genome.fa.s96.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold96
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013983

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682929--683119	55	3.4	55	85	2	247	24	20	25	28	1.99
682715--683190	206	2.3	204	89	2	713	25	18	27	27	1.98
684188--684236	10	5.0	10	90	5	64	0	4	12	83	0.77
684192--684237	11	4.3	11	81	13	51	0	2	10	86	0.64
684192--684237	19	2.3	20	85	3	67	0	2	10	86	0.64
687720--687744	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
687733--687782	19	2.6	19	83	0	73	36	12	16	36	1.85
687855--687983	52	2.5	52	89	0	204	36	16	18	28	1.93
703721--703973	79	3.2	78	83	4	278	33	14	24	28	1.94
704164--704235	28	2.6	28	86	6	101	26	18	30	25	1.98
704221--704364	51	2.8	51	83	0	198	36	9	22	31	1.87
706704--706738	16	2.2	16	100	0	70	25	11	25	37	1.90
708959--709027	32	2.1	33	91	2	113	36	10	17	36	1.84
709098--709221	52	2.5	49	90	6	189	34	17	18	29	1.94
723114--723186	7	10.4	7	81	15	89	84	13	1	0	0.68
723071--723186	32	3.6	31	78	11	101	83	11	4	0	0.82
723108--723183	9	8.9	9	78	15	56	84	14	1	0	0.69
723071--723171	1	101.0	1	72	0	67	85	8	4	0	0.79
723069--723177	21	5.2	19	77	16	101	83	11	4	0	0.83
724618--725087	58	8.0	57	83	7	462	31	31	15	21	1.95
724619--725128	89	5.8	88	82	8	519	31	31	15	20	1.94
724619--725087	147	3.2	147	82	8	548	31	31	15	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724947--725138	28	6.7	28	82	7	126	33	28	18	19	1.95
725154--725424	49	5.7	49	80	6	322	24	25	19	30	1.98
725137--725433	92	3.1	96	86	7	399	23	26	18	31	1.97
726188--726212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
726168--726231	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
726167--726250	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
726272--726296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
726305--726433	52	2.5	52	93	0	213	35	17	17	28	1.93
733587--733715	52	2.5	52	93	0	222	28	18	17	35	1.93
733793--733862	31	2.2	32	94	2	124	34	18	12	34	1.89
733819--733843	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
733801--733863	19	3.7	19	72	25	68	34	17	12	34	1.88
734489--735379	49	18.9	49	80	11	943	31	17	25	24	1.97
734643--734720	39	2.0	39	92	0	129	25	23	24	26	2.00
734506--735380	186	4.7	180	88	6	928	31	17	25	24	1.97
734829--734906	39	2.0	39	92	0	129	25	23	24	26	2.00
734913--735380	92	5.0	92	93	1	738	32	17	25	25	1.97
735283--735379	50	1.9	50	87	0	140	35	16	23	24	1.95
735385--735607	32	6.9	32	83	6	270	19	17	32	29	1.95
735385--735602	65	3.4	64	87	3	294	18	18	32	30	1.95
735613--736163	33	16.8	33	76	9	409	32	14	33	20	1.92
735613--736194	67	8.9	64	76	13	396	32	14	32	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735618--736132	100	5.2	100	84	8	578	32	14	33	20	1.92
736015--736097	27	3.0	27	81	8	96	26	16	33	22	1.96
736071--736171	35	3.0	34	84	10	127	33	13	32	19	1.91
736071--736229	30	5.1	30	82	8	158	32	15	30	22	1.94
735881--736229	91	3.7	90	76	15	307	31	15	32	21	1.94
736329--736366	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
737174--737207	17	1.9	17	94	5	59	0	14	5	79	0.91
737658--737682	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
737748--737772	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
737781--737901	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
740852--740889	18	2.2	18	86	9	53	0	2	18	78	0.86
747740--747868	52	2.5	52	88	0	213	27	16	18	37	1.92
747877--747901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
747947--747997	13	3.5	13	76	23	57	35	17	13	33	1.89
747947--748016	31	2.2	32	97	2	133	35	18	12	32	1.89
