genome.fa.s87.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold87
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020132

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229389--229413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
229371--229434	33	2.0	33	87	9	96	39	15	15	29	1.89
229421--229615	91	2.1	91	94	0	336	27	14	17	40	1.88
229904--229947	20	2.2	20	84	8	54	38	2	6	52	1.41
230974--231013	21	2.0	20	90	5	62	40	0	0	60	0.97
230974--231020	20	2.4	20	83	13	62	42	0	0	57	0.98
231237--231261	7	3.6	7	100	0	50	16	40	28	16	1.89
231364--231392	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
232818--232855	16	2.4	17	83	16	55	42	0	15	42	1.47
237364--237393	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
237389--237428	18	2.2	18	95	0	71	25	2	15	57	1.50
239507--239574	33	2.1	32	86	2	91	36	17	14	30	1.90
245844--245884	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
246148--246189	20	2.0	21	90	4	68	19	47	28	4	1.69
246427--246479	24	2.2	24	100	0	106	32	22	13	32	1.92
248143--248167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
248155--248206	20	2.6	20	87	0	77	40	13	15	30	1.86
248817--248841	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
248830--248963	47	2.7	51	88	7	197	32	18	18	29	1.95
253434--253496	32	1.9	33	83	3	83	52	6	4	36	1.48
254123--254196	23	3.2	23	68	24	66	54	1	1	43	1.17
254202--254265	30	2.1	30	86	11	87	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254555--254595	23	1.9	22	85	14	59	36	0	9	53	1.34
254565--254639	22	3.4	21	77	14	71	33	0	4	62	1.14
254588--254642	22	2.5	21	82	8	74	32	0	1	65	1.03
254591--254678	22	3.8	22	68	21	63	36	0	1	62	1.03
254683--254729	24	2.0	24	82	0	58	46	2	2	48	1.25
254849--254892	21	2.0	22	82	8	54	50	2	0	47	1.13
260101--260168	21	3.3	21	72	10	68	29	10	1	58	1.40
261086--261136	22	2.2	23	86	10	77	45	1	1	50	1.24
261095--261137	22	2.0	22	100	0	86	46	0	2	51	1.13
261625--261650	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
261670--261778	56	2.0	56	87	7	161	37	7	3	51	1.48
262063--262211	62	2.4	63	82	4	176	50	6	2	41	1.38
263486--263536	14	3.6	14	77	15	50	35	0	1	62	1.06
264826--264872	19	2.4	21	89	10	73	72	0	0	27	0.85
264900--264933	14	2.4	14	90	0	50	52	0	0	47	1.00
266331--266379	11	4.7	11	78	14	50	20	2	2	75	1.00
266521--266566	19	2.4	19	81	3	56	13	8	6	71	1.29
269928--270281	89	4.1	89	81	7	413	31	15	13	38	1.87
276143--276206	28	2.4	28	89	10	98	26	17	31	25	1.97
276367--276493	48	2.6	48	84	8	159	34	11	25	29	1.90
276365--276493	49	2.6	48	84	7	161	34	10	25	28	1.90
276411--276538	49	2.6	48	80	8	125	35	10	24	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276411--276538	48	2.6	48	79	13	127	35	10	24	29	1.90
557335--557406	20	3.6	19	79	7	81	40	12	16	30	1.86
557590--557628	21	1.9	20	85	15	53	25	38	7	28	1.83
562090--562312	61	3.7	61	97	0	412	40	15	22	21	1.91
562282--562462	52	3.5	50	81	8	193	34	17	24	23	1.96
562287--562488	104	2.0	103	85	3	271	37	16	23	22	1.94
562599--562669	36	2.0	36	97	0	133	39	14	22	23	1.91
562754--562975	110	2.0	111	83	2	284	37	13	23	25	1.91
562982--563679	32	22.0	32	77	5	587	18	17	33	30	1.94
562982--563679	95	7.3	95	79	7	638	18	17	33	30	1.94
562970--563674	63	11.1	63	79	8	560	18	17	34	30	1.94
563821--564356	63	8.5	63	78	6	419	30	32	18	19	1.95
563839--564363	31	16.6	32	78	6	428	30	32	18	19	1.95
565068--565118	20	2.5	20	90	6	77	33	15	15	35	1.90
565150--565205	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
565190--565216	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
