genome.fa.s81.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold81
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1151237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  2  of  9  ( 1060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116759--116792	17	1.9	18	94	5	61	70	5	0	23	1.09
118272--118328	28	2.0	28	96	0	105	21	26	5	47	1.71
120655--120728	33	2.2	32	85	4	94	56	0	1	41	1.07
120685--120755	20	3.5	20	68	29	53	54	0	0	45	0.99
120658--120758	32	3.5	26	76	18	78	56	0	0	42	1.06
120690--120765	27	3.3	22	73	23	75	57	0	0	42	0.98
120685--120789	7	15.1	7	69	21	62	57	0	0	41	1.05
120686--120788	9	11.0	10	70	26	59	58	0	0	40	1.05
120896--120953	14	3.9	14	73	18	55	50	0	0	50	1.00
120892--120998	18	6.2	17	68	22	62	53	0	0	46	1.00
120897--120998	32	3.1	32	78	16	109	52	0	0	47	1.00
120895--120988	21	4.3	22	76	11	95	53	0	0	46	1.00
121540--121586	20	2.4	18	83	13	51	51	0	2	46	1.13
121552--121598	20	2.3	20	82	7	51	53	0	2	44	1.12
121571--121671	32	3.1	30	70	26	73	51	0	2	45	1.16
121577--121659	25	3.4	24	71	22	57	53	0	2	44	1.13
121909--121966	30	1.9	31	82	10	75	36	1	3	58	1.25
121972--122025	18	2.8	20	75	13	58	57	0	0	42	0.98
123553--123594	19	2.3	19	87	4	59	19	0	4	76	0.96
125339--125386	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
126162--126190	15	1.9	15	100	0	58	55	13	6	24	1.63
127178--127208	11	2.8	11	95	0	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127316--127368	21	2.5	21	82	11	63	39	0	0	60	0.97
127821--127868	16	3.0	16	84	0	60	43	35	16	4	1.67
127913--127944	16	2.0	16	93	0	55	37	34	25	3	1.72
129311--129378	16	4.3	16	78	16	79	58	11	0	29	1.33
129771--129832	6	10.0	6	81	6	70	54	0	0	45	0.99
133005--133048	16	2.6	16	78	7	52	38	0	0	61	0.96
133037--133112	33	2.3	32	84	8	91	47	0	0	52	1.00
134072--134108	15	2.4	16	90	4	58	13	10	2	72	1.21
134446--134496	22	2.3	22	87	12	70	39	0	0	60	0.97
134770--134809	19	2.1	19	90	0	62	25	2	0	72	0.97
134805--134858	25	2.1	26	82	3	65	51	0	1	46	1.11
135238--135310	28	2.5	31	82	10	84	50	1	1	46	1.18
135675--135716	19	2.3	18	84	12	50	42	2	2	52	1.27
135742--135789	12	4.1	12	83	5	62	66	0	4	29	1.10
135766--135808	17	2.5	17	85	7	61	62	0	4	32	1.15
136063--136090	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
136346--136402	28	2.0	30	82	6	73	49	0	1	49	1.11
136382--136422	20	2.0	21	85	4	57	56	2	7	34	1.40
136706--136773	22	3.0	22	75	16	68	54	0	0	45	0.99
137402--137460	2	29.5	2	96	0	109	49	1	0	49	1.11
138788--138813	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
139808--140012	105	1.9	106	82	4	254	35	14	15	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141277--141304	14	2.0	14	100	0	56	42	14	21	21	1.88
141901--141935	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
144275--144328	25	2.2	25	87	9	76	38	0	0	61	0.96
144278--144328	28	1.9	28	88	11	81	39	0	0	60	0.97
145349--145397	2	24.5	2	95	0	89	53	0	0	46	1.00
145835--145883	17	2.8	19	85	11	61	57	0	0	42	0.99
146006--146161	78	2.0	78	98	0	303	37	8	9	43	1.69
146021--146140	37	3.1	37	67	21	111	35	10	8	45	1.70
146197--146298	35	3.0	32	74	17	91	56	0	3	39	1.18
146227--146389	9	18.4	9	67	16	58	57	1	2	38	1.20
146654--146685	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
146887--146928	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
146946--147010	24	2.5	27	73	16	75	53	10	1	33	1.45
149392--149426	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
151775--151815	15	2.6	16	81	14	50	56	0	0	43	0.99
151781--151827	15	2.9	16	84	15	62	53	0	0	46	1.00
