716534--1716785	127	2.0	127	98	0	486	40	11	15	32	1.82
1717208--1717872	52	12.6	51	75	7	228	36	13	23	25	1.92
1717401--1717514	61	1.9	60	85	1	156	35	11	27	25	1.90
1717573--1717923	156	2.3	156	78	4	343	37	14	22	25	1.93
1717710--1717923	104	2.1	104	83	5	265	38	14	21	24	1.92
1717919--1718052	32	4.2	32	79	9	130	26	16	26	30	1.97
1718028--1718139	28	4.0	27	81	6	107	25	16	27	31	1.96
1718238--1718543	30	10.4	30	71	17	155	35	11	25	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1718240--1718543	59	5.2	58	74	13	198	35	11	25	27	1.90
1718305--1718343	21	1.9	20	89	5	60	41	5	25	28	1.77
1718325--1718733	29	13.4	30	73	10	233	35	11	25	27	1.91
1718243--1718400	82	1.9	81	81	7	185	37	10	25	25	1.88
1718606--1718699	33	2.8	32	79	9	100	35	10	25	28	1.89
1718606--1718700	34	2.9	34	82	4	104	34	10	25	29	1.89
1718708--1718772	30	2.2	30	82	0	76	32	16	27	23	1.96
1718721--1718858	29	4.7	29	85	5	170	28	14	30	26	1.95
1722813--1723436	79	7.9	78	78	6	497	34	12	24	28	1.91
1722812--1723438	158	4.0	159	78	6	601	34	12	24	28	1.92
1722813--1723438	317	2.0	318	81	4	746	34	12	24	28	1.92
1725957--1725982	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1726628--1726680	26	2.0	26	100	0	106	28	30	7	33	1.85
1728391--1728437	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1728558--1728596	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1728582--1728660	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1730674--1730704	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1732508--1732552	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1734770--1734795	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1735217--1735350	50	2.7	49	87	4	196	42	11	17	28	1.84
1735957--1736585	61	10.3	61	84	3	642	31	16	24	27	1.97
1749988--1750063	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750009--1750081	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1749988--1750081	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1750636--1750731	48	2.0	48	97	0	183	26	29	7	37	1.83
1752552--1752590	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1752576--1752654	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1754671--1754701	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1758829--1758904	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1758850--1758922	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1758829--1758922	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1759710--1759905	79	2.5	79	79	4	225	32	11	25	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15