genome.fa.s94.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold94
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2274668

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690599--690646	18	2.6	18	83	3	51	47	4	2	45	1.33
690613--690685	20	3.9	17	77	12	56	41	2	5	50	1.40
690703--690754	19	2.7	19	85	11	70	32	1	11	53	1.48
690474--690821	154	2.3	153	81	7	393	38	4	9	47	1.55
690546--690754	87	2.4	87	82	3	255	39	3	7	50	1.47
690704--690755	20	2.7	18	83	13	68	34	1	9	53	1.45
690631--690861	67	3.4	67	85	0	300	38	3	10	47	1.56
692517--692597	42	1.9	43	85	9	114	51	0	2	45	1.14
696610--696665	18	3.2	18	78	14	64	64	1	0	33	1.04
703508--703622	58	2.0	58	91	3	187	54	5	16	23	1.62
708239--708288	15	3.3	15	78	10	66	52	4	4	40	1.39
708396--708432	20	1.9	20	88	5	58	67	0	5	27	1.12
712615--712659	18	2.4	18	85	3	54	31	0	6	62	1.21
712701--712735	11	3.2	11	87	0	52	28	0	0	71	0.86
714021--714053	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
716861--716889	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
718520--718568	6	8.3	6	77	20	50	36	0	2	61	1.08
718519--718560	17	2.5	17	92	0	66	35	0	2	61	1.09
718622--718663	22	1.9	22	90	9	68	57	0	0	42	0.99
720992--721025	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
723073--723226	76	2.0	76	96	0	281	33	16	24	25	1.95
724487--724534	2	24.0	2	91	0	78	50	2	47	0	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725514--725548	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
725539--725583	23	2.0	23	91	8	76	48	0	0	51	1.00
728456--728853	127	3.1	127	78	9	305	43	6	4	45	1.48
733104--733143	16	2.5	16	95	0	71	17	50	0	32	1.47
735658--735691	16	2.1	16	89	10	52	32	8	17	41	1.80
743241--743337	28	3.4	30	70	13	73	48	2	1	48	1.20
743320--743387	27	2.4	28	74	13	68	63	1	1	33	1.13
743314--743391	22	3.4	23	69	20	56	60	1	1	37	1.13
744636--744674	5	7.6	5	85	2	51	74	17	7	0	1.05
744636--744674	10	3.8	10	93	3	60	74	17	7	0	1.05
744637--744674	15	2.5	15	91	0	58	73	18	7	0	1.06
747949--747984	7	5.4	7	93	6	58	72	0	0	27	0.85
748906--749078	91	1.9	91	97	1	330	36	9	17	36	1.82
749303--749336	18	1.9	17	94	5	59	41	0	0	58	0.98
749303--749341	18	2.1	18	86	13	53	41	0	0	58	0.98
751303--751340	20	1.9	20	94	0	67	28	13	7	50	1.69
766900--766962	33	1.9	33	90	0	99	26	25	19	28	1.98
766893--767350	130	3.5	128	82	3	540	25	28	13	31	1.94
767030--767105	33	2.3	33	84	6	91	31	28	13	26	1.93
767282--767350	33	2.3	31	85	12	90	24	28	17	28	1.97
767473--767537	32	2.0	32	85	5	87	32	30	15	21	1.94
767678--767793	52	2.3	52	80	3	137	25	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767705--767806	52	2.0	52	88	0	150	26	24	13	35	1.93
767917--768032	61	1.9	61	87	0	169	26	22	12	38	1.89
768701--768777	21	3.8	20	78	3	73	42	11	15	29	1.82
768701--768754	20	2.6	21	88	2	74	40	9	16	33	1.80
768822--768877	20	2.7	20	86	10	69	28	16	12	42	1.84
771231--771534	98	3.1	96	83	3	369	30	19	12	38	1.88
776376--776503	51	2.5	51	87	2	168	40	11	17	29	1.86
776469--776523	20	2.8	20	80	8	67	34	14	10	40	1.81
780259--780755	78	6.4	77	76	3	399	34	15	24	25	1.94
780266--780762	234	2.1	232	80	4	563	34	15	24	26	1.94
780627--780884	139	1.9	139	83	4	342	36	15	22	25	1.94
780697--780815	61	2.0	61	86	3	168	36	15	23	24	1.94
783533--783572	20	2.0	21	85	5	55	32	7	12	47	1.69
791005--791035	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
790985--791051	33	2.0	32	86	11	91	32	16	13	37	1.88