747955--748036	19	4.7	19	78	18	97	35	17	12	35	1.87
755045--755095	9	5.9	9	77	15	54	86	9	1	1	0.73
755055--755094	12	3.3	12	92	0	71	90	10	0	0	0.47
755045--755125	33	2.4	33	83	2	90	81	9	4	3	0.96
756341--757361	28	35.9	28	84	3	1229	28	29	17	23	1.97
756341--757360	113	9.0	113	85	4	1259	29	29	17	23	1.97
758238--758358	20	5.6	20	69	18	89	29	16	11	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762140--762315	90	2.0	90	82	4	221	45	13	18	22	1.84
763045--763523	154	3.0	156	80	11	560	29	12	8	50	1.68
762907--763526	166	3.8	163	82	8	642	30	12	8	49	1.68
763207--763708	166	3.0	163	80	6	487	31	11	8	48	1.69
764028--764057	12	2.4	12	94	5	51	80	0	20	0	0.72
765101--765171	34	2.1	35	85	10	96	40	5	0	53	1.24
769515--769570	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
770156--770213	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
770265--770413	52	2.9	51	89	4	226	33	18	16	31	1.93
784221--784300	1	80.0	1	77	0	79	88	11	0	0	0.51
784221--784306	10	8.7	10	86	7	122	87	12	0	0	0.55
784221--784306	19	4.4	19	89	7	111	87	12	0	0	0.55
784221--784299	21	3.7	21	90	9	117	88	11	0	0	0.51
784283--784324	3	14.7	3	87	5	52	73	23	0	2	0.94
784221--784327	26	4.1	26	81	12	114	84	14	0	0	0.68
784221--784303	25	3.3	25	77	13	89	87	12	0	0	0.53
785757--785883	30	4.1	30	76	13	96	22	31	14	32	1.93
785757--785820	29	2.1	31	88	5	96	25	28	14	32	1.94
785796--785945	37	4.5	34	75	15	150	19	33	14	33	1.91
785786--785970	34	5.4	34	73	13	103	21	32	12	33	1.90
785952--786086	31	4.2	33	84	8	181	27	35	17	19	1.94
787011--787101	20	4.9	20	74	18	90	29	10	13	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787053--787077	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
787033--787099	33	2.0	33	100	0	134	29	11	11	46	1.77
787140--787164	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
787173--787301	52	2.5	52	93	0	213	34	19	17	28	1.94
792494--792521	13	2.2	13	100	0	56	32	25	14	28	1.94
796052--796085	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
797664--797713	20	2.5	19	87	12	66	38	20	12	30	1.88
799735--800114	154	2.5	154	81	5	430	42	18	14	25	1.88
801760--801917	48	3.3	46	78	3	154	20	22	18	39	1.93
801905--802079	44	4.0	44	72	7	122	21	24	14	40	1.91
801918--802079	88	1.8	88	89	0	252	20	24	14	40	1.90
801938--802178	88	2.7	87	81	5	270	22	23	14	39	1.91
802317--802562	42	5.9	42	78	2	190	13	27	19	38	1.90
802317--802559	84	2.9	84	78	3	247	13	27	19	38	1.90
802537--802636	42	2.4	42	78	6	114	20	26	15	39	1.91
802916--803127	82	2.6	83	80	4	232	17	24	14	43	1.86
804221--804866	167	3.9	166	84	3	742	27	12	7	52	1.66
804221--804883	166	4.0	168	82	4	714	27	13	7	51	1.67
805338--805376	18	2.1	19	85	4	53	46	7	30	15	1.74
807377--807978	153	3.9	154	78	7	634	24	18	20	36	1.94
807956--808001	23	2.0	23	100	0	92	26	21	21	30	1.99
812862--812916	20	2.8	20	86	5	76	41	9	14	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813989--814087	32	3.1	31	82	5	108	22	19	32	26	1.97
814042--814986	28	33.6	28	84	5	984	24	18	28	28	1.98
814995--815082	14	6.6	14	70	10	58	36	18	10	35	1.84
824581--824606	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
824645--824720	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
824665--824738	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
824645--824738	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
827187--827225	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
827211--827289	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
831138--831182	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8