genome.fa.s83.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold83
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1211110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198762--198800	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
198921--198966	21	2.2	20	81	11	58	34	17	4	43	1.69
201355--201380	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
201435--201473	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
205584--205639	19	2.8	20	79	12	71	35	16	12	35	1.86
205625--205651	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
205606--205670	32	2.0	32	84	3	85	41	13	13	30	1.84
208204--208230	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
209921--210074	27	5.4	28	81	10	179	29	31	18	20	1.96
210065--210284	52	4.4	51	75	13	195	25	25	15	35	1.94
210080--210169	43	2.1	43	95	0	162	27	25	15	31	1.96
211037--211061	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
211017--211083	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
211124--211148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
211157--211337	52	3.5	52	96	0	326	35	18	17	28	1.94
217324--217358	18	1.9	18	94	0	61	31	28	0	40	1.57
218963--218989	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
219017--219072	19	2.8	20	87	12	89	33	17	14	33	1.90
219042--219103	33	1.9	32	90	3	97	41	16	12	29	1.85
222797--222840	13	3.9	12	75	25	51	34	15	13	36	1.87
222893--222983	19	4.7	19	90	2	119	37	16	17	28	1.92
222893--222983	39	2.3	39	86	3	121	37	16	17	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224592--225018	168	2.5	166	82	4	491	18	25	12	43	1.85
224623--224881	84	3.1	83	68	5	216	18	25	13	42	1.86
229472--230215	155	4.8	153	78	7	653	24	17	19	39	1.92
229472--230369	155	5.8	155	78	5	626	24	16	19	38	1.92
229476--230291	309	2.6	308	78	7	855	24	16	19	38	1.92
231617--231671	21	2.6	21	80	5	67	27	14	7	50	1.69
232319--232383	23	2.9	21	77	22	62	55	0	1	43	1.09
232340--232374	19	1.9	18	88	11	54	62	0	2	34	1.10
242388--242449	21	3.0	20	81	11	72	32	1	1	64	1.13
242389--242455	10	6.4	10	74	8	53	31	1	1	65	1.10
246328--246398	34	2.1	34	100	0	142	36	5	16	40	1.73
247773--247831	21	2.8	21	84	0	73	32	5	27	35	1.79
249654--249702	24	2.0	24	96	0	89	26	18	20	34	1.95
254890--254967	20	3.8	20	71	12	61	37	0	1	61	1.04
255049--255083	13	2.6	14	86	13	56	51	0	0	48	1.00
255003--255065	26	2.4	27	76	7	67	49	1	6	42	1.37
255049--255083	7	5.3	7	93	6	56	51	0	0	48	1.00
256088--256127	16	2.4	16	83	8	53	72	0	2	25	0.97
256538--256572	14	2.6	13	86	8	52	71	11	0	17	1.14
256573--256654	5	16.6	5	73	16	55	1	21	0	76	0.85
256573--256662	46	2.0	46	86	8	130	2	23	0	74	0.93
260375--260427	26	2.0	26	81	0	61	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263588--263618	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
268892--268945	3	19.0	3	85	11	78	35	0	0	64	0.94
278533--278595	20	3.3	20	71	13	69	19	20	9	50	1.74
278548--278607	17	3.4	17	69	26	52	21	23	6	48	1.74
278638--278696	26	2.2	28	85	11	79	18	1	8	71	1.20
278656--278764	43	2.5	45	76	21	115	18	0	7	73	1.12
278680--278764	23	3.7	23	70	21	72	17	1	7	74	1.11
281792--281883	1	92.0	1	78	0	76	0	7	5	86	0.69
281791--281885	30	3.0	30	85	14	138	0	10	5	84	0.77
281792--281884	35	2.7	35	93	6	156	0	8	5	86	0.72
290578--290616	18	2.2	18	86	13	55	51	7	0	41	1.31
292983--293017	18	1.9	18	100	0	70	45	5	31	17	1.71
294382--294463	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
294446--294615	52	3.3	51	81	2	214	32	11	25	30	1.91
294387--294779	211	1.9	211	88	2	592	30	13	27	28	1.94
297069--297094	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
297048--297114	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
297134--297201	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
297156--297180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
297137--297199	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
297237--297313	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
298047--299012	55	17.3	54	89	5	1274	22	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298205--298292	26	3.3	26	68	20	81	19	18	35	27	1.95
299979--300054	17	4.4	16	77	8	62	0	11	5	82	0.81
299978--300051	32	2.2	32	83	4	85	0	12	6	81	0.88
312519--312688	52	3.3	51	82	2	214	31	11	25	30	1.92
312460--312852	211	1.9	211	88	2	592	30	13	27	28	1.94
315218--315243	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
315197--315263	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
315283--315350	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
315305--315329	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
315286--315348	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
315386--315442	21	2.7	22	83	8	73	33	15	14	36	1.88
318706--318759	2	26.0	2	92	7	90	48	1	1	48	1.23
321095--321155	2	30.5	2	83	0	68	42	3	6	47	1.45
322578--322604	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
323475--323565	30	3.1	29	79	1	101	49	3	8	38	1.50
325523--325566	23	2.0	22	86	4	61	38	9	0	52	1.33
326016--326079	23	2.9	22	80	15	69	54	4	3	37	1.37
326634--326671	16	2.5	15	87	8	58	44	0	0	55	0.99
328128--328161	2	17.0	2	87	0	50	47	0	5	47	1.26
328298--328338	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
332531--332555	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
334684--334725	22	1.9	22	85	9	59	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334657--334725	26	2.7	26	72	18	65	59	0	0	40	0.97
335352--335422	37	1.9	37	94	0	124	49	1	1	47	1.18
336804--336895	29	3.1	29	78	12	73	58	0	1	40	1.05
336803--336894	24	4.0	23	72	16	75	59	0	1	39	1.04
336843--336916	31	2.4	32	84	13	93	55	1	0	43	1.08
336842--336934	17	5.4	17	77	18	86	55	2	0	41	1.11
336804--336894	13	6.7	14	71	22	52	59	0	1	39	1.05
336899--336940	20	2.0	20	86	9	57	57	2	0	40	1.12
337573--337618	13	3.3	13	83	16	65	60	0	0	39	0.97
337565--337631	29	2.3	29	86	0	98	49	1	0	49	1.10
337557--337650	29	3.0	31	79	14	97	50	1	0	48	1.07
337825--337878	19	2.7	20	80	5	56	48	0	5	46	1.25
337989--338121	31	4.0	31	71	18	88	41	2	7	48	1.44
337966--338121	70	2.2	70	86	0	222	41	2	6	49	1.42
338231--338323	46	2.0	46	83	4	116	49	3	7	39	1.47
338277--338385	38	3.4	31	73	18	96	53	5	2	38	1.39
338188--338353	38	4.2	40	74	13	132	50	4	5	39	1.45
338474--338507	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
338820--338857	20	1.9	19	89	5	58	44	0	5	50	1.24
338849--338899	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
339451--339494	8	5.2	8	78	10	52	54	2	0	43	1.12
339451--339485	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339473--339514	15	2.8	15	75	10	50	45	4	2	47	1.36
341311--341346	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
343692--343745	21	2.7	19	75	11	54	40	0	5	53	1.24
345189--345254	19	3.8	19	75	22	81	34	10	18	36	1.85
345190--345252	32	2.0	32	96	0	117	34	11	19	34	1.87
345209--345233	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
345296--345320	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
345336--345457	52	2.3	52	88	0	190	35	18	18	27	1.95
353811--353881	23	3.0	23	80	8	72	49	0	4	46	1.21
353835--353876	12	3.6	12	83	6	59	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8