genome.fa.s96.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold96
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013983

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833395--833420	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
833459--833532	21	3.6	21	81	3	105	28	18	12	40	1.87
837970--838044	20	3.8	20	87	0	114	40	12	13	34	1.81
839118--839278	63	2.6	63	81	2	180	34	16	15	32	1.91
839339--839388	20	2.6	19	81	6	55	42	16	14	28	1.86
839357--839602	91	2.7	91	92	0	411	28	17	17	36	1.92
839360--839635	91	3.0	91	86	4	272	30	15	17	36	1.91
847497--847626	52	2.5	53	91	2	219	30	17	16	35	1.93
847497--847642	52	2.8	52	82	6	188	30	16	17	35	1.92
847711--847761	19	2.8	18	88	5	75	41	15	13	29	1.86
848193--848249	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
848173--848273	32	3.1	32	95	1	175	34	11	18	34	1.88
848171--848269	19	5.9	17	71	28	79	34	12	18	35	1.88
848331--848459	52	2.5	52	93	0	222	36	17	17	28	1.93
855397--855424	12	2.3	12	100	0	56	85	0	7	7	0.73
855393--855439	16	2.8	16	78	15	51	85	6	4	4	0.84
855403--855450	15	3.3	14	80	13	53	85	8	4	2	0.80
856865--857471	34	18.3	34	77	15	406	20	34	13	32	1.91
856889--857451	100	5.7	99	78	10	464	19	34	13	32	1.91
856877--857471	136	4.5	130	82	8	679	19	34	13	32	1.91
856902--857415	31	15.7	30	75	17	132	20	34	13	31	1.92
857063--857508	36	13.3	34	76	12	176	20	34	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857490--857658	32	5.2	33	89	3	256	28	34	17	20	1.95
857658--858090	43	9.1	48	78	12	421	24	25	18	32	1.97
857653--858090	92	4.6	92	83	6	529	23	25	18	32	1.97
857932--858076	52	2.8	52	90	2	229	21	24	19	34	1.96
858682--858726	20	2.3	20	84	3	65	31	8	20	40	1.83
858682--858734	19	2.7	20	82	2	72	33	11	16	37	1.85
858777--858801	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
866201--866244	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
868047--868085	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
870164--870194	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
871998--872042	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
874960--875003	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
876780--876818	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
878896--878926	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
880729--880773	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
882974--882999	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
884446--884494	24	2.1	24	88	7	75	81	18	0	0	0.69
884446--884494	13	3.8	12	78	10	53	81	18	0	0	0.69
884818--884851	14	2.4	14	90	0	50	85	11	2	0	0.71
885799--885981	32	5.9	31	82	8	203	23	30	16	29	1.97
885804--885981	64	2.9	62	87	4	225	24	30	17	28	1.97
885966--886069	27	3.6	27	76	16	118	22	39	13	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885983--886506	34	16.0	34	75	12	454	19	34	12	33	1.90
885962--886533	61	8.9	61	76	14	483	19	34	13	32	1.91
886215--886267	27	2.0	27	96	0	97	22	37	15	24	1.92
885962--886506	198	2.8	194	86	8	707	19	34	13	32	1.90
885863--886470	34	18.9	31	73	16	218	20	33	13	32	1.91
886241--886552	98	3.2	97	79	10	280	20	34	13	31	1.91
886441--886534	27	3.2	28	74	14	91	22	31	13	31	1.93
885962--886533	259	2.2	256	86	6	762	19	34	13	32	1.91
886538--886637	32	3.1	33	91	5	168	27	38	18	17	1.92
886683--888339	43	36.1	43	80	12	1757	25	24	18	31	1.97
886683--888339	92	18.0	87	88	4	1811	25	24	18	31	1.97
886796--886863	21	3.2	21	62	25	52	25	27	19	27	1.98
886650--888339	187	9.2	183	90	4	1903	25	24	18	31	1.97
