genome.fa.s78.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold78
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2238306

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654486--654538	20	2.7	20	77	8	56	39	0	0	60	0.97
654710--654749	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
655695--655743	17	2.9	17	79	17	57	44	0	0	55	0.99
656288--656321	10	3.4	10	92	8	52	55	0	0	44	0.99
656445--656493	21	2.3	21	79	6	55	8	8	12	71	1.31
656887--656936	18	2.8	18	84	6	66	36	0	2	62	1.07
659550--659587	14	2.7	14	84	12	51	36	7	10	44	1.68
660160--660223	32	1.9	34	84	6	87	53	0	1	45	1.10
660492--660531	9	4.8	9	84	9	50	42	0	0	57	0.98
661013--661054	18	2.3	18	87	0	57	66	0	0	33	0.92
660987--661074	32	2.8	33	74	10	94	63	0	1	35	1.02
660987--661080	31	3.0	31	74	10	93	62	0	1	36	1.02
661340--661415	28	2.6	29	75	14	75	44	0	1	53	1.08
661451--661491	20	2.0	20	95	0	73	63	0	0	36	0.95
665945--666068	45	2.9	44	88	10	136	27	4	14	54	1.58
665968--666068	45	2.2	45	100	0	202	29	3	13	52	1.59
666371--666402	15	2.1	15	94	0	55	40	9	6	43	1.62
667472--667498	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
668862--668905	22	2.0	22	82	8	54	63	0	13	22	1.29
674028--674092	24	2.6	25	70	4	60	47	6	4	41	1.49
679273--679313	19	2.2	19	100	0	82	43	0	9	46	1.36
682230--682625	202	2.0	202	92	0	666	39	5	15	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682953--683011	29	2.0	29	83	6	75	64	0	0	35	0.94
683131--683196	29	2.3	27	78	16	71	56	1	0	42	1.08
683736--683772	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
684799--684825	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
693503--693543	19	2.2	19	100	0	82	43	0	9	46	1.36
696459--696853	201	2.0	202	92	0	657	39	5	15	39	1.71
697181--697239	29	2.0	29	83	6	75	64	0	0	35	0.94
697359--697424	29	2.3	27	78	16	71	56	1	0	42	1.08
699013--699039	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
710912--711005	29	3.2	29	71	12	75	55	0	7	37	1.28
711394--711425	4	7.8	4	93	6	55	78	0	0	21	0.76
712586--712644	29	2.0	29	83	6	75	64	0	0	35	0.94
712764--712829	28	2.3	29	76	21	68	54	3	1	40	1.25
713365--713389	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
713728--713760	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
715121--715252	50	2.6	50	87	0	192	28	20	18	32	1.96
719665--719796	50	2.6	50	89	2	194	29	20	18	31	1.96
722349--722564	34	6.4	34	88	1	292	24	7	27	40	1.83
722349--722566	67	3.2	67	88	1	319	24	7	27	40	1.82
726975--727192	34	6.5	34	88	1	296	24	7	27	40	1.82
726975--727194	67	3.3	67	88	1	323	24	7	27	40	1.82
730201--730240	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734541--734587	22	2.1	23	88	4	69	29	0	0	70	0.88
745778--745806	13	2.2	13	100	0	58	31	20	0	48	1.50
745830--745857	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
746478--746537	30	1.9	33	83	10	81	56	0	0	43	0.99
746526--746572	19	2.5	19	86	3	51	65	4	0	29	1.11
746591--746654	23	2.7	24	85	4	85	54	0	0	45	0.99
751268--751339	38	2.0	36	86	10	103	45	0	0	54	0.99
751604--751658	17	3.1	17	72	10	56	58	0	0	41	0.98
751605--751658	18	3.0	19	73	10	60	59	0	0	40	0.98
753944--753994	25	2.0	25	96	0	93	35	17	0	47	1.48
754713--754757	22	2.0	22	86	8	63	28	0	4	66	1.11
754707--754766	31	2.0	31	90	3	95	28	0	3	68	1.05
755161--755381	34	6.5	33	82	9	266	40	26	7	24	1.82
755163--755381	68	3.2	67	85	3	296	40	26	7	25	1.82
755161--755381	102	2.2	101	89	1	352	40	26	7	24	1.82
