genome.fa.s96.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold96
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013983

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150026--150083	21	2.7	22	84	7	84	32	13	15	37	1.87
158746--158829	9	8.9	9	73	18	64	83	9	2	4	0.88
160217--160708	34	15.3	34	74	14	361	21	30	12	34	1.91
160292--160491	27	6.6	27	73	19	91	20	33	13	33	1.91
160247--160466	61	3.5	61	85	9	275	20	30	12	35	1.90
160222--160623	157	2.6	155	87	4	533	21	30	12	34	1.91
160401--160708	61	4.8	61	83	5	269	21	31	12	34	1.91
160523--160725	69	3.0	69	90	3	306	19	30	12	37	1.89
160774--161058	49	5.9	49	76	10	255	22	25	18	33	1.97
160827--161058	49	4.6	51	84	4	283	22	26	18	32	1.97
160827--161058	101	2.3	101	93	0	383	22	26	18	32	1.97
162060--162084	9	2.8	9	100	0	50	28	0	0	72	0.86
162402--162447	12	3.6	12	85	8	56	82	0	17	0	0.67
163644--163719	20	3.8	20	74	6	73	31	11	14	42	1.82
166961--167381	139	3.0	142	84	3	564	36	11	8	43	1.70
169674--169705	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
170176--170225	21	2.4	21	83	3	57	40	18	10	32	1.83
170441--170481	22	2.0	21	85	9	57	39	7	9	43	1.65
172717--172745	14	2.0	15	93	6	51	68	0	27	3	1.05
173299--173616	112	2.9	110	76	8	313	30	16	16	37	1.90
174447--174878	88	4.9	87	80	5	449	31	26	13	28	1.94
174447--174869	177	2.4	177	85	2	546	31	26	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175360--175665	35	8.7	35	79	4	222	20	19	13	47	1.82
175347--175689	70	4.9	70	77	3	305	20	18	12	47	1.81
175347--175680	105	3.2	104	81	2	355	21	18	13	47	1.82
175856--175990	43	3.1	43	71	14	134	17	21	13	47	1.82
177368--177692	163	2.0	164	81	6	381	29	12	9	48	1.73
179707--179754	19	2.5	20	89	3	71	35	16	14	33	1.89
179743--179767	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
179724--179787	32	2.0	32	87	9	94	39	15	14	31	1.87
184153--184679	142	3.8	141	84	5	671	35	11	9	43	1.74
184751--184809	25	2.3	26	94	5	102	37	8	6	47	1.61
184844--185198	155	2.3	155	79	5	362	27	14	17	40	1.88
188355--188397	14	3.1	14	82	0	59	60	0	0	39	0.97
188428--189579	393	2.9	396	89	4	1704	39	8	13	38	1.75
189971--190032	23	2.6	23	82	12	72	45	0	3	51	1.17
190492--190522	9	3.4	9	100	0	62	80	0	0	19	0.71
191203--191268	16	3.6	18	72	18	55	62	0	0	37	0.96
191202--191281	28	2.8	30	78	12	89	60	1	0	38	1.05
191219--191278	30	1.9	32	83	12	81	58	1	0	40	1.08
192694--192735	14	2.7	15	85	10	50	45	4	2	47	1.36
193515--193553	16	2.6	14	81	14	51	5	15	0	79	0.90
198052--198122	33	2.2	33	81	0	88	33	16	12	36	1.87
201750--201913	82	2.0	82	95	0	292	43	18	14	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204883--204923	13	3.0	13	80	13	55	31	14	2	51	1.56
206944--206981	20	1.9	20	100	0	76	36	15	10	36	1.82
206963--206996	13	2.6	13	85	0	50	35	11	14	38	1.83
206948--207010	33	1.9	33	83	0	81	31	15	14	38	1.88
213477--213531	20	2.8	20	94	0	101	38	14	10	36	1.81
214618--214911	78	3.8	78	79	5	337	33	15	23	27	1.95
214618--214911	156	1.9	156	83	5	389	33	15	23	27	1.95
214848--214963	51	2.3	51	88	4	173	31	12	24	32	1.91
215997--216281	49	5.9	49	76	10	255	22	25	18	33	1.97
216050--216281	49	4.6	51	84	4	283	22	26	18	32	1.97
216050--216281	101	2.3	101	93	0	383	22	26	18	32	1.97
217222--217267	13	3.7	12	81	18	58	84	0	15	0	0.62
218461--218536	20	3.8	20	74	6	73	31	11	14	42	1.82
221766--222186	139	3.0	142	84	3	564	36	11	8	43	1.70
224472--224503	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
