genome.fa.s96.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold96
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013983

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106--2208	1	103.0	1	72	0	71	85	14	0	0	0.60
2106--2208	19	5.2	19	79	20	106	85	14	0	0	0.60
2120--2208	31	2.9	30	83	11	117	85	14	0	0	0.60
3647--3906	30	8.7	30	71	11	142	28	28	16	26	1.97
3711--3763	27	2.0	27	88	0	79	33	32	16	16	1.92
3832--3930	30	3.3	28	85	8	117	35	31	16	17	1.92
3950--4177	48	4.7	48	74	16	211	27	25	16	30	1.97
3960--4035	22	3.3	22	66	25	57	25	22	19	32	1.97
4094--4245	52	2.8	53	81	4	189	25	23	15	35	1.94
5112--5136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5092--5158	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
5199--5223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5232--5412	52	3.5	52	96	0	317	34	18	17	29	1.93
18738--18780	15	2.9	15	92	0	68	39	27	2	30	1.69
29433--29458	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
33525--33555	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
35762--35807	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
36083--36125	20	2.1	20	82	4	50	20	41	25	11	1.86
44048--44072	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44122--44177	20	2.8	20	89	2	78	39	16	14	30	1.88
50526--50551	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50504--50571	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50623--50672	19	2.5	20	83	3	66	28	16	22	34	1.95
54440--54494	22	2.5	22	82	11	67	38	0	1	60	1.08
54498--54536	15	2.5	16	83	8	53	46	2	2	48	1.29
55373--55409	15	2.5	15	86	0	56	43	0	2	54	1.14
55670--55723	16	3.4	16	78	19	60	51	0	0	48	1.00
55720--55757	16	2.3	17	90	4	60	28	0	0	71	0.87
55717--55768	19	2.8	19	77	8	54	30	0	0	69	0.89
56675--56720	23	2.0	23	83	8	58	36	0	0	63	0.95
57312--57352	17	2.4	18	80	15	52	43	0	0	56	0.99
57285--57362	28	2.8	29	71	9	72	46	0	0	53	1.00
57410--57452	22	1.9	22	85	4	59	37	2	0	60	1.10
57484--57537	25	2.2	24	83	12	65	40	3	3	51	1.37
57534--57580	9	4.7	10	79	15	53	68	0	0	31	0.90
57548--57593	17	2.8	17	75	15	51	65	0	0	34	0.93
57552--57595	15	3.1	15	80	12	56	68	0	0	31	0.90
57534--57597	13	4.8	13	72	22	53	65	0	0	34	0.93
57806--57868	25	2.4	27	84	7	85	63	0	3	33	1.10
57822--57882	25	2.6	24	82	12	65	67	0	0	32	0.91
59330--59380	22	2.2	24	80	16	63	54	1	0	43	1.11
59364--59404	21	1.9	22	90	5	66	36	0	0	63	0.95
59418--59461	23	1.9	23	86	9	63	38	0	4	56	1.20
59578--59618	19	2.2	20	86	8	59	48	7	4	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59705--59752	21	2.3	21	85	7	62	52	6	6	35	1.52
59818--59865	20	2.5	18	78	15	51	45	0	4	50	1.21
60524--60575	23	2.2	25	83	13	65	48	1	0	50	1.12
61486--61529	6	7.3	6	82	10	54	31	2	0	65	1.05
61486--61529	13	3.7	12	79	11	54	31	2	0	65	1.05
61763--61791	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
61890--61935	21	2.2	21	84	0	56	78	0	8	13	0.97
62993--63040	18	2.5	19	86	6	62	64	0	14	20	1.28
65574--65647	20	3.7	19	82	7	85	31	17	10	40	1.84
67999--68072	28	2.7	27	83	12	80	22	27	20	29	1.98
68188--68303	51	2.3	51	77	3	126	34	27	6	31	1.83
68024--68495	130	3.7	129	77	8	464	29	24	12	33	1.92
71117--71154	20	1.9	20	88	0	58	57	23	0	18	1.40
73247--73707	155	3.0	153	83	3	555	37	20	15	26	1.92
74589--74615	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
82950--82974	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
83028--83078	19	2.6	20	84	6	68	39	15	13	31	1.87
