genome.fa.s80.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold80
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499392

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--12585	101	125.0	101	82	5	8946	33	17	25	22	1.96
6--12585	202	62.5	197	81	4	10526	33	17	25	22	1.96
6--12585	906	13.9	895	84	3	11100	33	17	25	22	1.96
12590--15018	101	24.1	101	85	1	3059	22	26	17	33	1.96
12786--12880	49	2.1	44	80	11	102	21	25	17	35	1.95
13389--13483	49	2.1	44	80	11	102	21	25	17	35	1.95
12590--15018	603	4.0	602	90	1	3266	22	26	17	33	1.96
23677--23707	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
23656--23720	33	2.0	33	87	6	96	36	13	15	33	1.87
23751--23808	19	3.1	18	88	11	89	32	17	15	34	1.91
23792--23818	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
23773--23837	32	2.0	33	87	3	96	40	16	15	27	1.89
26670--26863	81	2.4	79	78	6	230	33	14	25	26	1.94
26829--26948	51	2.4	51	82	0	141	28	15	29	27	1.96
26796--27266	131	3.6	130	80	3	547	33	12	26	27	1.93
26881--27028	80	1.9	80	84	2	199	31	12	28	27	1.93
26966--27079	51	2.2	51	92	0	183	32	12	25	29	1.92
26796--27266	259	1.8	259	85	2	660	33	12	26	27	1.93
37428--37459	13	2.4	13	94	5	55	84	12	3	0	0.74
38429--39549	59	19.3	59	87	4	1359	26	27	20	25	1.99
40306--40353	19	2.5	19	96	0	87	33	12	16	37	1.86
42879--42955	27	2.8	27	82	5	84	22	31	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42908--43087	80	2.3	80	84	4	231	25	30	16	28	1.96
43021--43188	52	3.3	51	82	4	194	29	27	10	32	1.90
54275--55926	59	28.2	59	90	3	2377	25	27	21	25	1.99
56804--56854	19	2.7	19	93	0	84	31	9	17	41	1.82
56886--56942	21	2.8	21	86	2	80	24	15	12	47	1.80
59289--59405	51	2.4	51	86	12	156	30	23	11	34	1.91
59387--59463	27	2.8	27	81	13	86	24	31	18	25	1.97
59416--59595	79	2.3	80	86	6	242	26	29	15	28	1.96
59529--59696	52	3.3	51	81	4	203	30	29	9	30	1.89
59277--59884	290	2.1	284	85	4	785	26	27	13	31	1.94
59709--59890	79	2.3	78	82	2	222	23	28	17	31	1.97
70283--70376	10	8.8	10	79	16	100	81	14	2	1	0.83
70283--70376	44	2.1	45	80	5	111	81	14	2	1	0.83
71740--72063	28	11.3	28	81	3	324	32	30	15	21	1.95
71748--72068	57	5.6	57	86	1	383	32	30	15	21	1.94
71740--72063	86	3.8	85	82	2	371	32	30	15	21	1.95
72040--72129	32	2.8	32	84	1	117	22	32	12	33	1.91
72170--72259	35	2.6	34	85	5	117	21	28	10	40	1.85
72177--72276	35	2.9	33	82	8	110	21	30	13	36	1.91
72250--72319	30	2.4	28	88	4	95	35	30	17	17	1.92
72250--72326	28	2.7	29	87	4	102	32	28	20	18	1.96
72354--72519	49	3.4	49	77	6	160	26	25	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72331--72519	95	1.9	97	84	6	249	25	25	16	32	1.96
72441--72605	87	1.9	85	85	2	222	25	22	21	30	1.98
72530--72660	50	2.7	50	85	4	169	19	22	21	36	1.95
73490--73552	19	3.6	19	74	24	75	34	12	17	34	1.88
73509--73533	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
73490--73560	32	2.2	32	97	0	133	33	12	18	35	1.89
75143--75168	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75125--75188	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
77388--77437	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
88765--88789	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
88745--88813	32	2.1	32	86	7	95	34	13	14	37	1.85
88852--88876	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88885--89004	52	2.3	52	92	4	199	34	18	17	30	1.94
97168--97347	31	5.7	31	83	7	231	25	30	17	26	1.97
97167--97356	63	3.0	62	85	7	260	23	29	16	30	1.97
97168--97347	94	1.9	94	93	0	306	25	30	17	26	1.97
