genome.fa.s94.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold94
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2274668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668--1739	20	3.6	19	85	7	90	41	11	16	30	1.83
1758--1787	13	2.3	13	100	0	60	46	13	10	30	1.75
2372--2470	41	2.4	40	81	6	117	43	9	29	18	1.80
2648--3034	61	6.3	61	88	2	548	28	19	26	25	1.99
2648--3023	182	2.1	183	88	3	560	28	19	26	25	1.99
3014--3293	42	6.4	45	78	10	242	38	13	27	20	1.90
3062--3217	43	3.6	42	82	6	143	40	11	28	19	1.87
3269--3598	61	5.4	61	85	4	452	28	19	25	25	1.99
3269--3598	123	2.7	122	87	4	445	28	19	25	25	1.99
9780--9980	79	2.5	77	78	7	208	33	13	26	25	1.94
9919--10029	51	2.2	51	86	1	152	33	11	25	29	1.91
10037--10092	28	2.0	29	85	3	78	28	21	25	25	1.99
10125--10194	28	2.5	28	90	4	106	27	20	30	22	1.98
9966--10246	109	2.6	107	83	3	314	32	15	24	27	1.95
10182--10350	51	3.3	51	82	0	203	34	13	24	27	1.92
12650--12675	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12659--12712	20	2.7	20	88	5	74	44	12	14	27	1.82
21416--21937	28	18.3	28	81	6	532	29	29	16	23	1.97
22778--22830	20	2.7	20	84	0	70	32	15	15	37	1.88
23474--23598	63	2.0	63	98	0	241	38	18	12	30	1.88
23640--23676	17	2.2	17	100	0	74	18	16	5	59	1.55
23501--23833	172	1.9	172	100	0	666	28	17	10	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27089--27119	6	5.2	6	100	0	62	83	0	16	0	0.64
30943--30976	16	2.1	17	88	5	52	8	11	23	55	1.63
32502--33207	49	14.8	49	81	7	828	32	17	24	25	1.97
32441--33207	334	2.3	332	87	3	1083	32	17	24	25	1.97
32502--33207	92	7.4	91	85	8	697	32	17	24	25	1.97
33210--33304	33	2.9	33	96	0	172	20	18	30	30	1.96
33311--33561	34	7.6	34	76	10	227	33	12	31	22	1.91
33309--33561	61	3.8	68	87	7	346	33	12	31	22	1.91
33308--33561	103	2.6	95	78	11	280	33	12	31	22	1.91
33474--33531	27	2.1	27	90	0	89	32	13	32	20	1.92
33648--33829	33	5.6	33	81	4	192	35	14	26	24	1.93
33577--33840	99	2.7	96	76	12	272	35	13	28	22	1.92
33648--33805	66	2.4	66	86	3	219	37	13	25	22	1.92
33576--33843	97	2.8	94	76	10	265	35	13	28	22	1.92
35154--35199	4	11.8	4	80	13	51	0	0	15	84	0.62
35152--35208	19	2.8	20	87	12	82	1	0	14	84	0.71
35154--35195	11	3.7	11	90	3	66	0	0	14	85	0.59
35152--35202	27	2.0	27	88	7	79	0	0	13	86	0.58
38639--38711	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
38657--38732	21	3.7	21	78	3	91	43	11	15	28	1.83
38639--38732	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
42845--42875	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44955--44993	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
46785--46845	31	2.0	31	100	0	122	26	3	26	44	1.69
47467--47539	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
47485--47560	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
47467--47560	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
47599--47624	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54656--54680	13	1.9	13	100	0	50	60	8	24	8	1.52
54746--54847	27	3.9	26	81	7	109	48	21	7	22	1.76
58205--59719	505	3.0	505	99	0	2994	27	24	16	32	1.96
60345--60417	27	2.7	27	80	4	85	49	19	4	27	1.66
60720--60770	24	2.1	24	82	13	61	66	5	1	25	1.24
60825--60882	23	2.5	23	97	2	107	62	3	0	34	1.12
60825--60892	23	3.0	23	89	4	66	60	2	1	35	1.21
60968--61009	18	2.2	20	87	8	61	73	0	11	14	1.09
60972--61009	20	1.9	20	89	10	60	76	0	13	10	1.02
62023--62066	21	2.0	21	82	8	52	54	0	0	45	0.99
