genome.fa.s87.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold87
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020132

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  4  of  5  ( 523 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827752--827804	20	2.7	19	82	11	63	30	20	13	35	1.91
829746--829797	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
831836--831880	20	2.1	21	84	8	56	8	26	44	20	1.80
832322--832418	47	2.0	50	84	9	130	29	15	16	38	1.90
838477--838528	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
838559--838611	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
838599--838623	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
843476--843528	20	2.7	20	88	5	72	39	15	15	30	1.87
845842--845886	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
847690--847720	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
849789--849814	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
856196--856276	40	2.0	40	100	0	162	14	17	22	45	1.84
856340--856406	33	2.0	33	86	11	93	32	16	14	35	1.90
856436--856489	19	2.7	20	88	5	74	37	16	16	29	1.91
856456--856508	19	2.7	19	85	8	63	43	18	13	24	1.86
856796--856821	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
856860--856967	20	5.8	19	72	18	84	29	15	12	41	1.85
856878--856942	33	2.0	33	90	0	103	30	13	13	41	1.84
859291--859405	51	2.3	51	82	0	140	31	26	9	33	1.88
859315--859434	51	2.4	51	82	2	152	30	27	13	29	1.94
859372--859700	79	4.2	78	78	7	312	28	28	13	29	1.94
859655--859725	25	2.7	27	80	6	83	23	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859708--859983	51	5.3	52	74	10	251	27	26	14	31	1.95
859807--859883	28	2.8	28	86	7	95	24	31	18	25	1.97
859604--860012	158	2.6	154	89	4	581	27	27	14	31	1.95
872431--872510	1	80.0	1	70	0	52	85	11	2	1	0.77
872432--872508	23	3.3	22	79	15	84	84	11	2	1	0.79
872432--872508	8	9.9	8	75	19	74	84	11	2	1	0.79
872433--872508	15	4.9	15	81	12	84	84	11	2	1	0.79
873575--873887	54	5.5	55	81	10	337	27	30	20	22	1.98
873575--873895	60	5.6	58	82	10	328	26	30	19	23	1.98
873575--873887	111	2.7	112	82	10	334	27	30	20	22	1.98
873693--874096	212	1.9	213	90	2	652	26	30	19	24	1.98
873924--874219	61	4.9	60	87	3	391	25	28	19	26	1.99
874236--874326	42	2.1	42	86	6	121	17	23	14	45	1.85
874244--874336	42	2.2	42	83	9	111	18	24	13	43	1.87
875074--875127	19	2.7	19	76	17	56	37	12	14	35	1.85
875228--875296	33	2.1	34	88	2	104	28	14	11	44	1.80
877605--877743	51	2.7	51	86	2	172	28	26	11	33	1.91
877654--877773	51	2.4	51	84	5	145	30	26	12	30	1.93
877710--878040	79	4.2	78	75	7	276	27	28	13	30	1.95
877991--878065	29	2.8	28	90	8	111	22	30	20	26	1.98
877912--878112	105	1.9	107	81	5	246	28	27	13	30	1.94
878048--878324	51	5.3	51	70	9	227	25	27	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878147--878219	28	2.6	28	89	8	105	23	28	20	27	1.99
877982--878345	158	2.3	155	91	3	577	25	27	15	31	1.96
878175--878423	130	1.9	129	79	8	281	27	25	14	32	1.95
879394--879442	19	2.6	19	96	3	91	36	20	12	30	1.89
880202--881035	49	17.8	49	75	12	608	30	18	25	24	1.98
880401--880645	39	5.8	39	72	16	193	26	21	26	25	1.99
880347--880785	87	5.0	87	90	1	671	27	19	26	26	1.99
881052--881154	29	3.6	30	75	9	106	22	16	30	31	1.96
881192--881690	27	16.9	27	75	15	341	33	14	30	21	1.93
881210--881793	33	19.0	33	79	9	308	34	13	31	21	1.92
881167--881376	66	3.3	65	84	5	259	37	13	28	20	1.91
881346--881720	28	13.1	28	78	11	284	30	13	32	22	1.93
881357--881689	83	3.9	83	85	7	402	30	13	32	23	1.93
881658--881791	69	1.9	70	86	3	189	37	11	31	19	1.88
