genome.fa.s793.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold793
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  691781

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4--45	22	1.9	22	85	0	57	2	16	0	80	0.81
1--42	12	3.7	11	81	12	50	2	14	0	83	0.75
3949--4043	50	1.9	50	86	0	136	42	8	15	33	1.78
4079--4148	20	3.4	20	84	4	77	30	12	12	44	1.80
4710--5016	150	2.0	152	86	3	431	32	15	17	34	1.92
5836--5878	14	3.0	14	73	6	50	65	4	0	30	1.13
11777--11802	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
11922--11980	20	2.9	21	76	14	61	50	0	0	49	1.00
12115--12153	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
15459--15539	31	2.6	31	96	0	144	34	19	19	25	1.96
16560--16593	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17255--17306	16	3.2	16	80	0	50	53	9	5	30	1.57
18038--18069	12	2.6	13	90	9	50	56	0	0	43	0.99
18528--18590	24	2.6	25	77	5	67	31	0	4	63	1.15
21147--21187	21	2.0	21	85	0	55	34	2	2	60	1.23
23232--23299	27	2.5	28	72	13	70	60	1	11	26	1.40
27327--27449	51	2.4	52	87	1	176	26	13	15	43	1.84
29756--29917	84	1.9	86	89	2	256	29	21	12	35	1.91
31898--31955	22	2.5	22	86	8	71	18	1	1	77	0.94
34344--34395	21	2.5	22	78	9	54	38	5	17	38	1.74
37571--37623	20	2.7	20	87	0	79	41	13	13	32	1.82
45249--45287	19	2.1	19	90	9	62	46	15	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47398--47446	25	2.0	25	87	0	71	26	4	4	65	1.29
50440--50479	16	2.5	16	88	8	55	47	5	7	40	1.54
50893--50934	15	2.7	16	85	7	59	57	16	0	26	1.40
54260--54569	142	2.2	140	83	5	410	36	8	8	46	1.66
54569--54994	230	1.9	230	96	0	798	33	12	9	44	1.74
56593--56679	42	2.1	42	89	8	133	47	17	12	22	1.81
61429--61468	12	3.2	12	82	6	53	20	2	2	75	1.04
61979--62012	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
62255--62291	19	2.1	19	90	10	60	40	0	0	59	0.97
64741--64778	20	1.9	20	94	0	67	36	13	13	36	1.83
72739--72787	14	3.6	14	76	20	50	42	0	6	51	1.27
73232--73286	28	2.0	27	82	13	67	25	12	7	54	1.63
77747--77994	61	4.1	61	75	3	221	36	9	14	39	1.78
78518--78566	12	4.0	12	80	12	55	55	0	0	44	0.99
78518--78591	24	2.8	26	76	15	73	54	0	2	43	1.14
78538--78635	12	7.6	12	72	16	63	52	3	3	41	1.32
78569--78634	26	2.4	27	82	9	73	53	4	1	40	1.31
78569--78630	29	2.2	28	85	2	79	54	4	1	38	1.31
81785--81837	8	6.1	8	83	12	61	79	3	0	16	0.88
81787--81838	10	5.6	10	80	14	51	80	3	0	15	0.85
81787--81838	9	5.8	9	80	6	52	80	3	0	15	0.85
81756--81838	19	4.3	19	71	21	64	74	3	2	19	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82835--82872	18	2.1	18	90	0	58	57	26	10	5	1.53
83082--83172	36	2.5	36	94	0	155	23	9	16	50	1.74
83002--83303	167	1.8	167	94	0	541	24	12	16	46	1.82
86062--86086	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
88837--88980	71	2.0	71	97	0	270	37	20	18	22	1.94
96292--96345	22	2.4	21	82	11	63	83	7	9	0	0.82
96283--96359	18	4.4	17	80	13	61	80	6	11	1	0.95
97284--98016	61	12.0	61	81	5	768	26	25	18	30	1.98
97319--98016	182	3.8	182	84	3	857	26	25	18	30	1.98
98404--98428	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98417--98565	52	2.9	51	84	7	194	34	18	17	29	1.94
112392--112472	18	4.6	18	77	18	89	83	13	1	1	0.76
112394--112486	10	8.9	10	76	12	89	83	11	3	1	0.81
112395--112498	48	2.1	48	84	8	131	82	13	2	0	0.83
112394--112485	1	92.0	1	69	0	58	84	10	3	1	0.78
113922--114305	28	13.4	28	84	6	407	32	31	16	19	1.94
113922--114280	58	6.2	57	88	4	515	32	30	16	19	1.95
