genome.fa.s83.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold83
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1211110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  5  of  8  ( 847 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730502--731030	34	15.9	34	80	11	473	20	34	12	32	1.91
730608--730962	128	2.8	128	94	2	599	20	36	13	29	1.91
731034--731269	33	7.2	33	90	7	374	28	35	17	19	1.94
731034--731269	65	3.6	65	93	6	388	28	35	17	19	1.94
731280--731822	49	11.5	48	82	10	642	24	24	18	32	1.97
731318--731822	92	5.4	92	93	2	751	24	24	18	31	1.97
731903--732239	48	6.9	49	91	2	527	24	27	18	29	1.98
731903--732239	97	3.4	97	91	2	532	24	27	18	29	1.98
731907--732239	145	2.3	147	93	2	553	24	27	18	29	1.98
731502--732364	417	2.1	405	90	3	1336	24	25	16	32	1.96
737047--737137	43	2.1	43	83	0	110	31	18	25	24	1.97
737109--737283	52	3.6	49	72	13	155	37	17	21	24	1.94
737055--737283	95	2.4	95	89	1	343	35	18	21	24	1.96
737342--737468	32	4.0	31	76	7	130	18	20	30	29	1.97
737639--737705	28	2.4	28	85	2	91	25	23	26	23	2.00
737723--737901	33	5.4	33	76	12	161	40	11	29	18	1.85
737722--737899	67	2.7	66	81	8	209	41	10	28	19	1.84
737719--737900	100	1.8	99	88	5	278	41	10	28	18	1.84
737739--737899	33	4.8	33	79	8	184	40	9	29	20	1.85
737861--738290	31	13.5	31	73	11	178	32	14	30	22	1.94
737737--737944	100	2.1	98	84	6	242	38	10	29	21	1.86
737948--738306	64	5.6	63	92	2	540	32	14	29	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739462--739512	20	2.5	20	81	18	61	5	15	5	72	1.24
746520--746653	51	2.6	51	86	4	191	41	15	14	27	1.87
748001--748032	16	1.9	17	93	6	57	50	9	6	34	1.60
752837--752862	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
752815--752882	33	2.1	33	91	2	111	32	11	20	35	1.89
752923--753014	20	4.6	20	74	14	64	27	16	19	36	1.93
753581--753627	23	2.0	23	100	0	94	25	25	4	44	1.72
755454--755491	13	2.9	13	92	0	58	31	21	15	31	1.94
760984--761111	52	2.5	52	96	0	229	28	18	18	34	1.95
761120--761144	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
761182--761250	32	2.1	33	97	2	131	34	18	11	34	1.87
761206--761230	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
763104--763133	16	1.9	15	93	6	51	33	13	6	46	1.69
765199--765224	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
765177--765244	33	2.1	33	91	2	111	32	14	20	32	1.93
765285--765337	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
765325--765349	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
765866--766107	113	2.1	113	80	1	261	35	11	26	25	1.91
766389--766514	51	2.4	52	80	3	130	34	16	22	26	1.95
766768--766843	32	2.4	32	80	12	93	18	15	35	30	1.92
768559--768594	18	1.9	19	94	5	65	0	5	11	83	0.80
777525--777555	13	2.4	13	94	0	53	38	16	12	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785667--785769	52	2.0	51	94	1	179	35	13	10	39	1.80
786928--787460	79	6.7	79	77	3	437	33	11	24	29	1.91
786931--787460	158	3.4	158	80	7	565	34	11	24	29	1.91
786901--787460	237	2.4	236	78	4	547	34	12	24	29	1.92
789009--789043	15	2.3	15	90	0	52	11	2	40	45	1.55
789066--789134	16	4.4	16	75	1	50	10	11	36	42	1.75
790179--790241	16	4.0	15	82	15	74	15	12	25	46	1.82
791240--791266	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
791210--791299	43	2.1	43	93	0	153	40	16	16	26	1.90
791887--792083	75	2.6	74	77	9	209	42	14	24	18	1.88
792011--792115	43	2.5	43	88	1	158	40	16	20	22	1.90
792904--792942	18	2.1	19	86	13	55	2	15	0	82	0.79
792913--792951	20	2.0	20	85	10	53	0	15	5	79	0.90
802626--802864	20	10.8	20	68	19	104	31	15	11	41	1.83
802616--802826	72	2.9	72	92	0	352	30	15	11	42	1.82