887397--887464	21	3.2	21	69	19	68	26	23	17	32	1.97
887579--887644	22	3.0	22	68	26	59	27	24	18	30	1.98
887655--887722	22	3.1	22	66	26	63	23	25	20	30	1.98
887790--887857	22	3.1	22	62	26	54	22	25	22	30	1.99
887854--887921	21	3.2	21	63	19	50	27	27	16	27	1.97
887832--887943	22	5.2	22	61	23	58	26	25	17	29	1.98
887876--888383	95	5.4	95	90	2	839	25	24	17	32	1.97
888174--888239	22	3.0	22	68	26	59	27	24	18	30	1.98
888293--888446	52	2.9	53	81	4	184	24	22	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888293--888446	55	2.9	53	82	4	177	24	22	15	37	1.93
888461--888577	49	2.4	49	98	0	225	23	27	16	33	1.95
890230--890282	20	2.7	20	91	2	90	30	11	18	39	1.86
890325--890349	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
890358--890487	51	2.5	52	91	2	217	35	20	16	27	1.94
891871--891936	19	3.7	19	75	24	72	33	12	19	34	1.89
891924--891948	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
891872--891971	31	3.1	32	91	4	157	34	13	19	34	1.90
892009--892033	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
892022--892172	52	2.9	53	90	3	236	33	18	17	30	1.94
898581--898740	63	2.5	63	94	0	275	33	18	15	33	1.92
902182--902334	62	2.4	63	84	11	186	30	24	13	31	1.94
902182--902333	31	4.7	32	82	8	152	30	23	13	31	1.94
902769--902806	20	1.9	20	94	0	67	42	10	10	36	1.74
902889--902937	20	2.5	20	96	0	89	30	20	16	32	1.94
902926--902976	20	2.6	19	78	6	57	43	15	15	25	1.86
909735--909863	52	2.5	52	90	0	213	29	18	16	35	1.93
909872--909896	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
909941--910010	31	2.2	32	92	2	115	38	18	10	32	1.84
909951--910026	19	4.4	19	73	20	76	35	17	10	36	1.84
910767--911427	53	13.6	51	64	20	201	30	19	26	24	1.98
910820--911988	43	24.8	43	70	16	684	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910766--911762	96	10.4	96	91	1	1558	30	18	25	24	1.98
910766--911762	191	5.2	190	91	1	1543	30	18	25	24	1.98
911718--911950	92	2.5	92	89	0	367	30	17	26	26	1.97
912009--912189	32	5.7	33	81	10	209	19	16	32	31	1.94
912002--912189	65	3.0	64	84	6	235	20	17	31	30	1.95
912186--912411	61	3.6	61	82	7	283	32	12	34	19	1.90
912299--912523	95	2.3	97	90	5	341	32	14	32	19	1.92
912385--912507	61	2.0	64	87	6	180	29	15	34	20	1.93
912509--912854	32	11.1	31	81	5	385	31	17	28	22	1.97
912512--912849	62	5.5	62	92	2	529	30	18	28	22	1.97
914129--914186	16	3.7	15	80	8	62	1	0	17	81	0.78
914145--914183	5	7.8	5	86	11	53	2	0	12	84	0.72
914129--914196	33	2.1	33	83	10	86	2	1	16	79	0.93
920209--920255	21	2.3	20	85	7	67	42	14	19	23	1.88
921133--921185	10	5.6	10	80	13	67	30	9	13	47	1.74
921135--921185	17	2.8	18	76	11	59	31	9	13	45	1.76
921458--921483	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
921470--921546	32	2.4	32	95	0	136	29	19	20	29	1.97
921503--921631	52	2.5	52	97	0	240	34	17	18	28	1.94
924750--924900	52	2.9	51	86	3	194	31	13	19	35	1.91
924813--924851	20	2.0	19	90	5	60	28	7	17	46	1.76
924889--924913	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924957--925036	13	5.4	13	71	25	61	33	16	15	35	1.90
924965--925025	18	3.7	18	75	20	78	34	16	14	34	1.89
924957--925036	31	2.6	31	95	0	151	33	16	15	35	1.90
926319--926403	28	3.2	28	67	24	83	45	4	7	42	1.52
926306--926419	52	2.2	52	98	0	219	42	7	8	41	1.63
928074--928128	21	2.6	21	82	8	67	18	16	1	63	1.39
928082--928132	21	2.4	21	87	6	68	17	15	1	64	1.38
930283--930325	21	2.2	19	87	8	59	67	16	0	16	1.24
935372--935437	27	2.4	27	100	0	132	16	15	43	24	1.86
937540--937668	52	2.5	52	89	0	213	27	16	18	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8