genome.fa.s94.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold94
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2274668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035819--2036230	219	1.9	219	98	0	797	30	19	14	34	1.92
2036456--2036626	27	6.7	26	72	12	106	33	30	12	22	1.91
2036516--2036626	24	4.5	24	77	6	105	32	30	13	23	1.93
2041387--2041478	36	2.6	36	85	0	121	32	27	17	22	1.96
2041439--2041529	24	3.7	24	82	8	119	34	34	13	18	1.90
2041438--2041554	51	2.4	48	84	5	144	35	30	13	20	1.91
2041514--2041553	12	3.3	12	92	0	62	35	27	15	22	1.94
2041438--2041556	24	4.9	23	73	12	69	34	30	13	21	1.92
2042337--2042489	30	5.1	30	91	0	216	30	13	23	32	1.93
2047261--2047352	30	3.1	30	90	0	139	29	14	23	32	1.94
2049298--2049366	36	1.9	36	91	5	113	26	13	13	47	1.78
2058969--2059210	122	2.0	122	95	0	430	37	20	23	17	1.94
2061235--2061259	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2075951--2075993	18	2.4	18	80	0	50	11	4	4	79	1.04
2075960--2076000	9	4.6	9	84	0	55	7	2	4	85	0.81
2075960--2076003	18	2.5	18	88	3	63	9	2	4	84	0.85
2076250--2076301	24	2.1	25	85	3	70	46	1	1	50	1.23
2076258--2076301	12	3.6	12	85	14	63	43	2	0	54	1.12
2076645--2076687	12	3.3	12	81	15	50	58	0	0	41	0.98
2076650--2076686	12	2.8	14	88	8	51	59	0	0	40	0.97
2078067--2078131	30	2.2	30	83	10	80	66	1	0	32	1.01
2078374--2078410	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078591--2078624	16	2.1	17	88	5	52	38	2	5	52	1.41
2080211--2080252	19	2.2	19	91	0	66	71	0	2	26	0.98
2086917--2086987	33	2.2	32	82	7	81	36	1	2	59	1.21
2086995--2087046	17	3.0	17	85	2	59	51	0	1	46	1.12
2087383--2087425	14	3.2	13	83	9	52	23	2	0	74	0.93
2087546--2087597	15	3.6	14	75	14	52	34	1	0	63	1.06
2087548--2087583	15	2.4	15	85	0	54	33	0	0	66	0.92
2087622--2087670	19	2.5	19	80	3	53	55	2	4	38	1.31
2088482--2088523	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
2092462--2092499	16	2.5	15	84	16	51	65	2	0	31	1.06
2092806--2092890	27	3.1	28	79	12	97	42	2	0	55	1.12
2092879--2092919	18	2.2	20	86	8	59	48	2	0	48	1.14
2093742--2093771	14	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2093741--2093779	21	1.9	20	89	5	60	35	0	0	64	0.94
2098005--2098049	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
2103734--2103802	28	2.5	27	80	15	79	44	2	7	44	1.46
2106392--2106440	13	3.6	13	77	17	55	0	18	4	77	0.92
2106389--2106441	22	2.4	22	76	17	56	0	18	3	77	0.92
2108895--2108948	12	4.2	13	76	23	53	61	0	0	38	0.96
2119791--2119841	20	2.6	19	79	14	50	27	1	3	66	1.20
2121591--2122264	108	6.1	108	74	10	499	24	22	17	35	1.96
2121826--2122295	222	2.1	222	81	4	538	24	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121599--2122244	330	2.0	330	82	3	800	24	22	17	35	1.96
2124163--2124206	21	2.0	22	83	12	56	54	2	4	38	1.33
2124559--2124606	14	3.3	14	82	8	60	64	0	29	6	1.18
2136727--2136768	15	2.7	16	82	13	52	50	2	0	47	1.14
2139951--2139991	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2143639--2143668	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2145340--2145374	9	3.8	9	85	7	52	40	0	0	60	0.97
2145334--2145381	19	2.5	19	96	0	87	39	0	0	60	0.97
2148581--2148613	16	2.1	16	100	0	66	48	21	6	24	1.72
2150319--2150392	2	37.0	2	78	5	60	45	6	5	41	1.53
2150325--2150391	18	3.7	18	83	0	80	46	7	5	40	1.57
2153284--2153314	11	2.8	11	90	0	53	25	0	12	61	1.32
2153709--2154094	164	2.3	165	78	7	388	32	12	6	47	1.68
2154244--2154277	15	2.1	15	89	10	50	32	0	2	64	1.08
2157612--2158013	76	5.3	75	84	3	459	38	13	21	26	1.90
2160551--2160610	20	2.9	21	79	13	70	41	13	18	26	1.87
2161238--2161856	61	10.2	61	77	3	579	29	17	25	27	1.97