802770--802866	20	4.8	20	83	5	124	30	15	12	41	1.84
802699--802914	111	1.9	111	85	3	292	31	15	12	40	1.85
816803--816875	11	6.7	11	74	13	62	83	10	2	2	0.85
816816--816859	9	4.9	9	86	8	54	86	11	2	0	0.66
816804--816873	21	3.3	20	81	15	79	82	11	2	2	0.88
816804--816860	30	1.9	30	89	7	89	84	12	3	0	0.75
816817--816848	8	3.9	8	92	8	55	87	12	0	0	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816803--816875	13	5.4	14	77	12	55	83	10	2	2	0.85
821003--821045	15	2.9	14	86	10	50	79	20	0	0	0.74
822316--822496	34	5.3	34	87	4	249	21	33	11	33	1.89
822316--822496	68	2.7	68	90	1	283	21	33	11	33	1.89
822489--822610	65	1.9	65	84	3	165	31	29	18	20	1.96
822489--822610	33	3.8	32	81	2	136	31	29	18	20	1.96
822612--822845	43	5.1	43	80	10	261	26	26	17	29	1.98
822612--822855	92	2.6	92	93	0	398	26	26	17	29	1.98
823057--823097	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
823137--823207	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
823177--823313	53	2.6	53	92	1	229	37	16	18	27	1.92
823390--823428	13	3.0	13	84	0	60	30	12	17	38	1.88
824220--824482	43	5.8	43	71	14	195	24	25	19	30	1.98
824348--824533	53	3.7	52	74	13	201	23	24	18	33	1.97
824216--824533	96	3.4	95	85	3	428	24	24	19	31	1.98
824443--824579	53	2.6	53	80	6	147	23	23	18	34	1.96
825330--825395	19	3.8	19	75	22	81	33	13	18	34	1.90
825350--825374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
825331--825393	32	2.0	32	96	0	117	33	14	19	33	1.91
825471--825600	52	2.5	52	94	0	233	35	19	17	27	1.94
831487--832271	28	27.0	28	79	8	592	29	29	17	23	1.97
831487--832347	83	9.8	83	77	10	591	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831513--832408	28	30.4	31	78	9	384	29	29	17	24	1.97
831513--832405	213	4.3	202	78	9	788	29	29	17	24	1.97
833949--834339	203	1.9	203	88	1	597	28	23	13	34	1.93
835735--835759	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
835715--835777	33	1.9	33	83	0	81	33	17	11	38	1.85
835807--835844	20	1.9	20	94	0	67	31	21	7	39	1.82
842787--842812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
842799--842836	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
842866--842928	19	3.6	19	74	24	75	39	17	11	31	1.85
842856--842926	32	2.2	32	94	0	124	38	18	11	32	1.86
843628--846412	43	58.7	49	77	11	2514	31	17	25	25	1.97
843628--846417	92	29.4	91	81	11	2263	31	17	26	25	1.97
845765--846412	48	13.8	47	81	7	680	30	18	26	25	1.98
845765--846399	97	6.8	95	89	5	836	30	18	25	25	1.98
846277--846344	21	3.2	21	66	25	61	27	19	26	26	1.99
846318--846412	50	1.9	50	88	0	145	31	16	25	26	1.97
846405--846507	33	3.2	32	87	6	138	18	18	32	31	1.95
846514--846847	34	10.5	34	73	18	188	32	13	32	21	1.92
846514--846847	35	10.5	33	73	18	219	32	13	32	21	1.92
846610--846851	27	8.0	27	72	18	135	32	14	32	21	1.92
846543--846825	94	3.1	92	79	9	308	32	12	32	21	1.91
846704--846826	29	4.2	27	76	14	102	32	13	33	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846759--846851	31	2.8	33	85	6	109	36	13	29	20	1.91
846616--846851	121	2.0	120	87	9	347	30	14	33	21	1.93
846802--846884	30	2.7	31	83	7	107	30	19	27	22	1.98
855025--855080	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
855151--855176	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
861863--862003	52	2.7	52	91	0	228	30	17	18	34	1.94
861992--862016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
862081--862105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
862059--862125	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
862903--862932	15	2.0	15	93	0	51	56	16	13	13	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8