genome.fa.s81.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold81
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1151237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759186--759262	18	4.1	18	70	22	50	66	0	0	33	0.92
766166--766226	16	3.9	16	72	23	51	36	0	1	62	1.05
767301--767357	19	3.0	20	84	10	82	31	1	0	66	1.02
767721--767768	19	2.5	19	80	10	53	52	0	0	47	1.00
767761--767802	20	2.0	22	86	9	61	71	0	0	28	0.86
768261--768287	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
773086--773124	21	1.9	21	89	5	62	17	2	0	79	0.84
773544--773591	22	2.2	21	85	10	62	35	4	0	60	1.16
773544--773591	21	2.2	22	85	10	64	35	4	0	60	1.16
775005--775089	36	2.5	33	77	17	84	42	1	1	55	1.15
775012--775089	33	2.3	35	80	15	99	44	1	1	52	1.17
776027--776054	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
776349--776390	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
777190--777231	22	1.9	22	85	9	59	47	0	0	52	1.00
777392--777426	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
780215--780243	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
782803--782848	16	2.9	16	87	6	58	30	2	0	67	1.03
783684--783710	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
784399--784456	16	3.8	16	74	17	52	37	1	0	60	1.07
784427--784467	21	2.0	21	95	4	75	39	0	0	60	0.96
784945--785037	27	3.5	26	71	16	68	51	0	1	47	1.07
788684--788713	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789206--789240	17	2.1	17	89	5	54	45	5	0	48	1.26
789216--789249	17	2.0	17	88	0	50	38	8	2	50	1.49
789659--789684	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
790074--790138	23	2.8	22	75	9	58	47	0	4	47	1.22
791152--791197	20	2.2	21	88	11	69	32	2	0	65	1.05
791152--791190	20	2.0	20	95	5	71	30	2	0	66	1.05
792225--792262	17	2.4	17	86	8	53	47	0	2	50	1.15
793761--793850	45	2.0	45	85	8	121	23	4	27	44	1.72
794643--794672	14	2.1	14	93	0	51	20	23	0	56	1.42
796008--796065	30	1.9	30	80	13	66	51	1	0	46	1.11
796785--796847	22	2.9	23	72	9	60	46	1	0	52	1.10
796871--796905	14	2.5	14	95	0	61	51	0	0	48	1.00
796922--796962	19	2.2	19	86	8	57	36	0	0	63	0.95
797085--797123	19	2.1	19	85	0	51	41	5	7	46	1.55
797276--797314	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
798219--798263	22	2.0	22	83	8	56	40	2	0	57	1.11
799022--799099	20	4.0	19	78	17	63	50	1	0	48	1.09
799087--799121	16	2.1	17	94	5	63	71	0	0	28	0.86
799964--800006	22	2.0	22	86	9	61	58	0	0	41	0.98
801192--801216	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
807380--807502	61	2.0	61	93	0	210	29	15	13	41	1.86
815215--815243	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816762--816929	16	11.1	16	68	13	81	39	1	1	57	1.17
816767--816805	11	3.6	11	86	3	53	33	0	0	66	0.92
816809--816884	33	2.3	34	77	11	86	42	2	1	53	1.23
816821--816914	27	3.2	30	75	15	90	40	3	2	54	1.28
816786--816920	59	2.3	58	77	16	145	40	2	1	55	1.21
817138--817165	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
818206--818244	11	3.7	11	86	13	64	69	0	0	30	0.89
818228--818297	32	2.2	32	84	5	88	51	0	0	48	1.00
820399--820459	18	3.4	18	78	10	72	70	1	0	27	0.97
820399--820467	12	5.7	12	77	6	68	71	2	0	26	1.00
820408--820471	28	2.3	28	89	5	94	70	3	0	26	1.02
820399--820462	23	2.6	25	80	9	78	71	1	0	26	0.94
820643--820670	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
820660--820743	24	3.4	25	85	8	118	46	0	0	53	1.00
820657--820743	27	3.3	26	87	9	133	47	0	0	52	1.00
