genome.fa.s87.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold87
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020132

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030--8335	87	3.5	87	80	7	334	34	13	23	28	1.93
10444--10665	75	3.0	73	77	7	216	37	13	23	24	1.92
10663--10806	71	2.0	70	90	4	227	38	13	21	26	1.91
10673--10834	71	2.3	71	87	5	222	37	14	21	27	1.92
11490--11542	20	2.6	21	84	3	63	37	13	15	33	1.86
13114--13147	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
19593--19636	17	2.6	17	85	0	52	43	0	34	22	1.54
20388--20413	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
20477--20530	20	2.7	20	88	5	74	35	12	14	37	1.85
24595--24645	20	2.5	20	90	6	77	37	19	11	31	1.88
27134--27198	21	3.0	22	71	15	64	44	0	21	33	1.53
31219--31268	21	2.4	20	76	6	55	22	12	4	62	1.46
33509--33547	20	2.0	20	89	0	60	38	17	12	30	1.88
33577--33630	19	2.8	20	80	5	65	35	18	16	29	1.93
33618--33642	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
50589--50639	12	4.2	12	71	14	50	78	15	3	1	0.99
50628--50670	15	2.8	16	86	10	54	76	20	0	2	0.89
50624--50671	19	2.6	19	81	12	55	79	18	0	2	0.84
51925--52645	28	24.9	28	80	5	722	30	31	16	21	1.95
51925--52645	58	12.5	56	81	4	722	30	31	16	21	1.95
51925--52645	86	8.3	85	84	3	746	30	31	16	21	1.95
52525--52684	32	5.1	32	74	12	116	28	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52753--52874	48	2.5	48	86	0	172	20	25	18	36	1.95
52719--52883	48	3.5	48	80	4	167	21	23	18	36	1.94
53374--53399	7	3.7	7	100	0	52	61	26	0	11	1.30
53597--53673	20	3.8	20	75	13	77	29	18	11	40	1.86
62092--62257	32	5.2	32	83	3	199	20	17	31	30	1.96
62347--62513	31	5.3	31	78	2	145	21	16	29	32	1.95
62557--62631	28	2.7	28	85	0	96	33	13	24	29	1.93
63174--63205	14	2.3	14	100	0	64	31	12	21	34	1.91
67638--67960	158	2.0	159	94	0	567	38	9	18	34	1.83
68121--68188	27	2.5	27	95	0	118	26	16	30	26	1.96
69293--69344	22	2.4	22	90	0	86	44	11	17	26	1.83
69381--69429	22	2.2	22	92	0	80	38	14	22	24	1.91
73728--73799	20	3.6	20	77	3	74	30	9	13	45	1.76
73780--73862	20	3.2	26	68	31	79	26	10	7	55	1.60
73767--73903	51	2.7	51	94	0	238	29	13	8	47	1.73
74686--74711	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74666--74729	32	2.0	33	87	3	94	28	12	15	43	1.83
76807--76849	20	2.1	20	82	4	50	9	25	44	20	1.81
77123--77169	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
77285--77319	13	2.7	13	95	0	61	37	17	17	28	1.92
82656--82681	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
82636--82699	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92368--92406	21	1.9	20	89	5	60	35	17	12	33	1.88
92562--92670	50	2.2	51	86	1	148	30	13	11	44	1.80
102554--102579	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102618--102693	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
102639--102711	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
102618--102711	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
105132--105170	13	3.0	13	96	0	69	30	15	17	35	1.91
107214--107251	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
109055--109099	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
111315--111340	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111379--111454	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
111400--111472	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
111379--111472	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
112164--112189	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
112258--112282	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