97324--97904	33	17.4	34	80	11	614	21	32	12	33	1.91
97354--97575	34	7.2	27	76	17	120	21	32	13	32	1.92
97319--97884	67	8.5	67	85	5	640	20	32	12	34	1.91
97887--97997	32	3.5	31	88	9	170	27	36	17	18	1.93
97990--98691	49	14.7	49	85	8	918	25	25	18	30	1.98
98040--98700	92	7.0	92	91	3	950	24	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101288--101312	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101268--101337	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
101377--101401	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101410--101529	52	2.3	52	94	4	208	33	18	18	30	1.95
104655--104692	13	2.9	13	88	0	58	31	18	13	36	1.89
105134--105175	20	2.1	20	90	0	66	19	45	26	9	1.80
107181--107205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
107274--107341	33	2.1	33	89	8	104	36	16	13	33	1.87
110125--110688	286	2.0	285	92	0	939	24	22	18	34	1.96
111530--111575	22	2.1	22	95	0	83	39	8	19	32	1.82
111543--111586	22	2.0	22	86	0	61	36	13	20	29	1.91
112665--112747	13	6.3	13	78	17	75	83	4	10	1	0.86
112687--112745	31	1.9	30	80	13	59	84	5	10	0	0.76
112687--112739	16	3.4	16	82	7	65	84	5	9	0	0.76
112687--112747	15	4.1	15	77	8	70	85	4	9	0	0.74
113910--114080	87	2.0	85	80	8	195	22	22	12	42	1.87
114096--114387	88	3.3	88	79	3	320	20	25	16	38	1.92
113928--114615	44	15.7	44	68	11	160	21	23	14	40	1.90
113929--114246	132	2.4	130	75	7	311	20	22	15	40	1.91
114334--114525	88	2.2	87	80	7	210	19	25	14	40	1.89
118218--118342	52	2.4	52	93	0	205	27	17	18	36	1.93
118218--118362	52	2.8	51	87	4	193	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118351--118375	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
118440--118464	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119350--120033	49	14.6	49	82	10	821	29	18	26	25	1.98
119389--120038	92	7.1	92	89	4	990	29	18	26	25	1.98
119390--120033	141	4.6	138	86	8	864	29	18	26	25	1.98
120033--120152	32	3.7	33	90	5	183	20	18	35	26	1.95
120026--120201	65	2.9	62	82	10	193	22	17	34	25	1.96
120134--120222	27	3.2	27	76	13	90	28	15	35	20	1.93
120164--120405	31	7.7	30	80	9	200	28	16	30	23	1.96
120196--120408	93	2.2	96	84	8	269	30	17	29	23	1.97
122967--123038	20	3.7	19	79	5	72	30	15	15	38	1.88
122986--123037	19	2.7	20	88	8	72	26	15	15	42	1.87
124602--124627	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
125280--125321	21	2.0	21	85	0	57	61	0	14	23	1.32
128727--128801	20	3.7	20	77	13	89	36	14	13	36	1.85
128714--128800	42	2.1	42	95	0	156	34	16	12	36	1.86
128714--128780	22	3.1	21	75	16	75	31	17	13	37	1.89
129571--129618	20	2.4	20	89	6	71	35	12	20	31	1.90
141743--141815	20	3.7	20	90	1	112	31	16	12	39	1.85
141845--141897	20	2.7	20	85	5	72	33	15	20	30	1.93
143627--143934	161	1.9	161	84	4	406	34	11	11	43	1.76
145143--145278	53	2.6	54	92	4	233	38	18	16	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145189--145278	19	5.0	18	68	14	69	40	18	13	27	1.88
145300--145330	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
145318--145378	21	2.8	22	85	5	88	27	24	9	37	1.87
145408--145432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
150048--150085	13	2.9	14	84	11	53	36	13	18	31	1.89
151927--151986	32	1.9	32	86	3	86	31	15	11	41	1.82
157217--157242	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157194--157260	33	2.1	33	86	8	93	28	16	14	40	1.88
157281--157356	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
157302--157374	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8