genome.fa.s78.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold78
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2238306

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  15  of  15  ( 1751 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154429--2154487	19	3.0	19	78	14	57	42	1	0	55	1.09
2154480--2154539	29	2.1	27	85	11	77	36	0	1	61	1.06
2155725--2155782	29	2.0	30	86	3	82	56	3	6	32	1.42
2155742--2155812	30	2.4	31	79	9	76	60	4	5	29	1.38
2155802--2155900	30	3.3	29	75	10	101	58	3	3	35	1.29
2155773--2155900	60	2.1	59	83	12	163	59	3	3	33	1.31
2156101--2156144	21	2.0	21	82	8	52	45	0	0	54	0.99
2156977--2157014	20	1.9	19	94	5	67	63	5	0	31	1.17
2156979--2157023	20	2.3	19	88	3	63	62	4	2	31	1.27
2157953--2157990	20	2.0	20	89	5	60	65	0	0	34	0.93
2158441--2158484	19	2.4	19	84	3	54	61	0	2	36	1.09
2158437--2158500	32	2.1	30	82	11	76	57	0	1	40	1.08
2159147--2159183	8	4.6	8	93	0	56	27	0	2	70	1.01
2159144--2159186	9	4.9	9	85	5	52	27	0	2	69	1.00
2159146--2159195	8	6.0	8	85	4	55	28	0	2	70	0.99
2162222--2162280	30	2.0	28	87	6	82	38	0	3	57	1.15
2163829--2163870	21	2.0	21	81	9	50	66	7	0	26	1.17
2164389--2164472	41	2.0	41	97	0	159	41	1	14	42	1.53
2166079--2166125	23	2.0	24	83	4	60	65	2	0	31	1.04
2166367--2166399	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
2166563--2166634	11	6.5	11	70	20	51	41	0	1	56	1.07
2166578--2166632	19	2.9	19	84	12	69	45	0	1	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166565--2166615	11	4.2	12	78	14	52	43	0	0	56	0.99
2168335--2168401	25	2.7	24	77	9	62	41	1	0	56	1.08
2168335--2168400	13	5.2	13	75	10	57	40	1	0	57	1.08
2168350--2168402	28	2.0	25	89	10	79	45	0	0	54	0.99
2171496--2171535	16	2.5	16	87	0	62	45	5	12	37	1.64
2173606--2173701	34	2.8	34	80	3	95	26	8	21	43	1.81
2173620--2173706	34	2.6	34	85	3	113	25	10	22	41	1.85
2178145--2178261	34	3.5	34	92	2	182	22	7	27	42	1.80
2180176--2180268	41	2.4	39	79	13	95	41	0	0	58	0.98
2182182--2182256	30	2.6	29	80	16	91	52	6	0	41	1.28
2183257--2183298	16	2.5	17	84	11	59	28	2	11	57	1.47
2183257--2183298	17	2.5	16	88	7	57	28	2	11	57	1.47
2186574--2186606	17	1.9	17	88	11	50	66	15	9	9	1.43
2188508--2188548	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2188548--2188590	2	21.5	2	90	0	59	48	6	0	44	1.29
2193395--2193469	24	3.2	24	80	10	68	56	0	0	44	0.99
2194730--2194760	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2195025--2195065	3	13.3	3	84	5	55	63	2	2	31	1.20
2195918--2195973	28	2.0	28	86	3	78	66	1	1	30	1.12
2195819--2196044	110	2.1	110	82	5	269	56	2	5	36	1.34
2196548--2196592	16	2.9	15	80	12	56	31	0	0	68	0.89
2196556--2196598	20	2.1	21	86	4	61	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196647--2196687	12	3.2	13	83	13	50	80	0	17	2	0.82
2196938--2197090	76	2.0	80	84	5	206	30	10	7	51	1.64
2201127--2201279	76	2.0	76	100	0	306	39	15	21	23	1.92
2204262--2204310	12	4.3	12	77	12	59	59	0	0	40	0.98
2204320--2204353	18	1.9	17	94	5	59	73	0	0	26	0.83
2204475--2204521	20	2.5	19	90	10	71	51	0	0	48	1.00
2204487--2204536	20	2.5	20	87	6	57	64	0	0	36	0.94
2204493--2204537	21	2.2	20	84	4	54	66	0	0	33	0.92
2207079--2207104	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2208971--2209099	41	3.1	41	93	2	215	44	2	11	41	1.53
2212665--2212700	19	1.9	18	88	5	54	50	2	0	47	1.15
2214266--2214332	28	2.3	29	84	2	73	52	14	7	25	1.68
2215787--2215859	37	2.0	37	81	5	87	50	0	1	47	1.09
2218460--2218556	41	2.4	40	81	6	115	52	4	6	37	1.46
2218446--2218568	40	2.9	42	75	12	126	50	4	6	38	1.50
2220671--2220738	27	2.5	27	80	2	82	47	20	5	26	1.73
2223487--2223537	2	27.0	2	78	11	54	50	3	1	43	1.31
2225189--2225328	29	4.6	29	75	12	95	57	2	5	35	1.35
2225189--2225353	31	5.4	30	75	8	138	56	3	4	35	1.34
2225189--2225344	63	2.5	63	81	7	160	58	2	4	34	1.32
2225249--2225332	29	2.8	29	81	3	96	63	1	2	33	1.15
2227675--2227719	20	2.2	20	84	0	54	55	4	2	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232951--2233002	19	2.7	20	80	14	56	36	0	5	57	1.23
2233317--2233351	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2234338--2234403	22	3.0	22	73	10	62	37	10	15	36	1.82
2237833--2237873	18	2.2	19	86	8	57	63	0	4	31	1.15
2237951--2238013	20	3.2	18	74	22	56	42	0	3	53	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15

The End!