genome.fa.s793.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold793
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  691781

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170537--170707	51	3.3	50	79	6	189	29	25	11	33	1.91
170373--170707	105	3.2	104	69	13	263	29	25	11	32	1.92
170690--170771	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
183161--183224	14	4.7	13	86	7	83	85	9	4	0	0.72
183161--183240	27	3.0	27	81	3	99	83	7	8	0	0.80
183162--183224	1	63.0	1	75	0	54	87	7	4	0	0.67
184145--184707	55	10.2	55	91	4	834	28	29	20	20	1.98
185304--185381	21	3.7	21	98	0	147	32	10	20	37	1.86
185303--185401	42	2.4	42	86	3	137	34	13	18	34	1.89
185437--185504	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
185458--185482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185439--185501	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
185544--185569	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
185524--185590	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
188037--188107	27	2.6	27	86	6	90	23	33	21	21	1.97
188092--188262	51	3.3	50	78	6	180	29	25	11	33	1.91
188245--188326	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
191536--191618	34	2.5	34	82	5	98	27	26	7	38	1.82
191504--191821	94	3.5	92	77	13	325	24	28	11	35	1.89
191602--191985	31	12.9	29	79	8	283	23	26	12	37	1.91
191598--191979	60	6.4	59	73	14	264	23	26	12	37	1.90
191718--191798	33	2.5	32	82	7	92	25	24	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191631--191979	120	2.9	119	84	5	389	24	26	12	37	1.90
191568--191918	88	3.9	89	75	12	241	24	27	11	36	1.90
192686--193790	49	22.5	49	74	11	676	34	16	25	24	1.95
192683--192874	92	2.1	92	87	0	276	34	16	22	26	1.95
192939--193850	144	6.3	142	77	12	665	33	16	25	24	1.96
193032--193790	246	3.1	245	90	1	1193	33	16	25	24	1.96
193226--193790	101	5.8	100	81	8	578	33	16	25	24	1.96
193625--193850	87	2.5	89	83	8	278	31	17	24	26	1.97
193946--194266	34	9.5	34	79	9	250	36	13	29	20	1.91
193884--194140	97	2.6	97	76	11	258	35	13	29	21	1.92
193973--194266	70	4.3	70	78	9	254	36	12	29	20	1.90
194254--194385	31	4.3	31	84	6	137	26	16	31	25	1.96
194269--194389	31	3.9	30	83	9	138	26	16	31	25	1.96
199979--200033	20	2.7	21	85	2	76	38	12	16	32	1.86
199946--200011	33	2.0	33	85	11	91	37	15	15	31	1.88
200075--200126	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
206043--206068	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
208712--208771	20	3.0	20	90	2	93	41	10	16	31	1.81
208820--208845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
208802--208865	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
212631--212655	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
212651--212824	87	2.0	87	95	0	312	32	17	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216076--216264	79	2.4	78	81	4	213	31	17	26	23	1.97
216216--216287	28	2.6	28	86	8	94	26	20	31	20	1.98
216275--216493	52	4.2	51	82	8	235	32	10	26	30	1.90
216480--216555	27	2.8	28	88	9	104	21	19	34	25	1.96
218972--218997	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
218951--219017	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
219128--219184	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
220211--220369	34	4.9	34	72	18	108	23	27	10	38	1.87
220240--220965	31	24.0	30	75	9	365	23	27	12	36	1.90
220333--220965	60	10.5	60	72	14	385	23	27	12	36	1.91
220453--220548	32	2.9	33	86	6	124	21	26	11	40	1.87
220302--220739	151	2.9	149	79	8	392	23	27	11	37	1.90
220336--220910	120	4.8	116	79	8	521	22	26	12	37	1.91
220204--220958	273	2.8	269	80	5	766	23	27	12	36	1.90
