genome.fa.s99.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold99
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1377724

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1130 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4526--4585	6	9.7	6	73	20	52	46	0	1	51	1.10
4526--4558	17	1.9	17	93	0	57	39	0	3	57	1.14
4528--4566	17	2.3	17	86	0	51	43	0	2	53	1.14
4575--4627	21	2.6	20	85	11	72	39	0	0	60	0.97
4617--4664	18	2.5	20	90	10	73	62	2	0	35	1.07
5321--5437	14	8.5	13	67	21	53	57	0	0	42	0.98
5322--5438	28	4.1	29	69	22	77	57	0	0	42	0.98
5365--5435	20	3.4	21	77	13	58	56	0	0	43	0.99
5375--5437	21	3.0	21	77	11	65	60	0	0	39	0.97
10493--10592	49	2.0	49	84	7	132	48	0	4	48	1.20
10897--10929	17	1.9	17	88	11	50	51	0	0	48	1.00
11603--11643	21	1.9	22	90	5	66	46	0	0	53	1.00
13268--13309	6	7.0	6	100	0	84	0	83	16	0	0.65
13351--13384	15	2.1	16	89	10	52	26	0	2	70	1.01
13599--13663	18	3.7	18	78	19	75	44	0	1	53	1.09
13586--13663	32	2.5	31	85	8	106	44	0	1	53	1.08
13620--13689	23	3.0	24	72	18	67	45	0	0	54	0.99
13658--13727	26	2.7	28	71	22	71	38	1	0	60	1.06
14422--14471	21	2.5	20	80	9	57	56	2	0	42	1.11
15314--15360	18	2.7	18	83	3	60	65	0	0	34	0.93
19293--19317	8	3.1	8	100	0	50	40	36	12	12	1.79
21021--21203	34	5.4	34	88	0	260	25	7	26	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21508--21570	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
25636--25820	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
25636--25820	102	1.8	101	94	1	325	25	7	26	40	1.82
32356--32413	18	3.1	18	78	14	64	60	0	0	39	0.97
32356--32427	17	4.0	18	75	16	51	58	0	0	41	0.98
35270--35333	32	2.0	33	90	3	103	46	0	1	51	1.10
35668--35692	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
37218--37329	39	3.0	37	79	14	97	36	0	3	58	1.21
37352--37424	22	3.2	23	79	13	71	38	4	4	53	1.39
37531--37565	15	2.3	15	90	9	54	68	0	0	31	0.90
37532--37580	19	2.5	19	83	6	53	71	2	0	26	0.97
37524--37580	21	2.8	21	81	5	64	71	3	0	24	1.01
37650--37742	42	2.2	43	94	1	161	61	2	20	16	1.44
45120--45154	1	35.0	1	94	0	61	0	97	0	2	0.19
45461--45503	14	2.9	14	82	6	50	48	0	0	51	1.00
46947--46983	4	9.2	4	93	0	65	0	21	24	54	1.45
47653--47753	15	6.7	15	68	18	59	53	1	1	42	1.23
47720--47767	20	2.4	18	80	16	51	54	0	0	45	0.99
51825--51875	2	25.5	2	95	0	93	50	0	0	49	1.00
52719--52767	21	2.3	21	89	0	71	18	24	10	46	1.79
54457--54523	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
54477--54501	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54564--54588	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54577--54712	52	2.6	53	87	5	190	33	17	16	32	1.93
54597--54712	52	2.3	51	93	1	196	34	17	17	31	1.93
56303--56335	11	3.0	11	83	16	50	27	12	0	60	1.32
58856--58882	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
68304--68417	1	114.0	1	72	0	75	85	7	3	3	0.83
68303--68417	17	6.4	17	75	14	97	84	8	3	3	0.85
68309--68415	42	2.5	42	83	8	137	84	8	3	3	0.86
68309--68417	21	5.2	21	79	10	116	84	8	3	3	0.85
69859--70308	30	15.3	29	76	9	308	29	29	16	24	1.97
69918--69970	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
70068--70324	88	2.9	88	91	2	385	32	29	17	20	1.96
69855--70324	58	8.0	59	75	10	331	29	29	17	23	1.97
70329--70566	49	4.9	48	85	9	306	26	25	16	31	1.96
70421--70513	43	2.2	43	98	0	177	26	25	17	30	1.97
70423--70491	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
70375--70566	92	2.0	95	92	4	318	26	25	16	32	1.96
