genome.fa.s87.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold87
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020132

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675732--675785	24	2.2	24	83	3	63	38	1	1	57	1.20
689464--689491	6	4.7	6	100	0	56	50	14	0	35	1.43
689301--689519	116	1.9	114	84	8	291	30	14	5	50	1.65
689520--689562	22	2.0	22	86	4	61	48	0	0	51	1.00
689915--690014	52	1.9	52	91	4	166	21	19	9	51	1.74
693555--693600	15	2.8	17	74	9	51	36	0	4	58	1.18
695386--695431	21	2.1	22	88	4	67	50	6	8	34	1.59
695962--695986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
699675--699747	20	3.7	20	75	10	69	36	8	13	41	1.75
700516--700738	104	2.2	100	78	12	238	32	17	24	25	1.96
700507--700768	52	5.1	52	76	8	216	33	16	25	24	1.95
700822--701184	32	11.2	32	78	4	345	22	17	30	28	1.97
700833--701173	64	5.3	64	86	2	411	21	19	30	29	1.97
700815--701184	96	3.9	97	80	8	393	22	17	30	29	1.97
701448--701520	26	2.8	27	75	22	75	34	16	15	34	1.90
701448--701520	13	5.5	13	75	14	60	34	16	15	34	1.90
701448--701526	14	5.9	13	72	19	65	34	16	13	35	1.88
702696--702758	32	1.9	32	87	3	90	28	15	14	41	1.87
702723--702780	19	3.1	18	85	11	80	34	15	15	34	1.89
702724--702779	20	2.8	20	89	7	80	32	16	16	35	1.90
702808--702861	20	2.7	20	88	5	74	33	9	18	38	1.83
704450--704488	3	13.0	3	83	0	51	41	0	28	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706791--706815	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
706771--706837	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
706878--706902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
706891--707035	52	2.8	52	91	2	229	35	17	17	29	1.93
712594--712632	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
712762--712803	22	2.0	22	86	13	63	33	21	0	45	1.52
712758--712803	20	2.3	20	82	17	60	30	21	0	47	1.51
715074--715143	20	3.6	19	84	7	70	31	15	17	35	1.91
715173--715239	20	3.8	18	74	25	63	34	13	16	35	1.88
715189--715218	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
715174--715238	33	2.0	33	93	0	112	35	13	16	33	1.89
716282--716356	15	5.2	14	78	12	73	4	0	14	81	0.83
716279--716357	29	2.5	32	82	12	101	5	0	13	81	0.86
716292--716359	23	2.9	24	80	10	79	4	0	13	82	0.82
716274--716357	15	5.5	14	78	13	60	4	1	13	80	0.92
720024--720085	32	1.9	33	90	3	99	38	11	17	32	1.85
721082--721135	22	2.5	22	84	0	72	37	1	3	57	1.27
722313--722338	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
722428--722483	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
722471--722501	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
722525--722641	53	2.2	53	93	0	207	27	17	17	36	1.93
722721--722761	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724344--724368	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
725787--725812	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
725902--725957	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
725945--725975	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
725999--726135	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
726105--726175	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
726215--726255	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
729299--729358	23	2.6	24	80	15	72	75	0	25	0	0.81
729306--729346	16	2.9	14	83	16	57	80	0	19	0	0.71
729318--729357	9	4.6	9	84	6	55	77	0	22	0	0.77
729299--729358	24	2.6	23	82	10	68	75	0	25	0	0.81
729313--729347	16	2.2	16	95	5	63	80	0	20	0	0.72
729313--729356	17	2.6	17	82	10	56	77	0	22	0	0.77
734223--734302	29	2.8	28	71	5	79	48	6	12	32	1.66
734223--734460	58	4.1	58	77	5	160	47	14	10	26	1.78
734372--734469	29	3.4	28	67	16	65	46	18	10	24	1.79
734279--734467	58	3.3	57	81	4	184	48	17	10	24	1.78
734454--734697	59	4.3	58	75	7	160	52	11	13	23	1.72
734547--734584	10	3.9	10	83	16	53	60	10	13	15	1.59
734550--734586	11	3.5	11	78	14	51	62	8	10	18	1.52
743731--743817	32	2.7	32	77	8	97	37	13	25	22	1.91
746035--746059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746015--746079	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
752071--752095	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
752776--752819	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
754624--754662	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
756740--756770	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
758574--758618	21	2.1	21	84	8	56	20	20	4	55	1.60
760844--760868	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
761477--761503	11	2.5	11	100	0	54	0	14	0	85	0.61
763133--763185	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
763136--763200	33	2.0	33	90	6	105	33	18	13	33	1.90
764716--764776	19	3.3	19	79	9	81	55	0	0	44	0.99
764721--764772	17	3.1	16	84	13	61	53	0	0	46	1.00
764721--764783	18	3.5	18	78	8	74	55	0	0	44	0.99
764720--764797	36	2.1	36	83	7	93	60	0	0	39	0.97
772832--772954	49	2.5	50	80	6	124	30	7	17	43	1.77
773898--773923	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
776141--776185	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
777989--778019	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
780061--780112	13	4.0	13	100	0	104	30	15	15	38	1.88
780233--780278	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
782543--782598	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
788061--788281	21	10.7	20	71	16	148	52	9	4	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788061--788226	42	4.0	41	80	10	185	51	9	4	34	1.55
788082--788200	62	1.9	62	86	3	168	52	6	5	36	1.50
788082--788277	83	2.4	82	85	4	243	52	7	4	35	1.51
788181--788275	50	1.9	49	82	6	120	52	8	3	35	1.48
788229--788292	32	2.0	32	84	0	83	56	9	3	31	1.47
788358--788495	21	6.7	21	69	14	72	50	9	6	34	1.61
788543--788619	21	3.7	21	83	10	95	50	9	7	32	1.63
788898--789010	21	5.4	21	74	2	84	52	6	7	33	1.56
789140--789185	24	2.0	23	87	12	67	43	2	4	50	1.34
789465--789518	21	2.6	21	82	5	65	48	12	5	33	1.65
789569--789624	21	2.7	21	80	0	58	51	8	5	33	1.56
791455--791497	13	3.2	13	78	12	50	39	0	0	60	0.97
791632--791683	25	2.1	25	88	0	77	36	0	0	63	0.95
791875--792045	84	2.0	84	85	4	229	43	10	16	29	1.81
794579--794633	20	2.8	20	100	0	110	32	18	10	38	1.85
796999--797250	103	2.4	102	80	2	297	30	25	11	32	1.92
802407--802436	16	1.9	15	93	6	51	56	3	0	40	1.16
803373--803421	20	2.3	22	89	10	75	34	0	0	65	0.93
803365--803426	17	3.5	17	70	12	54	40	0	0	59	0.97
803356--803437	20	3.8	22	77	16	66	41	0	0	58	0.98
803369--803441	34	2.1	36	84	5	96	42	0	0	57	0.98
805910--805940	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807302--807347	22	2.1	22	91	0	74	26	6	13	54	1.62
808951--808982	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
813023--813066	21	2.1	21	91	0	70	31	25	0	43	1.55
815706--815731	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
820543--820597	19	2.9	19	94	0	92	34	12	14	38	1.84
820637--820662	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
820617--820683	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
823138--823214	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
823168--823371	79	2.6	79	82	3	232	24	29	16	29	1.96
826800--826838	12	3.4	12	79	13	55	69	0	20	10	1.17

Tables:   1   2   3   4   5