genome.fa.s99.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold99
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1377724

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1130 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140862--141032	85	2.0	85	100	0	342	29	16	11	42	1.84
141432--141472	20	2.0	21	85	4	57	46	2	0	51	1.14
141238--142197	448	2.1	443	76	13	930	43	9	5	41	1.59
142764--142803	21	1.9	21	84	0	53	37	2	10	50	1.50
143578--143608	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
143558--143624	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
143645--143697	20	2.7	20	100	0	106	39	18	18	22	1.92
146148--146176	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
152388--152444	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
152429--152455	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
152442--152507	20	3.7	20	69	26	74	40	18	16	24	1.90
152410--152507	33	3.0	33	92	1	162	40	17	16	25	1.90
153048--153089	21	2.0	21	100	0	84	28	19	14	38	1.90
153214--153274	20	3.0	20	90	4	88	42	9	19	27	1.83
153241--153315	20	3.6	21	82	10	84	36	12	12	40	1.79
155724--156322	79	7.6	78	82	6	622	27	24	12	35	1.92
155724--156323	236	2.5	234	83	3	731	27	24	12	35	1.92
156256--156369	51	2.2	51	90	3	176	27	25	12	35	1.91
157165--157194	14	2.1	14	93	0	51	36	20	16	26	1.93
158458--158491	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
169957--169981	10	2.5	10	100	0	50	32	36	12	20	1.89
169974--170003	15	2.0	15	93	0	51	26	30	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170313--170418	54	2.0	54	86	3	151	26	21	15	36	1.93
170368--170626	79	3.3	78	81	4	272	28	25	10	35	1.89
173940--174513	61	9.4	61	79	4	552	25	27	17	29	1.98
173940--174513	183	3.1	182	82	5	669	25	27	17	29	1.98
175102--175168	20	3.2	20	82	4	71	32	11	8	46	1.72
177496--177763	79	3.4	79	83	1	322	29	22	11	36	1.89
177797--177906	51	2.2	50	86	4	159	28	28	9	34	1.87
177891--177940	27	1.9	25	88	8	73	22	22	20	36	1.96
181013--181079	26	2.4	29	83	11	79	50	8	2	37	1.49
182397--182421	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
182377--182441	33	2.0	32	85	11	87	33	16	13	35	1.89
184961--185000	13	3.1	13	88	0	62	42	12	12	32	1.80
188162--188290	52	2.5	52	94	0	222	28	18	17	34	1.94
188162--188310	52	2.9	51	87	4	210	30	18	18	33	1.94
188386--188410	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192431--192506	32	2.4	32	91	4	118	27	17	19	35	1.94
192515--192539	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192582--192679	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
192577--192677	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
192601--192657	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
197556--197802	97	2.5	97	86	0	350	28	13	29	28	1.94
199934--200094	20	7.7	20	76	9	151	42	11	14	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199934--200094	40	3.8	40	76	10	178	42	11	14	31	1.80
199934--200105	87	2.0	87	92	0	290	43	11	15	30	1.81
201021--202140	28	38.3	28	79	8	920	23	17	29	29	1.97
201021--202068	117	8.9	114	82	6	955	23	17	29	29	1.97
201021--202028	175	5.7	173	82	7	1043	23	17	29	29	1.97
202059--202371	27	11.4	27	89	1	419	27	15	32	24	1.95
203774--203835	22	2.8	24	79	16	71	6	12	9	70	1.31
206671--206837	78	2.1	78	78	12	180	38	11	22	28	1.88
206791--207066	51	5.3	51	72	10	227	30	13	28	27	1.94
206894--206967	28	2.7	27	87	8	96	25	17	32	24	1.97
206771--207135	158	2.3	157	90	2	572	32	13	27	26	1.94
207050--207126	28	2.7	30	86	7	108	25	19	31	23	1.98
206771--207232	158	2.9	156	85	4	568	31	14	27	26	1.95
207110--207225	51	2.3	51	89	0	169	27	14	29	28	1.95