822813--822853	21	1.9	22	85	5	57	41	7	4	46	1.53
825409--825434	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
827044--827090	2	23.5	2	100	0	94	48	0	51	0	1.00
830064--830121	29	2.1	29	84	12	77	51	0	0	48	1.00
830070--830128	29	2.0	30	87	12	88	49	0	0	50	1.00
830373--830410	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
830406--830432	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840681--840715	14	2.5	14	85	0	52	31	5	40	22	1.78
841993--842031	18	2.2	18	95	0	69	23	17	46	12	1.83
844102--844139	3	12.7	3	88	0	58	0	39	0	60	0.97
844105--844141	9	4.1	9	92	0	65	0	40	0	59	0.97
844588--844669	38	2.2	38	82	8	96	50	0	2	47	1.14
844678--844744	27	2.4	27	76	16	66	52	0	0	47	1.00
844723--844789	20	3.4	19	78	17	66	52	0	0	47	1.00
845494--845556	29	2.2	29	83	11	76	44	3	3	49	1.34
845598--845682	32	2.6	32	81	5	82	40	7	0	52	1.28
846777--846808	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
846980--847010	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
850386--850416	5	6.0	5	92	7	53	58	0	0	41	0.98
851309--851344	18	2.0	18	88	0	54	41	0	2	55	1.14
851602--851669	29	2.3	30	80	7	77	54	1	0	44	1.09
852466--852511	24	2.0	23	86	4	65	52	0	0	47	1.00
852611--852643	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
854102--854145	17	2.6	17	78	7	54	40	15	0	43	1.47
854585--854619	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
854641--854674	15	2.2	16	94	5	61	52	11	2	32	1.53
855851--856297	61	7.4	60	76	7	302	28	27	16	27	1.97
855880--856297	122	3.5	120	78	8	393	28	27	16	27	1.97
855851--856267	181	2.3	181	80	9	426	28	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856286--856422	42	3.3	42	83	5	154	21	25	14	37	1.92
856822--857268	61	7.4	59	87	4	490	26	29	18	25	1.98
856822--857268	181	2.5	181	85	4	575	26	29	18	25	1.98
856833--857268	120	3.6	118	84	6	531	27	29	18	25	1.98
857251--857428	41	4.4	41	80	11	174	22	26	15	35	1.93
857251--857410	42	3.8	42	84	8	193	21	26	13	38	1.90
855771--859062	971	3.4	969	85	3	4227	27	25	17	28	1.98
857820--858238	122	3.5	119	83	5	475	26	26	18	28	1.98
857823--858243	61	6.9	61	81	7	403	27	26	18	28	1.98
858254--858380	43	3.0	42	76	10	141	20	22	12	44	1.85
858724--859062	61	5.7	60	78	10	320	27	26	18	27	1.98
858724--859062	121	2.8	121	80	7	388	27	26	18	27	1.98
859046--859189	42	3.4	41	80	3	144	20	27	15	35	1.94
859046--859189	41	3.4	42	83	5	150	20	27	15	35	1.94
857940--859738	824	2.2	822	83	3	2237	27	25	17	30	1.97
859620--859766	59	2.5	59	82	8	190	26	29	17	27	1.97
860316--860430	61	1.9	61	88	0	176	26	28	15	28	1.96
862119--862158	21	1.9	21	85	10	55	42	0	7	50	1.30
863705--863788	13	5.5	13	68	28	51	36	15	13	34	1.86
863713--863807	19	5.6	19	70	27	88	36	15	12	34	1.86
863705--863807	32	3.2	32	95	0	188	36	16	12	33	1.87
864145--864346	61	3.3	61	84	0	233	29	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864166--864408	61	4.0	60	80	6	231	26	26	17	28	1.98
864168--864408	122	2.0	121	81	4	288	26	26	17	28	1.98
864421--864497	35	2.2	35	85	0	100	24	24	11	38	1.89
864499--864576	34	2.2	33	82	13	86	17	25	15	41	1.89
864918--865366	61	7.4	61	79	6	416	26	28	16	28	1.97
864918--865370	120	3.7	120	82	4	493	27	28	16	27	1.97
868171--868955	79	10.0	79	83	2	870	29	23	12	34	1.91
870297--870347	10	4.9	10	75	15	50	54	0	0	45	0.99
870288--870330	21	2.0	21	95	0	77	48	2	0	48	1.14
870250--870364	56	2.1	55	85	12	155	53	0	0	45	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9