70467--70620	52	2.9	53	80	6	186	24	24	16	35	1.94
71400--71466	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
71420--71444	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71507--71531	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71540--71655	52	2.2	52	95	1	207	34	18	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81695--81746	20	2.6	20	75	0	59	3	15	9	71	1.27
84457--84665	116	1.8	116	100	0	418	50	11	17	19	1.77
86588--86659	27	2.7	27	93	0	117	16	15	41	26	1.88
86618--86858	97	2.5	97	93	0	401	26	13	32	28	1.93
87355--87383	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
87177--87959	389	2.0	389	99	0	1539	38	14	18	28	1.90
87744--87772	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
89390--89486	51	1.9	51	80	0	113	40	14	15	29	1.87
94965--95800	27	30.7	27	77	8	382	23	30	15	30	1.95
94976--95832	54	15.7	54	78	7	624	24	30	15	30	1.95
94976--96217	28	45.2	28	82	5	659	26	29	16	27	1.96
94976--95766	82	9.6	82	78	7	513	23	30	15	30	1.95
95141--96377	56	22.2	56	79	7	695	27	30	16	26	1.97
95748--95795	24	2.0	24	91	0	78	22	27	14	35	1.93
95778--96307	28	18.8	28	86	3	661	30	28	17	23	1.97
96261--96445	63	2.9	65	83	4	234	31	27	17	24	1.97
96261--96441	32	5.8	32	71	13	142	30	27	17	24	1.97
99874--99922	26	1.9	25	87	4	71	51	12	12	24	1.73
102898--102950	20	2.7	20	93	0	88	39	11	9	39	1.74
102951--103025	20	3.8	19	89	5	114	33	16	18	32	1.93
103009--103048	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
109941--109973	15	2.2	15	94	0	57	30	27	0	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112694--112948	41	6.3	40	76	6	192	18	21	14	44	1.86
112711--112952	40	6.0	40	77	4	207	18	22	15	43	1.87
112754--112990	81	2.9	81	82	2	253	18	23	15	43	1.88
112694--112966	40	6.8	40	77	3	206	18	22	14	44	1.86
112730--112995	81	3.3	81	78	5	223	17	23	15	43	1.87
113039--113604	42	13.3	42	67	12	244	18	21	13	46	1.83
113037--113610	253	2.3	254	82	4	676	18	21	13	45	1.84
113031--113610	85	6.9	84	77	9	464	18	21	13	46	1.84
116038--116092	19	2.9	19	91	2	85	45	16	23	14	1.84
116508--116548	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
116588--116658	20	3.5	20	77	11	74	40	15	12	30	1.85
116628--116764	53	2.6	54	92	4	233	37	17	16	27	1.92
116788--116818	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
116806--116861	21	2.6	22	91	5	96	28	23	10	37	1.88
116828--116916	34	2.6	32	76	20	99	29	22	11	37	1.89
116928--116953	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
119433--119492	21	2.9	21	78	12	70	41	16	8	33	1.78
119535--119603	20	3.4	19	74	18	59	31	15	13	39	1.86
123415--123477	19	3.6	19	76	24	84	39	12	15	31	1.85
123434--123488	13	3.8	13	75	25	56	38	12	16	32	1.86
123414--123488	32	2.3	32	100	0	150	40	12	16	32	1.84
123414--123511	32	3.1	31	91	5	126	38	12	15	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129472--129528	21	2.8	20	81	10	62	42	15	8	33	1.78
129599--129648	20	2.5	20	87	6	66	30	14	16	40	1.87
130696--130736	19	2.1	20	86	13	59	26	7	4	60	1.43
131450--131512	33	1.9	33	83	6	83	38	19	9	33	1.84
131542--131614	20	3.7	19	83	7	76	36	17	16	28	1.92
131542--131595	19	2.8	20	85	2	74	35	18	16	29	1.93
132165--132205	21	2.0	21	90	4	66	39	26	7	26	1.82
132821--132846	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
134665--135031	154	2.4	153	79	5	407	25	13	20	40	1.89
137012--137157	50	2.9	51	87	6	224	28	17	10	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10