565783--565826	22	2.0	22	86	4	63	45	18	2	34	1.62
573013--573085	21	3.5	20	74	10	67	41	13	15	30	1.85
573029--573084	20	2.7	21	80	5	69	39	14	16	30	1.88
573631--573676	22	2.0	23	84	12	60	32	32	4	30	1.77
575706--575753	23	2.1	23	96	0	87	18	22	4	54	1.61
577291--577348	26	2.2	27	87	3	82	39	10	12	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594407--594433	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
600658--600683	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
600792--600841	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
605791--605815	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
605857--605922	19	3.8	19	75	22	81	36	16	12	34	1.86
605878--605902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
605859--605921	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
608322--608394	20	3.7	20	81	0	101	41	12	12	34	1.80
608267--608443	89	2.0	91	89	2	277	43	12	14	28	1.83
610897--610945	13	4.2	13	70	24	54	34	16	14	34	1.89
610897--610965	34	2.1	32	86	10	95	34	15	13	36	1.87
617634--617664	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
619243--619291	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
619243--619311	34	2.1	32	86	10	95	33	14	15	36	1.89
624090--624162	26	2.8	26	79	10	78	35	10	15	38	1.82
624075--624162	14	6.6	14	75	7	76	35	10	17	37	1.83
624171--624520	28	12.4	28	78	7	316	28	29	16	24	1.97
624183--624491	112	2.8	113	83	5	362	29	29	16	24	1.97
626542--626582	20	2.0	20	85	0	55	24	12	9	53	1.68
628229--628257	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
630454--630503	27	2.0	26	84	11	68	24	38	18	20	1.93
642831--642959	52	2.5	52	88	5	215	28	17	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
642968--642992	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
643037--643088	13	3.5	13	73	26	50	32	21	13	32	1.92
645777--645845	10	6.9	10	77	11	70	85	11	2	0	0.70
645777--645842	1	66.0	1	72	0	51	86	10	3	0	0.68
645775--645845	14	5.0	14	80	13	83	84	12	2	0	0.73
645775--645854	36	2.2	37	80	17	96	82	13	3	0	0.80
647287--647611	34	10.0	32	81	11	296	20	31	12	35	1.89
647452--647508	26	2.1	27	87	9	82	21	29	14	35	1.92
647584--647706	28	4.3	28	92	2	183	35	30	17	17	1.92
647726--648232	49	10.7	49	74	11	414	25	25	16	32	1.96
647726--648088	43	7.9	43	73	15	264	25	24	17	32	1.97
647726--648146	92	4.5	92	90	2	603	26	23	16	33	1.96
648889--648937	21	2.3	21	92	0	80	44	16	12	26	1.82
648929--648991	19	3.6	19	74	24	75	34	11	17	36	1.85
648927--648994	32	2.1	32	94	0	118	36	10	17	35	1.84
649030--649057	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
649010--649076	33	2.0	33	88	5	100	29	16	13	40	1.87
653295--653319	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
653877--653939	32	1.9	34	90	6	103	33	12	22	31	1.91
655620--655662	20	2.2	20	95	0	77	34	11	9	44	1.73
657092--657168	38	2.0	38	92	0	127	38	18	11	31	1.86
661037--661077	20	2.0	20	85	9	55	56	0	19	24	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665472--665523	2	26.0	2	88	0	77	51	3	0	44	1.19
669732--669756	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
669710--669809	33	3.0	33	85	0	119	36	11	13	40	1.79
669765--669789	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
672857--672891	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
674674--674711	20	1.9	20	100	0	76	39	0	0	60	0.97
674676--674737	20	3.0	20	83	6	63	43	1	0	54	1.09
674704--674744	20	2.0	20	86	9	57	41	2	0	56	1.13
675272--675341	30	2.3	29	92	4	113	38	5	1	54	1.33
675732--675777	13	3.6	13	77	14	51	39	0	2	58	1.10

Tables:   1   2   3   4   5