151791--151850	16	3.4	18	75	13	54	50	0	0	50	1.00
151823--151862	21	1.9	21	89	0	62	47	0	0	52	1.00
151816--151844	8	3.8	8	95	4	51	37	0	0	62	0.96
153241--153298	29	2.0	28	83	12	73	67	0	0	32	0.91
153238--153295	12	4.7	13	70	18	52	65	0	0	34	0.93
153237--153294	20	2.8	20	77	12	64	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153555--153595	21	2.0	21	85	9	57	41	0	0	58	0.98
153657--153686	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
154769--154807	21	1.9	20	89	5	60	46	0	7	46	1.31
155137--155177	20	2.1	20	90	4	66	53	0	0	46	1.00
157391--157440	24	2.1	24	100	0	100	36	4	18	42	1.69
159762--159850	45	2.0	45	88	0	133	33	15	42	7	1.76
160182--160233	4	12.5	4	80	8	59	44	21	3	30	1.70
160764--160789	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
161960--161986	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
162059--162122	28	2.2	28	78	10	67	43	0	1	54	1.09
167144--167202	31	1.9	31	89	0	91	50	11	13	23	1.74
168111--168199	32	2.8	31	83	3	106	24	15	26	32	1.96
168307--168407	30	3.3	31	84	10	145	16	17	34	30	1.93
168162--168671	28	17.8	29	78	9	370	20	17	31	29	1.96
173380--173435	21	2.7	21	80	5	69	35	14	16	33	1.88
173473--173540	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
173494--173518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173475--173537	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
173580--173605	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
173560--173626	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
175977--176095	51	2.3	53	82	10	147	32	21	10	35	1.88
176086--176155	27	2.6	27	84	13	90	25	32	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176141--176314	52	3.4	51	77	10	183	28	25	13	32	1.93
175974--176311	105	3.2	103	70	15	278	30	25	12	32	1.92
176294--176370	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
175969--176421	212	2.1	212	86	2	615	28	26	13	31	1.94
176036--176449	107	3.9	104	72	12	320	27	27	14	30	1.95
176324--176528	79	2.6	79	82	1	232	23	29	17	28	1.97
177496--177609	51	2.3	50	89	1	165	27	17	10	44	1.81
177559--177640	30	2.8	27	77	18	76	25	18	12	43	1.84
177565--177640	31	2.5	31	91	2	118	26	19	13	40	1.88
189050--189375	160	2.0	160	97	0	616	34	27	10	27	1.90
194693--194769	20	3.8	20	79	6	93	36	12	16	33	1.88
195002--195028	13	2.1	13	100	0	54	37	14	18	29	1.91
198205--198230	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
199762--199859	37	2.6	37	82	3	108	24	16	24	34	1.95
204503--204600	37	2.6	36	88	3	133	22	17	26	33	1.96
208988--209025	20	1.9	20	88	0	58	42	15	7	34	1.76
209216--209298	28	3.0	28	96	0	148	20	10	19	49	1.78
209216--209322	56	1.9	54	83	10	137	20	9	20	49	1.76
209303--209348	24	1.9	24	91	8	76	17	8	28	45	1.78
213842--213924	28	3.0	28	96	0	148	20	10	19	49	1.78
213842--213948	56	1.9	54	83	10	137	20	9	20	49	1.76
213878--213960	28	3.0	28	84	10	84	19	7	21	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213878--213981	24	4.0	26	79	15	90	21	7	21	50	1.73
214652--214703	18	3.1	17	78	18	63	63	0	0	36	0.95
214652--214704	27	2.0	27	82	14	65	64	0	0	35	0.94
214657--214703	16	2.9	16	76	17	53	63	0	0	36	0.94
215600--215792	94	2.1	93	94	1	332	31	18	6	44	1.75
216014--216047	11	3.2	11	83	8	52	64	0	0	35	0.94
216242--216299	2	29.0	2	96	0	107	50	1	0	48	1.11
218093--218147	3	18.7	3	84	3	76	63	1	0	34	1.05
220953--221141	79	2.4	79	82	5	211	32	16	28	22	1.96
221093--221164	28	2.6	28	86	0	99	25	19	33	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9