220898--220977	31	2.6	31	80	4	99	23	31	8	36	1.86
221003--221460	33	14.2	32	83	7	482	30	33	15	20	1.94
221003--221460	65	7.1	64	84	5	482	30	33	15	20	1.94
221526--221851	52	6.2	52	79	2	269	23	22	16	37	1.94
222357--222400	20	2.1	21	87	4	63	38	4	20	36	1.73
222371--222409	20	2.0	20	89	0	60	38	7	23	30	1.83
235644--235721	20	3.9	20	96	0	138	32	19	8	39	1.82
236703--236731	13	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236870--236925	28	2.0	28	83	13	71	37	0	5	57	1.22
238429--238473	18	2.5	17	82	13	54	24	0	0	75	0.80
240110--240148	20	2.0	20	95	5	71	38	15	10	35	1.81
240229--240288	22	2.7	22	86	0	84	40	10	20	30	1.85
240332--240356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
240344--240396	20	2.7	20	96	0	97	41	15	15	28	1.87
240581--240976	197	2.0	196	97	0	747	38	13	9	38	1.78
242812--242858	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
246682--246707	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
246662--246723	33	1.9	32	90	3	97	25	12	17	43	1.85
249961--250055	10	9.1	10	68	17	59	41	10	23	25	1.86
249956--250040	22	4.0	22	77	10	95	41	11	21	25	1.87
250633--250685	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
251311--251351	2	21.0	2	85	5	57	46	0	0	53	1.00
251554--251598	23	1.9	23	81	4	54	64	0	15	20	1.29
252336--252391	20	2.8	20	83	0	67	37	14	16	32	1.88
252397--252443	20	2.3	21	85	3	60	40	14	17	27	1.89
252486--252511	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
254117--254150	9	3.8	9	96	0	59	38	0	35	26	1.57
254117--254150	3	11.3	3	87	0	50	38	0	35	26	1.57
258133--258173	12	3.2	13	86	10	57	68	4	0	26	1.10
258324--258446	41	3.0	41	98	0	237	52	11	21	14	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259718--260437	79	9.3	79	85	5	939	27	25	13	33	1.94
259729--260435	304	2.3	304	84	5	884	27	25	13	34	1.93
260370--260504	52	2.6	51	81	6	157	28	22	12	37	1.90
266287--266344	30	1.9	30	89	0	89	18	29	25	25	1.98
266963--267004	21	2.0	21	86	9	59	30	14	19	35	1.91
267062--267086	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
267042--267108	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
267162--267310	52	2.9	51	89	4	235	32	18	17	30	1.94
276907--277546	61	10.9	61	81	10	744	25	28	20	25	1.99
276907--277925	233	4.4	231	85	7	1232	25	27	20	26	1.99
277447--277637	94	2.0	97	86	10	275	23	30	19	26	1.98
277447--277637	93	2.0	98	86	10	277	23	30	19	26	1.98
277553--277925	61	6.2	61	83	8	484	25	27	20	27	1.99
277329--277758	215	2.0	215	89	3	670	24	30	19	25	1.98
277575--277925	121	2.9	121	92	1	578	25	26	19	28	1.99
277548--277925	182	2.1	175	85	7	494	25	27	19	27	1.99
277951--278033	41	2.0	41	81	4	96	18	20	15	45	1.85
278598--278624	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
278776--278855	39	2.0	41	92	4	137	51	12	21	15	1.75
279250--279280	11	2.8	11	95	0	53	25	9	19	45	1.81
280105--280177	27	2.6	28	85	8	96	24	31	20	23	1.98
280210--280279	28	2.5	28	100	0	140	20	31	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280089--280361	107	2.6	106	83	5	320	24	27	16	31	1.96
280238--280730	79	6.2	79	91	0	754	26	26	14	32	1.95
280662--280808	52	2.8	51	80	9	163	27	23	12	36	1.91
282138--282163	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
282346--282370	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
282516--282555	20	2.0	21	85	14	57	32	22	2	42	1.67
282817--282869	20	2.5	21	81	12	63	28	47	20	3	1.68
284843--284893	20	2.5	21	83	3	68	41	15	15	27	1.88
287733--287774	15	2.8	15	78	10	50	45	11	0	42	1.41
288668--288723	19	2.9	19	91	2	94	35	14	19	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5