genome.fa.s83.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold83
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1211110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10657--10731	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
10654--10731	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
13878--14056	60	3.0	60	86	6	256	44	16	11	27	1.83
16305--16381	20	3.8	20	80	0	91	29	11	14	44	1.80
16256--16429	91	1.9	89	88	2	258	28	15	12	43	1.82
19181--19224	22	2.0	22	100	0	88	40	9	18	31	1.81
29371--29406	18	2.0	18	89	10	56	58	2	5	33	1.36
30394--30422	15	1.9	15	100	0	58	89	0	0	10	0.48
30582--30610	14	2.0	15	93	6	51	20	10	0	68	1.18
30683--31255	51	11.1	51	91	5	922	18	16	4	60	1.53
30683--31255	155	3.7	155	94	2	971	18	16	4	60	1.53
30683--31255	206	2.8	204	91	4	922	18	16	4	60	1.53
31243--31344	11	8.8	11	71	19	59	20	0	3	74	1.03
31243--31296	27	2.0	26	82	10	65	14	1	5	77	1.03
31784--33407	42	38.7	42	76	7	1312	37	19	28	14	1.91
41589--41637	19	2.4	19	80	13	53	44	4	20	30	1.70
46061--46101	18	2.5	15	85	14	55	19	0	2	78	0.87
46896--46929	14	2.4	14	100	0	68	88	0	0	11	0.52
47170--47695	51	10.4	51	93	3	893	19	16	4	59	1.54
49353--49513	70	2.3	71	88	4	247	21	29	12	36	1.90
49487--49574	27	3.2	27	83	4	86	23	32	17	26	1.96
49353--49513	36	4.6	36	92	1	231	21	29	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49642--49774	50	2.7	49	88	1	176	27	26	17	28	1.97
49750--49901	39	3.7	39	67	14	106	25	25	21	28	1.99
49692--49900	87	2.4	88	83	4	287	26	25	20	27	1.99
50706--50787	19	4.6	19	78	17	95	32	10	17	39	1.84
50725--50795	32	2.2	32	95	5	126	32	12	16	38	1.87
50836--50987	52	2.9	52	96	2	272	31	19	14	34	1.91
53081--53131	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
57846--58547	28	24.6	28	80	7	661	30	29	16	23	1.96
58623--58747	49	2.6	50	85	5	184	20	27	17	35	1.95
59807--59884	20	3.9	20	79	0	93	33	15	12	38	1.85
59760--59930	91	1.9	90	86	1	243	30	15	11	42	1.82
60810--60873	33	1.9	33	87	12	96	31	15	14	39	1.87
60909--60960	19	2.6	21	78	12	63	34	15	13	36	1.87
60946--60972	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
67722--68123	190	2.1	187	83	5	495	32	21	8	36	1.84
67785--68112	101	3.4	95	69	16	253	33	22	7	35	1.83
72571--72601	16	1.9	16	93	0	53	22	0	22	54	1.44
72655--72715	32	1.9	32	82	0	77	13	14	22	49	1.78
84229--84263	19	1.9	17	88	11	52	28	0	0	71	0.86
85139--85163	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
85209--85264	19	2.8	20	81	8	69	33	17	16	32	1.92
85895--85924	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87760--87787	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
93942--93969	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
94014--94070	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
94055--94081	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
96262--96299	19	2.0	19	100	0	76	47	0	5	47	1.24
97130--97331	113	1.8	111	87	2	305	41	9	5	43	1.61
100691--100866	60	2.9	60	76	6	178	47	17	11	24	1.80
101095--101206	46	2.4	46	80	5	127	43	17	9	28	1.81
105355--105426	20	3.6	20	80	0	90	41	13	13	30	1.84
115529--115565	16	2.2	17	90	4	58	21	2	24	51	1.61
115631--115683	15	3.4	16	79	10	65	9	13	20	56	1.64
115829--115883	16	3.4	16	80	12	51	36	1	1	60	1.18
115853--115914	18	3.4	19	80	19	69	43	1	0	54	1.09
115853--115901	16	2.7	18	84	12	57	40	2	0	57	1.10
115877--115915	19	2.0	20	90	9	64	43	0	0	56	0.99
115882--115921	19	2.2	18	86	4	53	50	0	0	50	1.00
