genome.fa.s80.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold80
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499392

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157281--157374	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
157995--158060	34	1.9	34	100	0	132	45	24	3	27	1.68
159851--159889	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
159875--159953	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
161968--161998	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
166091--166166	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
166112--166184	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
166091--166184	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
174419--174472	19	2.7	19	82	5	63	40	12	16	29	1.86
177635--179626	679	2.9	676	90	1	3023	38	13	18	29	1.88
185577--185626	19	2.5	20	90	3	75	34	16	16	34	1.90
185672--185709	20	2.0	20	94	5	69	31	15	15	36	1.90
187765--187789	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
190544--190594	21	2.6	19	87	6	66	35	11	17	35	1.87
190544--190628	19	4.7	19	77	19	83	35	11	18	34	1.88
190566--190667	32	3.2	32	91	0	159	34	11	19	34	1.88
202117--202141	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
202097--202161	33	2.0	33	87	6	96	36	15	16	30	1.90
209706--209732	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
213268--213341	13	6.2	13	77	17	88	33	13	16	36	1.88
213294--213360	20	3.7	20	70	25	76	34	11	16	37	1.85
213279--213360	33	2.5	33	95	0	155	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213390--213511	19	7.1	18	68	26	86	35	16	12	36	1.86
213382--213484	32	3.2	32	95	0	179	35	18	12	33	1.89
213409--213465	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
214551--214617	33	2.0	33	83	11	84	23	32	17	25	1.97
215541--215596	20	2.9	19	86	5	76	35	14	14	35	1.86
218743--218784	20	2.1	20	100	0	84	19	14	30	35	1.91
218748--218792	20	2.2	20	92	0	72	24	17	24	33	1.96
218799--218932	35	3.9	34	81	8	164	29	26	12	32	1.93
218806--218904	34	2.9	34	83	7	112	29	29	13	28	1.94
219371--219408	20	1.9	20	88	0	58	47	10	7	34	1.67
219759--220404	321	2.0	321	100	0	1292	35	17	9	37	1.83
220535--220596	17	3.8	16	85	6	79	20	38	0	40	1.53
220533--220599	33	2.0	34	91	2	109	20	38	0	40	1.53
228478--228778	42	7.2	43	75	8	210	18	27	18	35	1.94
228495--228778	84	3.4	83	77	4	293	18	27	18	35	1.94
229776--229900	45	2.8	45	90	0	187	52	15	25	7	1.68
230048--230116	31	2.2	30	80	7	75	27	34	15	21	1.94
230103--230181	40	2.0	39	87	7	115	27	35	20	16	1.94
230118--230201	40	2.1	39	84	8	107	30	35	19	14	1.91
230270--230365	40	2.4	41	78	5	106	28	34	19	17	1.95
230113--230420	163	1.9	164	85	0	429	29	34	18	17	1.95
234097--234184	34	2.5	34	87	3	113	34	26	10	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234119--234218	34	2.9	34	86	4	130	31	25	10	34	1.89
234659--234715	20	2.8	20	91	2	87	49	14	7	29	1.69
236393--236582	92	2.1	92	91	0	308	27	21	7	43	1.79
243164--243284	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
243164--243304	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
243293--243317	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
243383--243407	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
243361--243427	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
244226--244619	170	2.3	171	94	2	682	36	14	24	24	1.93
244572--244902	43	7.0	44	78	12	306	31	18	25	24	1.97
244533--244902	92	3.9	93	90	6	546	31	18	25	24	1.97
244534--244902	49	7.6	49	81	9	402	31	18	25	24	1.97
244976--245515	33	16.3	33	75	16	439	33	13	32	20	1.91
244975--245515	34	16.4	33	76	15	464	33	13	32	20	1.91
244975--245515	141	4.1	141	80	11	446	33	13	32	20	1.91
245356--245472	28	4.0	27	72	17	90	30	14	32	22	1.94
245194--245503	62	4.9	61	86	6	390	32	13	32	21	1.92
253831--253951	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
253831--253971	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
253960--253984	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
254050--254074	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
254028--254094	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256875--256908	15	2.3	15	94	0	59	11	8	2	76	1.12
258943--258969	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
261436--261460	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261551--261575	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
263181--263214	9	3.8	9	96	0	59	38	0	35	26	1.57
263181--263214	3	11.3	3	87	0	50	38	0	35	26	1.57
267724--267762	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
267894--267934	22	2.0	20	86	13	57	34	21	4	39	1.75
270205--270229	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270320--270344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270300--270367	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
272180--272225	23	2.0	23	83	4	58	60	2	2	34	1.21
272446--272486	15	2.8	15	75	17	50	46	0	2	51	1.14
274563--274628	5	13.2	5	76	6	62	1	22	18	57	1.48
274563--274602	21	2.0	20	90	5	62	0	20	17	62	1.33
275711--275744	4	8.2	4	87	6	50	2	29	0	67	1.05
275782--275810	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
275810--275847	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
281156--281198	20	2.2	19	87	8	59	41	16	6	34	1.75
286561--286612	27	1.9	27	88	0	77	21	34	3	40	1.71
287628--287691	12	5.4	12	78	10	69	6	17	0	76	0.98
294601--294640	18	2.2	18	86	8	55	15	7	7	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294717--294766	17	3.1	17	78	16	52	22	4	2	72	1.12
295109--295181	20	3.6	20	77	3	92	35	13	19	31	1.91
295126--295202	21	3.7	21	75	6	86	42	11	16	28	1.84
295109--295202	41	2.3	41	92	3	163	39	12	18	29	1.88
295241--295266	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
299327--299357	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
303233--303293	31	2.0	31	100	0	122	26	3	26	44	1.69
303914--303986	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
303931--304007	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
303914--304007	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
304046--304071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
305423--305754	155	2.2	153	81	2	369	33	12	16	37	1.87
311127--311190	23	2.7	24	85	4	85	42	18	18	20	1.90
311589--311660	16	4.2	16	73	23	67	2	13	2	80	0.93
311691--311752	24	2.6	24	78	14	65	29	16	22	32	1.95
311907--311994	37	2.4	37	82	0	113	36	13	17	32	1.89
311968--312041	38	1.9	39	83	2	96	39	13	12	35	1.82
313847--313880	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
316211--316245	16	2.2	16	100	0	70	28	11	22	37	1.89
316867--317422	166	3.4	163	79	9	472	32	9	8	49	1.65
316977--317430	166	2.8	164	82	5	533	31	9	9	49	1.66
321142--321193	20	2.6	20	75	0	68	28	17	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325092--325975	28	30.8	28	82	5	917	23	17	30	28	1.97
325044--325965	346	2.7	346	85	5	1134	23	17	30	28	1.97
325039--325975	432	2.2	429	88	3	1371	23	17	30	28	1.97
327193--327244	23	2.3	23	90	3	79	3	1	13	80	0.93
327193--327254	23	2.8	21	81	11	70	3	3	12	80	0.95
327188--327261	7	9.7	7	75	18	60	2	2	12	82	0.88
327205--327261	17	3.4	17	76	16	64	1	3	12	82	0.87
327188--327262	8	9.6	8	76	12	68	2	2	12	82	0.87
329682--329735	13	4.5	13	71	21	55	33	18	12	35	1.89
329682--329749	33	2.0	33	88	8	102	32	20	13	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8