2161238--2161856	120	5.1	120	80	4	598	29	17	25	27	1.97
2162842--2162874	10	3.2	10	95	4	57	0	0	12	87	0.53
2162842--2162874	11	3.1	11	91	4	50	0	0	12	87	0.53
2173853--2173917	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
2174786--2174838	16	3.1	16	79	12	61	32	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174787--2174842	19	3.2	18	90	7	80	32	33	0	33	1.58
2174786--2174852	19	3.5	20	84	15	74	26	37	0	35	1.57
2176541--2176583	20	2.1	20	83	12	52	53	0	20	25	1.46
2182919--2182983	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
2184487--2184512	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
2184511--2184538	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
2185452--2185479	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2188233--2188262	16	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
2195735--2195832	49	2.0	49	100	0	196	34	10	22	32	1.88
2195933--2195976	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2196147--2196218	24	3.0	26	73	22	68	45	0	1	52	1.09
2196783--2196823	2	21.0	2	90	5	66	51	0	0	48	1.00
2198913--2199029	51	2.3	52	86	2	157	28	11	31	29	1.91
2198870--2199104	130	1.8	129	81	6	296	31	11	27	28	1.92
2198964--2199249	78	3.6	79	81	5	337	31	12	27	29	1.93
2204090--2204210	52	2.3	52	95	2	217	30	18	18	33	1.94
2204090--2204230	52	2.7	50	88	8	194	31	17	18	31	1.94
2204219--2204243	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2204309--2204333	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2204287--2204353	33	2.0	33	88	0	98	38	13	13	34	1.84
2206755--2206787	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2208342--2208366	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209694--2209743	23	2.3	23	82	6	59	54	6	2	38	1.37
2210273--2210302	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
2210276--2210329	24	2.5	22	80	16	67	1	20	0	77	0.86
2211550--2211959	32	12.8	32	93	0	669	16	18	34	30	1.94
2211942--2213089	27	42.0	27	93	2	1873	28	14	34	22	1.94
2211927--2213089	164	7.1	163	93	1	1900	28	14	34	22	1.94
2211942--2213089	246	4.7	245	95	1	1935	28	14	34	22	1.94
2218974--2218998	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
2220328--2220377	23	2.3	23	82	6	59	54	4	2	40	1.31
2220515--2220551	2	18.5	2	88	0	56	51	5	0	43	1.24
2220920--2220949	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
2220923--2220976	24	2.5	22	80	16	67	1	20	0	77	0.86
2224611--2224679	24	2.9	24	82	8	70	34	0	2	62	1.10
2224652--2224692	16	2.6	16	84	7	50	31	0	0	68	0.90
2225001--2225050	23	2.2	22	79	10	57	30	0	8	62	1.24
2225321--2225359	11	3.5	11	82	6	51	71	0	28	0	0.86
2226220--2226277	24	2.4	24	83	11	66	34	0	3	62	1.12
2226681--2226893	74	2.9	70	76	10	194	33	1	11	53	1.45
2227837--2227894	24	2.4	24	83	11	66	34	0	3	62	1.12
2228240--2228289	23	2.2	22	79	10	57	30	0	8	62	1.24
2229441--2229509	24	2.9	24	85	8	79	33	0	4	62	1.15
2229486--2229519	15	2.3	15	94	0	59	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229858--2229907	23	2.2	22	79	10	57	30	0	8	62	1.24
2235479--2235524	18	2.6	18	89	0	65	45	10	2	41	1.51
2236154--2236964	201	4.0	201	99	0	1568	30	22	9	38	1.85
2238332--2238390	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
2239001--2239032	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
2241829--2241903	31	2.4	31	84	6	98	24	2	17	56	1.54
2241850--2241902	16	3.4	16	76	2	63	26	0	15	58	1.37
2244904--2244974	37	1.9	37	82	0	88	32	9	16	40	1.82
2245017--2245110	16	5.8	16	72	12	66	27	6	12	53	1.63
2245801--2245894	47	2.0	47	95	0	170	37	14	6	41	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13