genome.fa.s95.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold95
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  582947

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191269--191298	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
192046--192084	21	1.9	20	84	5	51	25	7	2	64	1.33
194241--194283	21	2.0	22	81	4	52	23	6	2	67	1.27
194832--194867	19	1.9	18	88	5	54	75	0	0	25	0.81
197989--198042	23	2.2	24	80	9	65	35	0	3	61	1.14
198892--198919	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
200900--200942	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
203849--203876	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
204298--204374	30	2.6	30	85	0	91	32	3	2	61	1.28
204333--204448	30	3.9	29	72	12	83	37	10	3	48	1.54
206307--206364	23	2.6	23	76	10	66	36	1	0	62	1.06
206590--206635	15	3.1	15	81	9	58	54	2	0	43	1.12
207562--207610	17	2.8	17	79	14	55	36	0	2	61	1.08
207562--207617	17	3.4	16	73	24	53	37	0	1	60	1.07
208052--208113	32	2.0	32	96	3	117	48	3	3	45	1.34
208354--208424	32	2.2	33	84	2	90	42	2	0	54	1.14
208402--208458	19	3.1	17	80	14	60	35	3	0	61	1.13
208714--208767	19	2.8	19	78	13	56	55	0	0	44	0.99
209499--209543	14	3.1	14	81	6	54	44	2	0	53	1.13
209507--209555	15	3.5	14	81	8	55	46	2	2	48	1.25
211247--211292	23	2.0	22	84	12	58	39	0	0	60	0.97
212763--212817	23	2.3	25	81	12	62	50	1	9	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213086--213110	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
213133--213170	20	2.0	20	94	5	69	55	0	0	44	0.99
213563--213607	22	2.0	22	82	0	54	57	4	0	37	1.19
213823--213863	21	2.1	19	86	9	55	58	0	0	41	0.98
215640--215739	30	3.3	29	75	10	94	50	1	8	41	1.39
215718--215779	30	2.1	30	81	6	72	64	1	1	32	1.13
215746--215787	21	2.0	22	86	9	61	66	0	0	33	0.92
216152--216176	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
216557--216603	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
218597--218646	21	2.4	21	96	0	91	28	12	10	50	1.71
221378--221441	4	16.0	4	86	0	92	45	25	1	28	1.63
222472--222511	20	2.0	21	90	5	64	62	0	7	30	1.23
230245--230275	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
230576--230610	14	2.5	14	86	13	54	37	0	0	62	0.95
230970--231115	22	6.4	22	69	16	75	36	0	0	62	1.01
231005--231108	33	3.1	35	78	13	105	40	0	0	58	1.04
231066--231122	22	2.5	22	85	2	69	35	0	1	63	1.05
233868--233895	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
238522--238555	12	2.8	12	90	0	50	0	47	0	52	1.00
238798--238831	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
239743--239811	22	3.1	21	78	12	59	40	2	0	56	1.14
240102--240144	17	2.6	16	79	13	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240666--240708	22	2.0	20	86	8	59	37	2	0	60	1.10
241472--241521	16	3.1	16	70	18	50	36	2	8	54	1.42
242288--242333	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
244045--244140	27	3.5	28	73	17	85	40	0	1	58	1.05
244396--244453	22	2.6	23	81	13	68	67	0	0	32	0.91
244407--244542	11	12.5	11	68	16	79	59	0	0	40	0.97
244408--244542	5	27.0	5	68	14	57	59	0	0	40	0.98
244491--244535	20	2.2	20	88	8	63	60	0	0	40	0.97
244939--244981	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
245111--245156	24	1.9	24	91	8	76	32	0	0	67	0.91
245119--245156	12	3.2	12	100	0	76	31	0	0	68	0.90
248184--248209	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
248393--248480	44	2.0	44	100	0	176	50	9	11	29	1.69
249671--249726	22	2.5	22	86	11	71	39	0	0	60	0.97