122119--122187	33	2.1	33	83	5	86	37	17	11	33	1.86
122216--122271	19	2.9	19	89	2	76	35	17	16	30	1.92
122256--122282	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
122237--122301	32	2.0	33	90	3	105	41	13	15	29	1.86
122803--122861	22	2.6	23	83	8	75	20	28	5	45	1.72
124575--124614	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131066--131147	39	2.1	39	93	4	139	37	10	21	29	1.88
135166--135319	29	5.4	28	74	15	93	24	20	28	26	1.99
135143--135422	28	9.7	28	79	9	269	23	19	30	27	1.98
135143--135422	57	4.9	58	84	6	288	23	19	30	27	1.98
135147--138353	86	37.4	85	76	9	2430	24	18	29	28	1.98
135353--135494	72	2.0	70	84	5	187	23	21	27	28	1.99
135423--138353	28	102.3	28	78	7	2588	24	17	29	28	1.98
135338--135523	100	1.9	99	85	9	263	23	19	29	27	1.98
135423--138353	58	51.1	56	79	6	2588	24	17	29	28	1.98
139243--139269	14	1.9	14	100	0	54	0	0	11	88	0.50
148885--148914	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
148962--148986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149000--149121	52	2.3	52	94	1	208	36	18	21	23	1.95
149978--150016	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
162990--163121	8	15.9	8	74	12	81	81	11	5	1	0.91
162993--163120	16	7.2	18	78	13	99	81	11	5	1	0.93
162989--163120	37	3.7	35	74	18	105	81	11	5	1	0.91
162987--163112	1	126.0	1	64	0	54	82	10	5	1	0.89
162987--163121	18	7.2	18	74	12	94	82	11	5	1	0.90
164629--164784	34	4.6	33	81	8	161	18	32	11	37	1.87
164614--164784	68	2.5	69	85	5	220	19	32	11	37	1.87
164752--164825	27	2.6	28	87	8	98	24	31	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164752--164838	27	3.2	26	81	14	86	24	31	16	28	1.96
164785--164890	29	3.6	30	75	15	105	33	29	17	19	1.95
164901--165242	101	3.4	100	83	9	403	26	26	17	30	1.97
164896--165242	49	6.9	49	80	8	358	25	26	17	30	1.97
165980--166043	32	2.0	32	90	0	101	35	10	17	35	1.85
166095--166119	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
166128--166253	52	2.4	52	98	0	243	34	17	20	26	1.95
167110--167148	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
169464--169648	76	2.4	76	89	1	282	27	23	15	33	1.95
169669--169741	28	2.6	28	84	0	92	23	32	17	26	1.97
169581--169819	109	2.2	109	92	0	399	25	26	15	32	1.96
171924--171958	12	2.9	12	82	0	52	17	0	8	74	1.06
182219--182261	15	2.8	15	80	13	52	86	6	0	6	0.72
182218--182266	25	2.0	25	84	8	64	85	6	2	6	0.80
183287--183503	55	4.0	55	89	2	330	26	30	20	22	1.98
183288--183502	109	2.0	110	90	2	344	26	30	20	22	1.98
183522--184122	55	10.4	55	82	9	618	27	28	19	24	1.99
183427--183612	94	2.0	95	88	3	277	24	32	17	25	1.96
184957--185019	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
184976--185000	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
184955--185027	32	2.3	32	95	0	128	35	12	16	35	1.86
185072--185097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187423--187607	76	2.4	76	91	0	298	27	25	15	32	1.95
187424--187671	76	3.2	75	84	8	245	26	25	14	33	1.94
187540--187805	107	2.5	108	89	1	428	25	24	16	33	1.95
187730--187804	28	2.7	27	85	6	96	21	28	21	29	1.98
187791--187955	51	3.2	50	82	5	199	32	26	8	32	1.86
189488--189525	12	3.0	13	92	7	69	28	15	15	39	1.89
189596--189621	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
192652--192690	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
194813--194857	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
196661--196691	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8