genome.fa.s83.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold83
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1211110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864993--865031	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
865143--865188	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
867582--867607	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
867563--867627	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
868856--871627	43	58.4	49	76	11	2530	30	17	26	25	1.97
868941--870577	92	17.5	88	85	8	1557	30	17	26	25	1.97
870603--871627	48	21.8	47	77	9	968	30	17	26	25	1.98
871011--871079	21	3.2	21	64	18	52	30	17	24	27	1.97
870640--871632	97	10.5	97	86	6	1193	30	17	26	25	1.97
871620--871722	33	3.2	33	90	4	149	18	18	33	30	1.95
871740--872036	35	9.3	34	72	17	203	32	12	32	21	1.91
871723--872027	68	4.8	66	76	15	245	33	12	32	20	1.91
871826--872002	27	6.0	27	72	18	122	29	13	34	22	1.92
871758--872036	94	3.0	91	82	7	321	32	13	32	21	1.92
871853--871976	67	1.9	62	83	8	158	30	12	34	21	1.91
871996--872135	31	4.5	31	81	9	135	32	17	27	22	1.96
871826--872067	121	2.0	120	83	7	303	31	14	32	21	1.93
880419--880475	20	2.8	20	100	0	114	29	15	14	40	1.87
880503--880586	19	4.7	19	78	16	99	38	19	11	30	1.88
880499--880561	32	2.0	32	96	0	117	36	19	12	31	1.89
883978--884045	33	2.1	33	86	8	95	35	16	16	32	1.91
886688--886737	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886811--886835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
886791--886858	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
893024--893062	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
895447--895496	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
895570--895594	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
895550--895617	33	2.1	33	88	2	102	33	16	16	33	1.91
898768--898831	19	3.7	19	70	23	68	31	10	18	39	1.86
898769--898836	32	2.1	32	91	0	109	32	10	19	38	1.85
899813--899851	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
917492--917518	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
918163--918201	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
919265--919324	27	2.2	26	80	8	66	16	18	28	36	1.93
919249--919857	29	21.3	29	78	8	542	21	18	29	31	1.97
919304--919858	172	3.2	171	86	4	726	21	18	29	30	1.97
927344--927390	18	2.5	19	96	3	87	38	21	10	29	1.87
938020--938441	49	8.6	48	78	9	334	29	18	26	25	1.98
938013--938439	100	4.3	100	82	8	473	29	18	26	25	1.98
938020--938446	149	2.9	150	79	7	390	30	18	26	25	1.98
938504--938590	27	3.1	27	77	11	86	27	18	29	24	1.98
938463--938563	28	3.6	29	76	6	91	21	15	30	31	1.95
938463--938590	56	2.3	56	81	5	134	23	16	30	29	1.96
938565--938754	34	5.6	34	81	7	217	36	11	31	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938559--938750	102	1.9	103	83	5	255	37	10	31	19	1.87
940261--940391	1	131.0	1	66	0	64	1	6	9	83	0.88
940253--940393	13	11.5	12	75	19	71	1	5	10	82	0.90
940252--940393	10	14.0	10	75	11	112	1	5	10	82	0.89
945966--945991	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
946051--946123	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
946030--946123	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
946030--946105	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
946731--946799	32	2.2	32	100	0	138	39	24	2	33	1.70
948591--948629	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
948615--948693	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
950700--950730	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
956519--956544	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
956604--956676	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
956583--956676	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
956583--956658	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
966006--966131	52	2.4	52	97	0	234	26	18	19	36	1.94
972324--972352	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
974766--974828	32	1.9	33	87	9	94	28	15	14	41	1.87
974879--974945	33	2.0	33	85	5	91	34	11	17	35	1.87
979505--979556	21	2.5	21	87	3	70	34	13	17	34	1.89
980422--980595	41	4.2	41	75	14	135	41	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980439--980594	82	1.9	82	80	5	181	42	12	22	21	1.87
981196--981512	131	2.4	132	78	6	297	46	16	21	15	1.84
981088--981605	66	7.8	65	72	7	219	44	16	21	16	1.86
982337--982362	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
982414--982466	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
982454--982482	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
982468--982518	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
984464--984515	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
984948--984973	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
991215--991267	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
991255--991283	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
991269--991319	20	2.5	20	80	0	57	35	15	13	35	1.87
991644--992134	65	7.5	65	74	6	256	45	17	21	15	1.84
991618--992151	66	8.1	65	75	7	357	45	17	21	15	1.85
991618--992091	198	2.4	194	79	3	448	46	17	21	15	1.84
992304--992433	61	2.1	61	85	2	172	40	15	23	20	1.90
992330--992458	62	2.1	61	80	1	141	42	15	20	20	1.89
992797--993053	60	4.4	60	82	3	292	46	20	14	18	1.84
992881--993039	30	5.3	30	68	14	112	45	19	15	18	1.85
994815--994850	9	3.9	9	89	7	54	2	8	0	88	0.59
994815--994854	10	4.1	10	93	3	64	2	10	0	87	0.63
998916--998988	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
998934--999009	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
998916--999009	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
999048--999073	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1016041--1016066	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
1017444--1017524	26	3.2	25	73	19	80	59	1	2	37	1.19
1017573--1017601	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
1018490--1019314	219	3.8	208	86	6	966	38	9	7	44	1.65
1019153--1019488	170	2.0	166	86	4	469	38	9	6	45	1.61
1021760--1021842	43	1.9	43	80	4	96	48	1	2	48	1.22
1023194--1023301	54	2.0	52	92	3	180	22	13	12	50	1.76
1023829--1024225	163	2.4	163	84	4	505	53	8	9	28	1.62
1026353--1026381	14	2.0	15	93	6	51	72	0	6	20	1.07
1026601--1026644	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
1028230--1028272	3	14.7	3	95	4	79	32	0	0	67	0.91
1030748--1030792	23	2.0	23	82	8	56	48	4	2	44	1.35
1031294--1031336	9	4.6	9	82	5	50	55	0	0	44	0.99
1031294--1031350	22	2.8	21	79	10	57	54	1	0	43	1.10
1031795--1031831	17	2.2	18	85	9	51	35	0	0	64	0.94
1032331--1032375	20	2.2	20	88	4	63	31	0	8	60	1.28
1035904--1035942	16	2.4	16	86	0	51	43	0	2	53	1.14
1036236--1036274	16	2.4	18	76	24	50	38	0	5	56	1.22
1046072--1046096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047032--1047183	66	2.3	66	83	2	180	42	19	23	14	1.88
1047281--1047433	43	3.6	43	76	6	157	50	12	18	18	1.78
1047244--1047689	85	5.2	85	78	6	280	46	11	21	20	1.82
1047288--1047690	170	2.4	170	80	5	438	46	11	20	21	1.81
1047544--1047686	43	3.3	43	72	5	137	48	9	20	20	1.78
1047861--1047958	46	2.1	46	84	3	126	37	14	27	20	1.91
1047931--1048345	35	11.8	35	79	5	329	43	10	22	23	1.84
1048310--1048512	47	4.3	48	86	3	232	41	17	19	21	1.90
1048301--1048544	94	2.6	94	81	7	244	40	16	20	22	1.90
1048549--1048627	29	2.7	29	80	11	97	50	13	17	17	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8