760160--760234	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
760157--760234	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
763311--763530	34	6.5	33	82	9	255	40	26	7	25	1.82
763313--763530	68	3.2	68	83	5	291	40	26	7	25	1.82
763311--763530	102	2.2	101	87	1	341	40	26	7	25	1.82
764215--764260	14	3.2	14	87	9	58	67	4	0	28	1.10
765112--765154	23	2.0	21	86	9	59	27	2	2	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767499--767551	20	2.7	20	84	0	70	45	1	3	49	1.31
768361--768401	21	1.9	22	90	5	66	46	4	4	43	1.46
771462--771530	19	3.6	19	78	3	59	33	1	2	62	1.19
771484--771541	19	3.0	21	75	14	61	31	1	1	65	1.13
771497--771562	19	3.5	17	70	23	51	27	7	1	63	1.30
771751--771784	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
774352--774483	67	2.0	67	86	0	183	28	24	18	28	1.98
775107--775162	22	2.4	23	79	11	60	60	1	1	35	1.17
775883--775953	22	3.3	21	69	11	54	46	1	0	52	1.09
775945--776016	35	2.0	36	82	12	87	50	1	1	47	1.18
775911--776043	28	4.3	31	67	18	80	54	2	0	42	1.18
776423--776471	25	2.0	26	84	15	68	40	20	10	28	1.85
778599--778650	19	2.7	20	82	8	72	32	0	0	67	0.91
782835--782885	27	2.0	26	84	7	68	13	13	1	70	1.25
787458--787504	23	2.0	23	91	0	76	57	10	6	25	1.56
787466--787958	246	2.0	246	91	1	810	31	20	13	35	1.91
800958--800999	17	2.3	18	88	8	59	19	7	4	69	1.31
804520--804559	9	4.3	9	83	3	53	32	2	0	65	1.06
805511--805553	20	2.1	21	87	12	63	65	0	2	32	1.06
805541--805602	28	2.2	27	75	13	63	56	6	1	35	1.35
806615--806688	35	2.1	35	80	9	80	43	1	1	54	1.17
806684--806746	27	2.3	28	78	13	69	36	3	0	60	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808473--808505	11	2.8	12	86	13	50	63	0	0	36	0.95
808473--808589	13	8.7	14	68	18	61	57	1	2	38	1.23
809051--809144	33	3.0	32	77	14	97	36	0	1	62	1.02
809078--809130	18	3.1	17	82	15	65	33	0	0	66	0.92
809107--809161	24	2.3	23	84	3	65	38	0	0	61	0.96
809052--809145	15	6.1	15	71	18	52	36	0	1	62	1.02
809109--809163	23	2.5	22	77	11	58	36	0	0	63	0.95
809359--809419	20	3.0	20	76	19	63	60	0	0	39	0.97
809353--809423	23	3.4	21	75	19	60	63	0	0	36	0.95
810421--810470	27	2.0	26	88	11	77	74	6	8	12	1.22
811224--811256	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
814766--814836	30	2.3	31	80	9	74	43	7	9	39	1.65
815189--815236	23	2.0	23	84	11	62	6	20	6	66	1.36
815845--815905	27	2.2	27	85	2	86	47	4	6	40	1.51
816847--816876	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
818296--818330	16	2.2	16	94	0	61	45	0	0	54	0.99
821479--821528	13	3.6	13	78	10	55	56	2	2	40	1.22
822470--822500	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
824629--824653	10	2.5	10	100	0	50	0	0	8	92	0.40
825246--825288	18	2.4	18	76	11	52	37	0	4	58	1.19
826220--826324	52	2.0	52	100	0	210	24	26	9	39	1.86
831222--831262	5	8.4	5	83	5	57	19	2	2	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836137--836193	29	2.0	29	83	13	73	75	0	22	1	0.90
836729--836764	11	3.3	11	92	0	54	86	0	11	2	0.68
837862--837987	46	2.8	43	83	8	135	24	20	11	42	1.86
837899--837963	22	3.0	22	79	4	87	20	21	13	44	1.86
837899--837962	21	3.0	21	77	11	76	20	21	14	43	1.87
838030--838074	21	2.2	20	88	4	63	22	15	11	51	1.75
838390--838441	21	2.3	23	77	12	72	19	23	15	42	1.89
838461--838562	24	4.4	24	76	16	81	27	20	13	38	1.90
839712--840122	213	1.9	213	82	3	506	40	10	16	32	1.82
842636--842665	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15