83064--83090	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
83214--83270	21	2.7	21	81	10	62	42	17	7	33	1.76
85096--85121	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85175--85206	10	3.2	10	90	0	55	40	6	28	25	1.79
85154--85270	20	5.5	22	72	17	79	41	8	23	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85120--85270	65	2.3	65	98	0	293	40	7	22	29	1.82
85240--85270	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
85294--85430	53	2.6	53	94	3	231	26	17	19	36	1.94
85400--85470	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
85864--85918	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
85943--85984	21	2.0	21	95	0	75	42	7	19	30	1.78
85971--85996	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88329--89034	52	13.6	50	74	10	481	30	24	10	33	1.90
88543--89037	155	3.2	155	90	2	780	30	24	10	34	1.88
101622--101664	17	2.6	16	88	7	59	88	4	0	6	0.63
101622--101664	20	2.2	20	91	0	68	88	4	0	6	0.63
102625--102830	60	3.4	60	85	6	285	25	27	19	28	1.99
102847--103048	55	3.6	55	80	10	246	26	30	20	22	1.98
102877--103098	61	3.8	60	83	6	267	27	29	19	24	1.98
103191--103293	42	2.5	40	82	13	120	17	28	10	43	1.82
103842--103904	1	63.0	1	74	0	54	87	0	1	11	0.62
103842--103904	9	7.2	9	82	8	69	87	0	1	11	0.62
103842--103904	18	3.7	17	83	10	76	87	0	1	11	0.62
103842--103906	23	2.8	23	88	2	94	86	0	1	12	0.65
103842--103904	26	2.5	24	87	7	90	87	0	1	11	0.62
103988--104042	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
104067--104108	21	2.0	21	95	0	75	40	9	21	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104095--104120	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106482--107332	52	16.4	51	77	7	719	29	25	11	33	1.90
106589--106663	28	2.7	27	83	8	89	24	34	18	22	1.96
106648--107332	51	13.3	51	81	4	548	30	24	10	34	1.90
106481--107332	155	5.5	153	86	5	1005	29	25	11	33	1.90
106481--107332	311	2.7	307	85	4	1066	29	25	11	33	1.90
107345--107526	79	2.3	79	81	1	213	24	29	15	30	1.96
108783--108855	29	2.5	29	100	0	146	26	19	13	41	1.88
108812--108925	51	2.3	50	89	3	176	28	16	11	43	1.82
109816--109855	20	2.0	20	95	0	71	22	12	10	55	1.67
113330--113897	166	3.4	165	86	1	701	49	8	11	30	1.70
113275--113993	166	4.3	163	80	6	635	49	8	11	30	1.69
113333--113991	332	2.0	330	82	5	794	49	9	11	29	1.70
114383--114407	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
122984--123061	32	2.4	32	91	0	129	34	14	17	33	1.90
123078--123115	20	1.9	20	94	0	67	36	10	10	42	1.74
123082--123146	33	2.0	33	84	6	87	32	13	10	43	1.79
129486--129691	78	2.6	78	81	2	225	29	17	29	24	1.97
129643--129714	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
129703--129877	52	3.4	51	79	4	188	32	13	25	29	1.93
132915--133681	55	14.0	54	88	6	1116	22	19	29	28	1.98
133071--133215	26	5.3	26	62	21	73	20	18	33	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132989--133409	28	15.2	28	60	19	109	21	19	30	28	1.97
133455--133541	26	3.3	26	64	12	68	24	17	27	31	1.97
147121--147322	79	2.6	79	83	1	226	29	17	28	24	1.97
147274--147345	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
147334--147511	52	3.4	51	79	4	194	31	12	25	29	1.93
149858--149883	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
149837--149903	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
149923--149990	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
149945--149969	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149926--149988	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8