791080--791135	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
791121--791147	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
791687--791720	16	2.1	17	89	10	54	29	35	0	35	1.58
791702--791771	22	3.2	22	68	11	72	25	34	1	38	1.65
793611--793652	13	3.2	13	100	0	84	40	16	14	28	1.88
799778--799844	33	2.0	33	86	11	93	32	16	13	37	1.88
799874--799929	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802418--802494	20	3.8	20	77	6	84	38	12	14	33	1.84
802378--802545	90	1.9	91	92	1	284	42	13	14	28	1.84
802508--802545	20	1.9	20	94	0	67	44	13	13	28	1.81
803064--803185	63	1.9	63	88	0	181	23	22	16	36	1.94
808138--808183	24	2.0	24	86	4	67	41	13	4	41	1.63
834212--834237	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
838373--838398	12	2.2	12	100	0	52	38	30	0	30	1.58
843487--843599	53	2.1	54	81	14	137	57	3	0	38	1.16
843532--843558	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
844272--844325	11	4.8	11	80	10	56	59	0	1	38	1.08
844504--844554	5	10.4	5	77	10	52	70	0	0	29	0.87
844507--844554	14	3.3	15	80	14	64	70	0	0	29	0.87
856400--856450	21	2.4	21	81	15	61	41	1	0	56	1.10
864696--864736	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
870796--870906	19	6.8	16	75	23	83	34	11	17	36	1.86
870816--870887	13	4.9	13	73	23	63	36	12	16	34	1.87
870797--870890	47	2.0	47	97	0	179	36	11	17	35	1.86
870842--870914	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
870959--870983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
870992--871120	52	2.5	52	94	0	231	34	17	18	29	1.94
874373--874417	20	2.2	20	84	7	56	53	20	6	20	1.67
875545--875611	3	22.3	3	86	6	73	25	0	7	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877171--877264	32	2.9	31	76	9	82	22	10	22	44	1.83
877192--877270	16	4.9	16	70	6	52	20	12	24	43	1.86
877536--877570	16	2.2	16	89	0	52	40	5	0	54	1.24
878271--878303	11	3.1	11	91	8	59	63	0	0	36	0.95
878267--878304	10	3.8	10	90	10	60	63	0	0	36	0.95
881654--881683	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
885090--885121	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
889713--889746	15	2.2	16	89	5	52	79	0	20	0	0.73
894078--894115	13	2.8	14	81	18	53	55	0	10	34	1.34
894167--894200	16	2.1	16	89	10	52	64	0	0	35	0.94
894149--894207	24	2.4	25	86	5	77	67	0	0	32	0.91
894576--894614	18	2.2	18	85	0	51	28	2	0	69	1.02
894584--894619	18	1.9	18	88	5	54	25	2	0	72	0.98
895067--895112	16	2.9	15	87	12	58	39	2	0	58	1.10
903415--903474	30	2.0	31	87	9	88	43	1	0	55	1.10
905025--905093	27	2.6	28	75	25	78	40	1	0	57	1.07
905173--905214	13	3.1	14	77	16	52	69	0	0	30	0.89
905171--905209	13	2.7	15	80	11	55	69	0	0	30	0.89
905684--905770	17	5.2	16	65	18	52	42	0	1	56	1.07
905687--905766	35	2.3	34	81	8	90	46	0	1	52	1.08
905754--905801	19	2.5	20	80	12	57	47	0	0	52	1.00
905681--905803	16	7.6	17	67	27	65	43	0	0	55	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907813--907876	28	2.3	28	80	0	74	17	15	7	59	1.59
907942--907979	16	2.4	16	90	0	58	13	15	5	65	1.43
908030--908074	19	2.4	19	85	7	56	26	8	2	62	1.37
911691--911739	26	1.9	26	87	4	73	53	0	2	44	1.12
912146--912227	28	3.2	24	80	16	69	48	3	3	43	1.38
912148--912204	25	2.3	24	82	8	71	50	5	1	42	1.35
913472--913506	17	2.1	17	94	5	63	54	0	0	45	0.99
913490--913605	26	4.6	27	76	13	95	50	0	0	49	1.06
913474--913547	17	4.9	16	75	21	61	55	0	0	44	0.99
913557--913597	20	2.0	21	85	4	57	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13