genome.fa.s80.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold80
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499392

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634019--634083	33	2.0	33	84	0	85	40	16	12	30	1.86
638585--638610	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
638567--638630	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
639797--639850	20	2.7	20	91	0	81	35	16	14	33	1.90
647888--648212	154	2.1	153	85	3	438	33	7	8	50	1.60
649023--649079	10	5.5	10	85	6	69	80	0	17	1	0.79
649044--649085	18	2.3	18	91	0	66	83	0	14	2	0.75
649674--649716	21	2.0	21	100	0	86	27	9	27	34	1.88
649719--649758	20	2.0	20	85	9	55	27	7	15	50	1.70
659097--659123	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
659174--659238	33	2.0	33	84	6	87	35	12	16	35	1.87
659227--659343	51	2.3	52	92	1	191	36	15	10	37	1.81
673555--673606	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
673970--673994	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
674057--674081	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
674090--674218	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
678344--678370	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
683611--683683	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
683629--683704	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
683611--683704	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
683743--683768	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
687837--687867	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689812--689890	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
689877--689915	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
691701--691747	23	2.0	23	95	0	85	31	6	12	48	1.66
692384--692456	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
692402--692477	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
692384--692477	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
692516--692541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
698036--698074	10	3.9	10	86	0	60	84	12	2	0	0.72
699495--699707	57	3.7	57	81	7	241	30	28	17	24	1.97
699501--699701	88	2.3	87	89	3	298	29	27	17	24	1.98
699501--699707	29	7.1	29	82	6	249	30	27	17	24	1.97
699497--699734	117	2.0	119	83	6	306	28	27	16	26	1.97
699769--699905	32	4.4	31	84	5	168	28	35	18	17	1.93
699767--699905	64	2.2	63	86	6	192	28	35	17	17	1.94
699898--700274	48	8.0	44	77	14	335	26	25	16	31	1.97
699898--700274	92	4.0	95	83	6	421	26	25	16	31	1.97
699898--700265	188	1.9	191	90	2	589	26	25	17	30	1.97
700175--700328	52	2.9	53	83	4	211	25	23	14	37	1.92
701117--701141	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
701205--701229	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
701238--701366	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
705390--705833	166	2.7	166	80	6	468	28	11	7	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705602--705906	166	1.8	165	79	9	352	28	12	9	49	1.71
711324--711767	166	2.7	166	80	6	468	28	11	7	52	1.65
711536--711840	166	1.8	165	79	9	352	28	12	9	49	1.71
713607--713920	166	1.9	164	81	7	386	29	8	16	45	1.77
714514--714907	156	2.5	155	82	6	462	24	17	19	38	1.93
715794--715825	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
716792--717168	46	8.1	46	77	8	327	22	25	10	40	1.86
716797--717134	182	1.9	183	86	4	495	21	26	10	41	1.85
717345--717606	85	3.1	83	79	3	308	19	19	12	48	1.81
717371--717601	42	5.4	43	69	12	145	19	19	12	48	1.79
717369--717773	85	4.8	84	75	6	300	19	20	13	46	1.82
718709--718995	154	1.9	151	84	5	380	33	9	10	47	1.69
719865--719897	17	1.9	17	88	11	50	78	0	18	3	0.87
720386--720423	20	1.9	20	88	0	58	31	18	10	39	1.85
721349--721387	20	2.0	20	85	10	53	23	20	10	46	1.81
723149--723208	30	2.0	30	96	0	111	25	6	21	46	1.75
727126--727163	16	2.4	17	82	13	53	34	2	13	50	1.55
729038--729063	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
729020--729083	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
730683--730724	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
731110--731270	84	1.9	84	81	5	191	54	3	17	25	1.58
734519--734570	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739094--739128	17	2.0	18	88	5	54	17	28	0	54	1.43
739121--739169	21	2.3	21	89	6	73	12	12	6	69	1.35
741005--741483	167	2.9	166	86	4	653	28	10	8	52	1.65
741615--741657	19	2.3	19	84	8	52	32	0	4	62	1.15
745978--746003	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
745960--746023	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
748223--748272	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
750043--750073	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
752154--752191	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
753810--753853	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
754748--754773	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
757392--757440	21	2.3	21	86	13	66	12	12	4	71	1.28
759279--759765	167	2.9	165	85	5	633	27	10	9	52	1.66
766164--766189	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
771987--772207	112	2.0	108	91	3	352	31	23	14	29	1.95
776114--776326	78	2.7	77	77	12	213	34	16	13	36	1.87
777538--777573	11	3.4	11	92	7	65	0	13	0	86	0.58
777538--777577	20	2.0	21	95	5	73	0	15	0	85	0.61
777540--777592	20	2.6	20	85	8	63	0	16	1	81	0.79
778982--779054	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
779000--779075	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
778982--779075	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779114--779139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
780632--780680	13	4.2	13	75	24	63	38	18	12	30	1.87
780632--780701	34	2.1	33	89	2	104	35	20	12	31	1.90
780730--780786	19	3.0	20	76	7	64	31	17	17	33	1.93
780730--780776	20	2.4	20	85	3	60	34	19	14	31	1.92
781341--781417	22	3.6	21	72	10	59	27	28	3	40	1.74
785737--785809	27	2.7	26	87	8	94	23	35	21	19	1.96
792521--792661	27	5.1	27	60	19	67	28	29	19	22	1.98
792068--793055	55	17.3	54	84	9	1037	26	28	20	24	1.99
793822--793878	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
793934--794001	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
793955--793979	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
793936--793998	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
794041--794066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
794021--794087	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
796486--796559	28	2.7	27	85	4	85	24	35	21	18	1.96
797819--797859	18	2.2	19	86	8	57	48	19	4	26	1.69
802242--802271	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
803851--803878	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
803928--804000	20	3.7	19	85	3	74	38	17	15	28	1.90
808853--809743	154	5.8	153	74	7	599	40	18	13	27	1.88
810855--810882	13	2.2	13	100	0	56	53	14	7	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811308--811365	17	3.4	17	77	20	66	17	0	6	75	1.01
812816--813257	65	6.8	65	77	7	398	44	12	23	19	1.85
812847--813257	129	3.2	128	76	6	411	44	12	22	19	1.85
815107--815131	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
815088--815151	33	1.9	33	87	12	96	32	18	15	32	1.93
815221--815247	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
816632--816670	20	2.0	20	84	0	51	28	2	0	69	1.02
817531--817576	9	4.9	9	86	5	56	0	17	2	80	0.81
817540--817574	11	3.2	11	88	12	54	0	17	0	82	0.66
817531--817574	20	2.2	20	88	8	63	0	15	2	81	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8