136324--136938	169	3.7	165	78	9	600	54	8	11	26	1.64
138076--138363	42	7.0	41	73	8	192	32	20	29	17	1.95
138030--138349	164	2.0	164	81	2	383	34	18	28	18	1.95
138075--138546	42	11.4	42	67	10	116	34	19	29	17	1.94
138166--138602	207	2.1	208	80	3	504	34	18	28	18	1.95
138246--138546	165	1.8	165	78	2	345	33	20	28	16	1.95
138746--138830	42	2.0	42	88	0	125	35	15	29	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151873--152236	127	2.9	127	86	2	500	41	14	11	32	1.82
153661--154282	167	3.8	163	82	8	654	54	8	10	26	1.63
159368--159588	88	2.5	88	82	1	246	31	14	24	29	1.94
162027--162084	21	2.8	21	94	0	98	24	18	18	37	1.94
163606--163657	20	2.7	20	87	3	70	40	21	11	26	1.87
169782--169820	13	3.0	13	92	0	69	35	15	17	30	1.91
172271--172295	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
172377--172428	20	2.7	20	87	3	70	38	19	13	28	1.89
180959--181063	44	2.4	44	95	0	183	29	9	37	23	1.87
181339--181407	20	3.5	20	72	7	68	42	17	14	26	1.87
181333--181427	40	2.4	40	94	0	163	40	16	16	26	1.90
181358--181428	20	3.5	20	72	14	74	38	15	16	29	1.90
182197--182547	64	5.4	65	84	6	422	33	17	23	25	1.97
182527--182740	31	6.6	32	81	5	236	21	17	29	30	1.97
182742--182898	60	2.6	61	80	8	153	41	10	27	21	1.85
182801--182859	28	2.1	28	93	3	102	42	11	23	22	1.86
182873--182946	28	2.6	29	87	6	107	28	14	28	28	1.96
192800--192857	13	4.3	13	76	12	55	34	15	15	34	1.89
192864--193221	28	12.6	29	85	5	453	29	31	16	22	1.96
192864--193221	85	4.2	85	85	4	470	29	31	16	22	1.96
193176--193249	32	2.5	31	82	10	100	28	32	16	22	1.96
194181--194365	50	3.9	50	75	17	203	29	16	10	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194241--194315	20	3.8	20	77	7	89	30	12	13	44	1.80
194191--194365	91	1.9	90	89	3	271	29	16	10	43	1.81
199613--199652	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
200849--200877	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
201260--201317	29	2.0	30	86	3	82	60	0	3	36	1.14
202442--202481	5	7.8	5	97	2	71	17	0	2	80	0.83
203394--203455	20	3.4	18	74	26	60	40	4	0	54	1.22
203766--203812	18	2.7	17	81	12	51	27	4	2	65	1.22
204495--204519	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
205128--205174	17	2.6	18	86	10	69	76	0	4	19	0.95
205237--205262	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
207372--207469	36	3.0	33	82	8	112	29	25	13	31	1.93
210360--210384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210936--211031	32	2.8	34	79	15	101	31	12	21	34	1.91
212556--212616	21	2.9	21	87	0	77	60	0	18	21	1.36
213893--213931	18	2.3	18	86	8	55	12	12	17	56	1.67
216887--216954	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
216908--216932	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216889--216951	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
219436--219503	28	2.5	27	83	7	84	25	33	16	25	1.95
219486--219708	52	4.3	52	82	2	243	29	25	12	33	1.92
219691--219765	28	2.7	28	81	4	80	24	30	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219642--219841	107	1.9	107	81	5	242	27	26	16	30	1.97
221236--221260	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
222744--222773	13	2.4	12	94	5	51	46	0	26	26	1.53
223187--223320	70	1.9	71	84	1	180	43	13	14	29	1.83
223529--223599	36	2.0	36	91	0	115	22	19	30	26	1.98
223768--223819	20	2.6	21	81	9	72	34	19	9	36	1.84
224039--224082	22	2.1	21	87	8	63	38	9	4	47	1.56
227128--227184	21	2.7	21	83	5	71	22	21	1	54	1.54
228739--228831	36	2.8	34	80	13	113	29	24	15	31	1.95
229259--229311	20	2.7	20	90	0	79	37	20	11	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5