62060--62105	23	2.0	23	83	12	58	39	0	2	58	1.10
62233--62267	16	2.2	16	90	10	54	42	0	0	57	0.99
62217--62297	27	3.0	27	80	16	96	43	0	2	54	1.13
62322--62399	19	4.0	18	73	23	61	30	2	0	66	1.05
62329--62387	22	2.9	19	79	20	66	32	3	0	64	1.10
63030--63075	22	2.2	20	85	14	58	10	17	0	71	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63481--63550	14	5.0	15	72	13	51	62	0	0	37	0.95
63475--63544	20	3.5	20	74	14	65	61	0	0	38	0.96
65948--66018	27	2.6	27	88	6	99	47	23	7	21	1.75
70521--70590	28	2.6	27	82	8	81	47	24	5	22	1.73
71245--71341	44	2.2	44	98	0	185	19	18	13	48	1.81
73602--73741	21	6.7	21	64	24	64	37	0	0	61	1.06
73649--73716	28	2.2	32	82	15	99	35	0	0	64	0.94
73657--73719	29	2.2	29	88	8	94	33	0	0	66	0.92
73694--73735	16	2.6	16	96	0	75	33	2	0	64	1.07
73647--73736	21	4.1	21	74	22	71	33	1	0	65	1.00
74818--74859	16	2.6	16	81	11	50	30	2	2	64	1.19
75445--75498	2	27.0	2	92	0	90	46	0	1	51	1.11
77035--77144	56	2.0	56	100	0	220	30	19	9	40	1.82
80068--80156	43	2.1	42	83	6	108	31	16	15	35	1.91
81188--81227	21	2.0	21	85	5	55	37	12	10	40	1.77
81443--81469	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
83557--83621	30	2.1	31	83	8	80	29	6	12	52	1.63
83577--83768	58	3.3	57	75	5	170	27	9	15	47	1.76
83979--84209	49	4.8	50	76	9	230	31	15	14	38	1.87
83971--84210	93	2.5	95	77	13	233	31	15	13	38	1.87
87333--87363	12	2.5	13	94	5	55	0	16	0	83	0.64
87332--87366	12	3.0	11	84	15	52	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87699--87765	33	2.0	33	88	5	100	34	14	14	35	1.88
87719--87743	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88434--88464	14	2.2	14	100	0	62	29	22	6	41	1.78
88492--88531	13	3.1	13	92	0	71	30	15	17	37	1.90
88998--89061	32	1.9	34	90	9	105	29	10	23	35	1.89
89664--89757	34	2.8	34	82	6	118	32	13	20	32	1.92
92803--92975	59	2.9	59	98	0	328	50	15	12	21	1.77
93685--93798	59	1.9	59	96	0	210	50	14	13	21	1.77
94417--94494	20	3.8	19	78	9	75	38	12	11	37	1.80
99948--99985	20	2.0	20	89	5	60	39	7	21	31	1.82
99954--99993	20	2.0	20	95	0	71	37	10	22	30	1.87
99956--99999	20	2.2	20	87	0	61	36	11	20	31	1.88
102519--102989	80	5.9	79	75	9	345	30	24	9	36	1.86
102511--102918	80	5.1	79	78	7	346	29	24	8	36	1.86
102511--102943	161	2.7	158	80	5	444	30	24	8	36	1.85
103952--104036	42	2.0	42	88	0	125	38	17	16	27	1.91
114882--114911	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
125158--125236	39	2.0	39	97	0	149	46	2	3	46	1.34
125346--125399	23	2.3	23	96	0	99	48	0	3	48	1.19
132032--132057	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132013--132077	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
134276--134325	21	2.3	22	82	3	66	58	4	16	22	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138235--138272	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
138384--138429	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
140109--140199	39	2.3	40	79	9	105	37	5	23	34	1.78
140823--140874	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
142527--142551	7	3.6	7	100	0	50	12	0	12	76	1.04
144158--144210	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
144456--144501	22	2.1	23	84	8	60	34	10	8	45	1.70
146654--146692	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
150709--150755	23	2.0	23	83	4	58	17	17	14	51	1.77
153546--154070	274	1.9	275	79	3	592	38	11	12	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13