881691--881764	38	2.0	38	86	2	105	43	12	28	16	1.83
881509--881848	129	2.7	123	84	8	427	35	12	31	20	1.90
881760--881877	28	4.2	28	70	10	98	30	11	33	25	1.90
881843--882096	31	8.1	31	81	7	228	33	15	29	20	1.94
881908--882092	64	3.0	62	83	7	232	33	17	28	21	1.95
881901--882100	95	2.1	91	88	5	292	34	16	28	21	1.95
883234--883287	11	4.7	11	80	11	56	1	1	11	85	0.76
883234--883292	25	2.4	24	83	8	73	1	3	10	84	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883249--883315	20	3.2	20	79	10	64	0	7	8	83	0.81
883249--883286	19	2.0	20	94	5	69	0	0	10	89	0.49
885112--885137	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
887168--887328	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
888626--888650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
890622--890647	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
892902--893112	107	2.0	107	94	0	368	35	18	25	21	1.96
896777--896814	20	1.9	20	100	0	76	34	15	10	39	1.82
899648--899698	20	2.6	20	81	9	61	39	17	15	27	1.90
899644--899695	19	2.7	20	79	11	63	40	17	15	26	1.89
900410--900465	27	2.0	29	89	10	89	35	32	0	32	1.58
908582--908625	19	2.3	19	84	0	52	25	25	11	38	1.89
908664--908708	23	2.0	21	87	8	63	35	8	4	51	1.54
910581--910605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
912209--912348	52	2.7	52	85	0	181	30	15	12	42	1.82
916231--916255	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
916771--916939	52	3.3	52	77	4	148	28	14	14	42	1.85
920523--920557	17	2.0	17	88	5	52	31	11	14	42	1.81
924617--924792	86	2.0	86	94	0	307	23	15	25	35	1.95
926463--926492	13	2.3	13	94	0	51	40	6	16	36	1.75
926537--926583	20	2.4	19	89	3	67	38	17	14	29	1.89
926537--926587	19	2.6	20	90	3	77	39	15	15	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933995--934058	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
934013--934038	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
933995--934058	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
937258--937300	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
938195--938257	19	3.6	19	76	24	84	39	15	15	28	1.89
938213--938270	13	4.0	13	76	23	62	39	15	15	29	1.88
938195--938290	32	3.0	32	93	1	156	41	14	14	29	1.85
940629--940695	33	2.0	33	82	5	82	32	19	13	34	1.91
940724--940781	20	3.0	20	89	2	91	41	12	17	29	1.85
941863--941911	21	2.3	21	85	0	71	42	22	0	34	1.54
942146--942190	18	2.5	18	85	10	65	0	24	0	75	0.80
942147--942198	21	2.4	21	80	3	59	0	21	0	78	0.74
942143--942193	17	2.9	17	88	2	75	0	23	0	76	0.79
942842--942921	23	3.5	24	69	20	64	40	0	0	60	0.97
942844--942930	45	1.9	46	86	6	124	40	0	0	59	0.97
942860--942931	24	3.1	22	75	23	67	41	0	0	58	0.98
943133--943173	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
943575--943599	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
944684--944738	27	2.0	27	82	6	67	45	7	0	47	1.30
945712--945747	2	18.0	2	94	0	63	2	0	50	47	1.15
956433--956491	19	3.4	18	77	22	72	40	0	6	52	1.28
956450--956482	14	2.4	14	100	0	66	42	0	6	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
956935--957015	33	2.5	31	77	14	85	20	1	11	66	1.29
957953--957996	22	2.0	22	86	8	63	27	2	4	65	1.23
957962--958004	22	2.0	21	82	13	52	25	2	4	67	1.22
959527--959560	3	11.0	3	93	6	59	64	0	2	32	1.08
962770--962833	31	2.1	30	82	8	76	31	0	6	62	1.20
962785--962835	21	2.5	22	78	12	63	29	0	1	68	1.00
962785--962845	20	3.0	20	81	9	70	27	0	1	70	0.97
962795--962855	30	2.0	30	81	6	70	32	0	1	65	1.02
966180--966283	49	2.1	49	87	0	145	44	9	8	37	1.68
966205--966371	49	3.4	49	77	8	144	46	11	7	35	1.68

Tables:   1   2   3   4   5