genome.fa.s81.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold81
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1151237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221154--221282	52	2.5	51	79	3	150	35	11	23	29	1.90
221328--221379	27	1.9	27	96	0	86	25	19	32	23	1.97
221368--221481	50	2.2	51	84	6	140	34	12	21	31	1.91
221086--221488	211	1.9	212	87	3	598	32	14	26	27	1.94
223889--223913	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
223870--223932	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
223867--223934	19	3.9	19	76	21	76	38	13	11	36	1.81
224378--224431	28	1.9	28	88	0	81	12	24	33	29	1.92
224657--225323	55	12.0	54	87	7	797	23	20	29	27	1.99
224982--225064	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
226319--226376	8	7.4	8	83	11	50	0	6	6	86	0.72
226332--226376	18	2.6	17	86	6	63	0	2	8	88	0.58
226332--226376	12	3.8	12	80	16	58	0	2	8	88	0.58
226333--226376	23	1.9	23	90	9	72	0	2	9	88	0.59
226349--226375	10	2.7	10	100	0	54	0	0	7	92	0.38
244089--244157	28	2.5	27	90	9	104	27	18	30	23	1.98
244145--244313	52	3.2	52	76	6	155	31	11	26	30	1.91
244289--244373	27	3.1	27	86	8	111	25	21	30	22	1.98
244079--244484	212	1.9	212	87	3	602	32	13	25	28	1.94
244361--244479	51	2.3	53	85	7	154	35	12	20	31	1.90
246829--246895	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
246850--246875	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246915--246982	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
246937--246961	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
246918--246980	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
248469--248510	21	2.0	21	86	9	59	61	0	2	35	1.09
249295--249328	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
250201--250241	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
253039--253094	27	2.1	27	83	6	69	33	3	5	57	1.39
255502--255625	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
255502--255645	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
255634--255658	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
255699--255765	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
255721--255745	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257778--258103	160	2.0	160	97	0	616	34	27	10	27	1.90
263425--263499	20	3.8	19	80	7	87	37	13	14	34	1.85
263731--263757	13	2.1	13	100	0	54	37	14	18	29	1.91
266936--266963	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
268494--268591	37	2.6	37	82	3	108	24	16	24	34	1.95
273235--273332	37	2.6	36	88	3	133	22	17	26	33	1.96
277721--277758	20	1.9	20	88	0	58	42	15	7	34	1.76
278322--278373	16	3.1	17	73	18	54	61	1	0	36	1.07
278322--278373	27	1.9	27	81	14	63	61	1	0	36	1.07
279270--279462	94	2.1	93	94	1	332	31	18	6	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279684--279717	11	3.2	11	83	8	52	64	0	0	35	0.94
281222--281249	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
281746--281803	3	19.7	3	85	3	82	63	1	0	34	1.04
284918--284958	20	2.0	20	86	9	57	60	0	2	36	1.10
286380--286438	22	2.7	22	79	10	75	28	1	22	47	1.61
286380--286446	4	17.8	4	76	11	70	28	1	22	47	1.60
287569--287597	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
289077--289126	26	2.0	25	84	4	64	38	4	4	54	1.38
294069--294106	15	2.6	15	79	4	51	50	0	7	42	1.31
294742--294803	31	1.9	33	93	6	110	64	0	0	35	0.94
294753--294822	37	1.9	36	85	8	97	62	0	0	37	0.95
294851--294908	16	3.3	18	80	11	75	58	1	1	37	1.18
295057--295104	8	5.7	9	78	11	57	66	0	0	33	0.92
