genome.fa.s80.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold80
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1499392

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1190589--1190636	19	2.5	19	86	3	69	29	18	16	35	1.93
1193666--1193696	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1193646--1193712	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
1193741--1193806	20	3.7	19	73	24	72	40	16	15	27	1.88
1193742--1193804	32	1.9	33	93	3	110	41	14	15	28	1.87
1194375--1194456	21	4.2	20	74	13	80	26	29	2	41	1.69
1196308--1196332	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1222810--1223078	56	4.9	54	78	15	257	20	19	30	28	1.97
1223142--1223705	62	9.2	59	74	16	339	26	21	26	25	2.00
1223065--1223705	62	10.3	60	73	17	311	25	21	26	25	2.00
1223057--1223636	122	4.7	122	75	15	339	25	22	26	25	2.00
1223142--1223583	183	2.4	183	77	13	419	27	20	25	26	1.99
1237320--1237657	52	6.4	51	67	18	167	31	12	25	30	1.92
1237473--1237544	27	2.6	27	84	6	92	20	19	33	26	1.97
1237256--1237659	212	1.9	212	86	4	582	31	12	26	29	1.93
1240012--1240071	13	5.1	13	67	29	53	41	15	15	28	1.86
1239991--1240072	33	2.5	33	87	0	119	42	15	14	26	1.86
1240146--1240203	21	2.8	21	94	0	98	37	17	10	34	1.84
1241143--1241168	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1241285--1241333	20	2.4	18	83	16	53	36	20	0	42	1.52
1243079--1243111	16	2.1	16	94	0	57	51	0	3	45	1.16
1247363--1247511	36	4.4	33	79	15	153	30	24	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1247378--1247517	36	4.0	35	79	11	162	27	27	12	33	1.92
1247363--1247511	68	2.2	68	95	0	262	30	24	13	31	1.93
1247965--1248037	22	3.3	22	86	0	101	36	12	21	28	1.90
1248072--1248126	19	2.9	18	78	19	58	40	14	16	29	1.88
1248111--1248135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1249371--1250080	167	4.3	167	78	8	603	30	11	9	48	1.71
1252328--1252383	19	2.9	19	89	2	76	35	14	16	33	1.88
1253940--1253982	16	3.0	14	90	10	61	34	18	13	32	1.90
1253941--1254016	13	6.1	13	72	21	65	39	14	14	31	1.86
1253971--1254035	20	3.6	20	73	26	81	41	12	15	30	1.84
1253958--1254035	33	2.4	33	100	0	156	41	12	15	30	1.85
1258017--1258047	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
1258093--1258157	32	2.0	33	88	8	98	44	15	12	27	1.82
1265159--1265192	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
1266874--1266942	20	3.5	19	86	7	77	39	17	14	28	1.89
1268393--1268426	9	3.8	9	88	0	50	29	26	0	44	1.55
1276190--1276220	13	2.4	13	94	0	53	32	19	16	32	1.94
1278693--1278765	20	3.7	19	83	8	76	28	12	17	41	1.86
1278795--1278859	33	2.0	33	87	6	96	32	15	20	32	1.93
1283616--1283663	21	2.3	20	85	3	60	37	16	0	45	1.48
1283616--1283683	20	3.3	20	85	2	73	36	17	1	44	1.58
1283635--1283687	20	2.7	20	90	0	79	37	18	1	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1285142--1285204	20	3.7	18	72	25	64	31	15	14	38	1.88
1285156--1285183	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
1285142--1285235	33	2.9	32	84	7	120	29	15	14	39	1.88
1285302--1285328	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
1287208--1287232	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1287191--1287253	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
1295673--1295708	10	3.0	13	76	23	51	41	16	13	27	1.87
1295797--1295821	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1295780--1295842	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
1297704--1297732	13	2.1	14	93	6	51	3	20	0	75	0.94
1298380--1298501	62	2.0	61	95	1	217	40	18	11	29	1.86
1300391--1300485	48	1.9	50	85	6	131	10	22	34	32	1.88
1305981--1306706	367	2.0	367	97	0	1364	44	17	14	23	1.85
1311297--1311334	6	6.3	6	82	11	51	13	34	34	18	1.89