224974--225023	21	2.4	21	83	3	57	40	18	10	32	1.83
225239--225279	22	2.0	21	85	9	57	39	7	9	43	1.65
227514--227542	14	2.0	15	93	6	51	68	0	27	3	1.05
228096--228413	112	2.9	110	76	8	313	31	16	15	37	1.90
229244--229675	88	4.9	87	80	5	449	31	26	13	28	1.94
229244--229666	177	2.4	177	85	2	546	31	26	13	27	1.94
230144--230486	35	9.8	35	80	2	303	20	18	13	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230144--230477	105	3.2	104	80	2	346	20	18	13	47	1.83
230653--230787	43	3.1	43	71	14	134	17	21	13	47	1.82
230791--231011	85	2.6	86	72	8	114	17	22	14	46	1.84
230784--230943	85	1.9	85	82	0	203	18	21	12	47	1.81
233000--233037	11	3.4	11	88	3	58	86	0	13	0	0.56
232989--233037	12	4.2	12	84	12	66	81	0	18	0	0.69
232989--233037	23	2.1	23	88	7	73	81	0	18	0	0.69
234429--234492	19	3.7	19	76	23	86	37	17	12	32	1.87
234449--234505	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
234430--234525	32	3.0	32	93	4	158	38	15	13	32	1.87
238891--239417	142	3.8	141	84	5	653	35	11	9	43	1.74
239489--239547	25	2.3	26	94	5	102	37	8	6	47	1.61
239564--239936	154	2.4	153	78	4	385	26	14	17	41	1.88
243063--243105	14	3.1	14	82	0	59	60	0	0	39	0.97
243143--244287	394	2.9	393	88	5	1632	39	8	13	38	1.75
244672--244741	23	3.0	23	78	14	72	42	0	7	50	1.30
245201--245227	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
245912--245977	16	3.6	18	72	18	55	62	0	0	37	0.96
245911--245990	28	2.8	30	78	12	89	60	1	0	38	1.05
245928--245987	30	1.9	32	83	12	81	58	1	0	40	1.08
247401--247442	14	2.7	15	85	10	50	45	4	2	47	1.36
248221--248259	16	2.6	14	81	14	51	5	15	0	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252758--252828	33	2.2	33	81	0	88	33	16	12	36	1.87
256457--256620	82	2.0	82	95	0	292	43	18	14	23	1.87
259590--259631	15	2.9	14	79	6	57	30	14	2	52	1.54
261653--261690	20	1.9	20	100	0	76	36	15	10	36	1.82
261672--261705	13	2.6	13	85	0	50	35	11	14	38	1.83
261657--261719	33	1.9	33	83	0	81	31	15	14	38	1.88
268188--268242	20	2.8	20	94	0	101	38	14	10	36	1.81
269329--269623	78	3.8	79	80	4	355	33	15	23	27	1.95
269329--269623	157	1.9	157	84	4	398	33	15	23	27	1.95
269560--269675	51	2.3	51	88	4	173	31	12	24	32	1.91
269485--269752	129	2.1	127	84	5	335	32	14	25	27	1.94
271965--272034	33	2.1	33	100	0	140	40	14	18	27	1.89
271945--272100	53	3.0	53	81	10	155	40	15	16	28	1.88
271945--272051	20	5.7	19	78	18	109	40	14	16	28	1.89
271984--272014	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
271965--272149	49	3.7	48	84	7	201	40	16	16	27	1.90
273361--273390	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
273337--273407	33	2.2	33	84	5	90	36	18	9	35	1.84
273491--273533	20	2.0	22	91	8	72	16	13	23	46	1.83
276764--276794	14	2.2	14	94	0	53	45	22	0	32	1.53
284845--285204	52	7.0	51	73	10	225	34	15	23	26	1.94
284845--285204	104	3.5	102	74	9	306	34	15	23	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285163--285249	43	2.0	44	88	2	131	27	16	28	27	1.97
285253--285403	32	4.7	32	86	4	214	18	19	31	30	1.96
285255--285403	65	2.3	64	89	3	228	18	20	30	30	1.96
285404--286472	34	33.8	32	72	13	632	37	12	29	20	1.89
285402--286410	95	10.7	92	72	15	388	37	12	29	20	1.89
285627--286355	61	11.5	62	74	10	480	38	11	28	21	1.89
285721--285777	27	2.1	27	86	0	78	36	14	28	21	1.92
285404--286410	221	4.6	216	74	13	663	37	12	29	20	1.89
285404--286482	255	4.2	253	77	8	895	37	12	29	20	1.89
285748--286355	66	9.5	66	75	10	244	38	11	28	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8