250682--250727	21	2.3	21	79	17	53	39	0	0	60	0.97
250691--250730	21	1.9	21	90	10	64	35	0	0	65	0.93
251476--251524	25	1.9	25	83	4	62	32	6	2	59	1.34
252373--252449	30	2.6	29	77	6	75	51	3	1	42	1.28
253750--253813	2	35.0	2	75	17	59	46	0	0	53	1.00
253739--253814	14	5.2	15	78	18	63	44	0	0	55	0.99
253739--253814	15	5.2	14	78	12	64	44	0	0	55	0.99
254002--254119	22	5.6	20	74	12	85	63	0	0	35	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254017--254126	11	9.9	12	72	24	75	62	0	0	37	0.95
254020--254129	35	3.3	35	77	16	124	62	0	0	37	0.95
254002--254126	5	25.0	5	72	16	82	63	0	0	36	1.00
254020--254127	29	3.8	29	75	20	104	62	0	0	37	0.95
254383--254415	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
254522--254558	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
257604--257646	4	11.0	4	85	5	61	69	0	2	27	1.00
258280--258337	20	2.9	20	94	0	107	31	17	10	41	1.83
258185--258385	91	2.2	89	85	5	278	31	15	11	41	1.83
260017--260045	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
270821--270867	21	2.2	22	85	11	62	59	2	0	38	1.09
270820--270870	22	2.3	22	80	16	61	60	1	0	37	1.08
271416--271452	18	2.1	18	94	0	65	54	10	0	35	1.36
271446--271479	9	3.7	9	84	7	50	41	0	0	58	0.98
274592--274633	17	2.3	18	80	12	50	50	0	0	50	1.00
274603--274645	17	2.4	18	92	3	70	46	0	0	53	1.00
274643--274715	26	2.9	25	78	13	71	46	0	1	52	1.09
274669--274709	17	2.4	17	87	0	55	51	0	0	48	1.00
274680--274738	28	2.0	29	81	12	68	54	0	3	42	1.17
275111--275140	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
275113--275146	17	2.1	16	88	5	50	64	0	0	35	0.94
275296--275337	15	3.1	14	80	16	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275299--275354	26	2.1	27	86	3	78	48	0	0	51	1.00
279425--279463	21	1.9	20	84	5	51	61	0	0	38	0.96
279761--279807	11	4.0	12	86	13	71	65	0	0	34	0.93
279785--279825	18	2.4	16	84	8	55	63	0	2	34	1.08
279761--279826	11	6.3	11	76	18	61	66	0	1	31	1.01
280394--280445	16	3.4	16	76	12	56	69	3	1	25	1.16
282001--282048	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
284377--284420	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
287474--287925	234	1.9	234	95	0	823	24	20	21	33	1.97
288923--288959	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
290970--291017	22	2.2	22	82	14	55	47	0	0	52	1.00
292880--292917	17	2.2	17	95	0	67	47	2	5	44	1.39
293152--293222	32	2.3	29	81	11	79	42	0	0	57	0.98
293189--293240	19	2.8	19	85	2	61	46	0	0	53	1.00
293257--293283	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
293202--293272	19	3.9	19	69	14	51	40	1	0	57	1.07
295030--295080	22	2.3	23	79	6	59	37	1	1	58	1.20
295309--295352	22	2.0	22	90	0	70	38	9	27	25	1.86
297000--297037	20	2.0	20	89	5	60	42	0	0	57	0.98
297705--297754	3	16.3	3	95	4	91	66	0	0	34	0.92
298036--298077	22	1.9	22	85	0	57	35	4	2	57	1.33
301934--301979	18	2.6	17	83	10	56	34	8	0	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303255--303297	17	2.6	17	80	20	56	39	0	0	60	0.97
304206--304245	21	1.9	21	85	10	55	62	0	0	37	0.95
305221--305275	20	2.8	19	75	17	58	45	1	1	50	1.22
305286--305361	32	2.4	32	80	4	82	32	1	1	64	1.10
305632--305702	16	3.9	17	69	24	56	63	2	2	30	1.23
305581--305662	22	3.8	22	72	13	64	64	0	0	35	0.94
305731--305781	20	2.4	22	80	9	61	41	0	0	58	0.98
305772--305823	22	2.4	22	78	9	63	50	0	0	50	1.00
305824--305892	30	2.4	28	73	19	70	52	0	0	47	1.00
305833--305890	31	1.9	30	89	10	91	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6