209523--209629	20	5.7	20	73	18	88	42	12	15	29	1.84
210226--210353	40	3.1	40	72	10	116	43	10	26	18	1.83
210358--210636	42	6.5	42	76	11	205	40	12	25	21	1.88
210402--210636	87	2.7	88	88	3	341	41	12	26	20	1.87
210614--210965	61	5.8	59	84	8	399	28	21	24	25	1.99
210614--210971	123	2.9	123	88	2	526	29	20	24	24	1.99
210632--210972	184	1.8	185	85	5	485	30	20	25	24	1.99
210918--211089	94	1.8	94	89	1	272	25	19	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211038--211201	57	2.9	56	79	8	199	26	20	23	29	1.99
210858--211149	151	1.9	152	85	6	401	26	18	27	27	1.98
211037--211203	55	3.0	54	84	4	210	25	20	25	28	1.99
210818--211383	206	2.7	205	84	6	708	27	19	26	26	1.99
211374--211414	21	2.0	21	85	0	55	39	12	26	21	1.89
211217--211892	60	11.4	60	82	7	710	28	19	26	25	1.99
211217--211892	123	5.7	121	81	8	748	28	19	26	25	1.99
211211--211899	183	3.9	184	86	6	852	28	19	26	25	1.99
218032--218230	79	2.5	80	79	9	226	37	13	21	28	1.91
218184--218301	51	2.3	51	88	0	173	31	13	27	27	1.94
218315--218411	51	1.9	51	93	0	167	31	11	26	29	1.91
218316--218432	51	2.3	50	86	5	162	30	14	26	28	1.95
218418--218486	28	2.5	28	85	0	93	28	18	30	21	1.97
218106--218463	130	2.8	130	88	1	504	32	13	25	28	1.94
220887--221008	20	6.9	19	67	27	72	40	17	13	27	1.87
220959--220989	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
220907--221008	33	3.1	33	88	0	150	42	16	14	26	1.87
224154--224396	97	2.5	97	87	2	362	31	13	27	27	1.94
226601--226655	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
226551--226683	71	1.9	71	88	0	203	44	12	15	27	1.82
226555--226726	71	2.4	71	84	1	202	43	13	14	28	1.83
226599--226774	91	1.9	91	90	0	280	40	12	15	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226672--226746	20	3.8	20	80	7	80	37	13	13	36	1.84
229037--229061	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
229825--229858	8	4.4	8	85	7	52	85	0	0	14	0.60
229825--229858	15	2.2	16	94	5	61	85	0	0	14	0.60
230042--230099	30	2.0	30	83	12	77	43	0	5	51	1.24
232054--232213	77	2.1	77	85	5	216	56	2	3	36	1.30
233176--233291	50	2.3	50	86	5	155	28	18	12	39	1.88
234714--234788	20	3.8	20	89	0	123	26	14	13	45	1.82
237192--237671	157	3.0	156	82	6	556	27	26	13	32	1.93
237192--237707	236	2.2	236	82	4	592	27	26	13	31	1.94
237192--237677	79	6.2	78	80	5	548	27	26	13	32	1.94
244621--244751	52	2.5	52	92	0	217	26	16	20	35	1.94
244621--244771	52	2.9	50	83	7	185	28	16	20	34	1.94
244760--244784	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
244829--244880	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
244837--244899	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
244829--244899	32	2.2	32	100	0	142	35	19	12	32	1.90
245618--246002	98	4.0	98	88	4	527	31	17	25	24	1.97
245622--245994	49	7.7	49	81	4	436	31	17	25	25	1.97
246011--246513	28	17.5	28	83	5	628	19	17	32	31	1.94
246011--246513	58	8.8	57	91	2	670	19	17	32	31	1.94
246022--246513	86	5.7	87	86	4	638	19	17	32	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247961--248000	9	4.4	9	83	0	53	2	0	17	80	0.83
249176--249243	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
249197--249221	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
249178--249240	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
249283--249308	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
249841--249870	16	1.9	15	93	6	51	80	13	6	0	0.91
251674--252012	52	6.5	53	69	13	170	29	25	12	32	1.93
251788--251862	26	2.8	27	88	8	100	24	33	20	22	1.97
251679--252018	106	3.3	104	70	14	295	29	26	12	31	1.93
251998--252202	79	2.6	79	81	1	223	24	29	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10