113912--114258	174	2.0	173	93	1	588	30	31	17	20	1.95
114322--114957	49	12.8	49	81	8	655	23	25	18	32	1.97
114420--114957	151	3.6	150	86	4	703	23	25	18	32	1.97
114322--114860	200	2.7	200	86	6	708	23	25	18	32	1.97
115711--115775	19	3.8	18	71	24	68	32	10	16	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115713--115783	32	2.2	32	92	0	124	32	11	18	38	1.86
115804--115860	21	2.7	21	100	0	114	40	17	10	31	1.84
115869--115997	52	2.5	52	93	0	222	34	17	18	28	1.94
119117--119352	62	3.8	63	74	12	229	25	23	11	39	1.88
119114--119381	62	4.4	61	72	12	208	25	23	12	38	1.90
120333--120382	9	5.4	9	83	4	64	82	4	0	14	0.82
120333--120382	10	5.6	8	80	17	55	82	4	0	14	0.82
121383--121448	18	3.8	18	74	18	50	59	25	9	6	1.51
121647--121735	36	2.5	36	94	0	151	20	11	19	49	1.78
121683--122048	131	2.8	131	94	0	617	22	13	19	44	1.85
122914--123448	155	3.5	153	80	7	514	24	16	19	39	1.91
127695--127730	17	2.1	17	100	0	72	41	11	16	30	1.83
127917--128073	59	2.7	59	84	2	192	25	12	12	49	1.75
127965--128059	30	3.2	30	72	24	101	26	12	9	51	1.70
128235--128394	58	2.8	57	81	3	185	29	11	13	45	1.78
132227--132291	32	2.0	32	93	0	112	41	23	12	23	1.87
135342--135539	65	3.1	65	79	5	197	29	13	15	40	1.86
135342--135509	64	2.6	65	81	5	189	29	13	14	41	1.85
135285--135539	129	2.0	127	81	3	296	30	14	15	40	1.86
136987--137054	31	2.2	31	84	5	93	27	13	4	54	1.58
141456--141485	10	3.0	10	90	0	51	86	0	0	13	0.57
141591--141615	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141572--141634	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
141570--141642	32	2.3	32	95	0	128	35	12	16	35	1.86
141686--141711	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
141668--141732	34	1.9	33	90	3	103	26	16	12	44	1.83
144068--144368	52	5.8	52	67	10	182	29	26	11	32	1.92
144175--144250	28	2.7	28	81	4	82	23	35	17	23	1.95
144234--144403	52	3.3	52	82	7	161	32	25	11	30	1.91
144075--144513	211	2.1	211	92	1	729	28	27	12	30	1.93
144417--144618	79	2.6	78	85	3	253	25	29	16	29	1.97
144146--144541	107	3.7	105	68	15	292	28	27	13	30	1.94
146537--146578	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
146942--146980	14	2.7	15	92	4	62	74	0	2	23	0.94
148688--148846	56	2.8	56	77	3	142	41	15	18	24	1.89
148749--148874	56	2.3	55	81	2	144	38	15	18	26	1.91
148908--149031	56	2.2	56	78	5	126	44	12	18	24	1.85
150262--150297	16	2.2	16	90	0	54	83	5	0	11	0.80
151477--151501	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
151458--151522	33	2.0	32	88	8	96	36	15	15	32	1.89
152089--152145	22	2.6	24	76	18	61	33	19	10	36	1.86
155704--155771	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
155725--155749	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155706--155768	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155811--155836	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155791--155857	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
159836--159906	27	2.6	27	86	6	90	23	33	21	21	1.97
159891--160061	51	3.3	50	79	6	189	29	25	11	33	1.91
159727--160061	105	3.2	104	69	13	263	29	25	11	32	1.92
160044--160125	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
166699--166794	1	96.0	1	76	0	75	86	6	7	0	0.71
166698--166795	34	2.8	35	95	3	180	84	6	9	0	0.77
166698--166795	35	2.8	34	96	3	178	84	6	9	0	0.77
170482--170552	27	2.6	27	86	6	90	23	33	21	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5