295061--295111	26	2.0	26	88	7	77	64	0	0	35	0.94
295062--295121	21	2.7	21	79	10	57	66	0	0	33	0.92
300210--300243	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
301252--301641	76	5.1	75	81	6	465	25	16	22	35	1.95
301474--301668	83	2.4	83	87	0	284	23	14	24	37	1.92
301252--301641	158	2.5	152	83	4	478	25	16	22	35	1.95
302989--303065	23	3.4	23	75	21	65	53	0	0	46	1.00
303019--303067	17	2.6	19	81	18	59	55	0	0	44	0.99
303538--303570	11	2.8	12	86	9	50	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303534--303597	17	3.4	19	79	16	71	37	0	0	62	0.95
304413--304444	15	2.1	15	100	0	64	46	12	0	40	1.42
304936--304981	23	1.9	25	82	8	60	54	2	2	41	1.25
305098--305179	8	9.4	9	73	23	70	57	0	0	42	0.98
305104--305180	27	2.9	28	84	7	115	58	0	0	41	0.98
305098--305193	27	3.6	26	74	19	90	55	1	0	43	1.06
305474--305518	18	2.5	18	78	7	56	60	0	0	40	0.97
306737--306820	17	4.7	17	70	13	62	41	0	1	57	1.06
306875--306920	16	2.9	16	78	18	51	21	0	4	73	1.00
308191--308242	23	2.4	22	81	15	56	51	0	0	48	1.00
310283--310325	11	3.9	11	81	0	59	58	0	0	41	0.98
310282--310333	22	2.3	23	83	3	70	61	0	0	38	0.96
310396--310527	40	3.2	40	74	17	101	42	0	0	56	1.04
310491--310528	13	2.9	13	81	11	51	39	0	0	60	0.97
310418--310528	40	2.7	42	76	15	108	42	0	0	56	1.05
310568--310626	13	4.0	15	76	20	54	64	0	0	35	0.94
310578--310628	15	3.2	17	78	13	63	68	0	0	31	0.90
312814--312865	21	2.6	21	85	8	65	69	1	5	23	1.20
313529--313574	24	2.0	24	91	4	76	43	4	6	45	1.49
314480--314513	17	2.0	17	94	0	59	61	5	0	32	1.20
315401--315477	23	2.9	28	67	26	69	51	0	0	48	1.00
315511--315541	6	5.2	6	96	0	53	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315713--315786	10	7.1	11	67	21	52	40	0	0	59	0.97
315711--315764	20	2.7	20	81	16	67	40	0	0	59	0.98
315720--315778	19	3.4	19	69	28	58	42	0	0	57	0.98
315751--315794	15	3.0	15	83	6	54	40	0	0	59	0.98
315708--315810	36	3.1	33	76	13	104	38	0	0	61	0.96
315716--315814	11	8.7	12	65	25	54	39	0	0	60	0.97
315752--315815	24	2.5	25	78	16	78	39	0	0	60	0.97
317198--317231	15	2.2	16	90	10	54	44	2	0	52	1.16
317205--317254	26	2.0	26	88	11	77	46	0	0	54	1.00
317198--317254	16	3.9	16	70	25	54	43	1	0	54	1.10
317272--317326	16	3.6	16	76	7	53	32	0	0	67	0.91
317584--317624	13	3.2	13	82	0	55	41	0	0	58	0.98
317676--317717	17	2.4	18	80	15	52	33	2	11	52	1.51
320989--321013	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
321445--321474	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
322578--322623	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
323478--323511	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
323928--323971	22	2.0	22	82	8	54	61	0	2	36	1.09
324674--324734	30	2.0	30	100	0	122	34	13	19	32	1.90
324876--324905	13	2.3	13	94	0	51	60	3	0	36	1.14
328511--328726	34	6.2	34	82	8	258	42	24	11	21	1.86
328520--328725	104	2.0	102	87	5	299	41	25	11	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328511--328726	68	3.1	69	90	5	321	42	24	11	21	1.86
329647--329676	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
329788--329833	24	1.9	24	95	0	83	47	2	0	50	1.13
329816--329845	12	2.4	13	88	11	53	56	0	0	43	0.99
329780--329848	24	2.8	23	74	10	66	56	1	0	42	1.08
336364--336468	51	2.1	51	94	3	185	31	17	21	29	1.96
339937--339969	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
340893--341132	52	4.6	52	79	2	221	33	15	25	25	1.95
340917--341132	105	2.1	104	80	4	238	34	14	25	25	1.94
341151--341232	34	2.4	34	84	9	98	28	13	26	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9