1313023--1313057	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
1315859--1315890	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
1316160--1316191	6	5.3	6	92	0	55	0	68	0	31	0.90
1321716--1321749	14	2.4	14	90	9	52	32	0	2	64	1.08
1321823--1321856	17	2.1	16	89	10	52	52	0	0	47	1.00
1321859--1321893	14	2.6	13	82	8	52	48	2	0	48	1.16
1324013--1324054	21	2.0	21	81	9	50	40	4	2	52	1.35
1324304--1324358	17	3.2	17	72	15	51	61	7	10	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1324346--1324379	17	2.0	17	100	0	68	70	5	0	23	1.09
1326468--1326492	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
1326477--1326530	20	2.7	20	77	11	65	48	7	9	35	1.63
1327130--1327278	41	3.6	42	72	11	128	44	10	25	19	1.81
1327118--1327296	83	2.2	84	81	8	215	39	12	24	24	1.90
1327358--1327940	61	9.5	61	86	3	722	30	19	25	24	1.98
1327360--1327944	123	4.8	122	85	3	748	30	19	25	24	1.98
1327855--1328039	99	1.9	100	90	1	300	27	17	29	25	1.98
1329019--1329077	1	59.0	1	75	0	55	1	3	6	88	0.69
1329005--1329069	9	7.1	9	77	10	53	1	9	4	84	0.82
1329005--1329077	19	3.6	19	78	12	65	1	8	5	84	0.81
1340589--1340746	79	2.0	80	87	3	230	36	15	22	25	1.93
1343131--1343160	13	2.3	13	94	0	51	43	6	16	33	1.74
1343142--1343198	20	2.8	20	94	0	96	47	12	14	26	1.79
1348239--1348294	21	2.6	22	94	5	96	37	8	25	28	1.86
1348282--1348312	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1348336--1348372	19	2.0	19	94	5	67	27	10	16	45	1.80
1348336--1348472	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
1348460--1348514	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
1348553--1348593	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1351321--1351584	79	3.4	77	80	5	260	28	23	12	34	1.92
1352036--1352079	8	5.4	8	81	5	52	20	27	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1364143--1364186	23	1.9	23	85	0	61	11	13	6	68	1.39
1373888--1373938	11	4.4	12	75	7	52	86	11	1	0	0.66
1373891--1373960	31	2.2	32	89	2	106	81	12	4	1	0.90
1375214--1375392	29	6.0	29	78	11	184	29	30	17	22	1.97
1375212--1376042	30	28.7	28	74	14	470	29	31	17	20	1.96
1375217--1376042	89	9.5	85	82	11	678	30	31	17	20	1.96
1375375--1375411	17	2.2	17	95	0	65	21	40	24	13	1.89
1375392--1376042	30	22.2	28	79	11	630	30	32	17	20	1.95
1375286--1375500	106	2.0	106	95	0	385	27	33	19	19	1.96
1375217--1375588	195	1.9	195	94	0	663	28	31	18	20	1.97
1376028--1376079	25	2.0	26	85	3	70	28	26	21	23	1.99
1376058--1376121	33	1.9	34	87	3	94	32	25	14	28	1.94
1376156--1376468	48	6.5	48	91	0	491	17	29	18	34	1.94
1384431--1384469	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
1389687--1389875	20	8.7	20	67	18	110	41	11	14	31	1.82
1389703--1389886	91	2.0	89	89	2	278	42	11	15	30	1.82
1391054--1391091	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
1391074--1391099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1391053--1391119	33	2.0	32	88	11	100	35	11	17	34	1.87
1397417--1397461	22	2.0	22	82	8	54	28	22	0	48	1.50
1399734--1399804	20	3.6	19	86	7	81	29	18	16	35	1.93
1399833--1399896	33	1.9	32	84	12	85	37	9	17	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1400714--1402154	28	49.9	29	79	9	785	24	15	30	28	1.96
1400714--1401692	172	5.5	171	78	10	759	21	16	30	30	1.96
1400694--1401736	29	35.4	29	80	7	765	22	16	30	30	1.96
1400731--1401558	64	13.9	63	84	8	532	20	16	30	31	1.95
1401546--1401720	57	3.1	56	84	6	178	25	16	30	27	1.96
1401563--1402108	55	9.9	56	79	9	225	29	14	30	25	1.95
1401698--1402135	27	16.0	27	84	4	522	30	13	30	24	1.94
1401698--1402166	110	4.3	110	81	6	556	31	13	30	24	1.94
1401702--1402135	137	3.2	137	86	3	597	30	13	31	24	1.94
1405977--1406003	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8