genome.fa.s99.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold99
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1377724

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1130 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806285--806365	28	2.8	28	75	23	69	0	0	74	25	0.83
806243--806372	19	6.6	19	76	17	81	0	0	73	25	0.88
806287--806469	66	2.8	66	78	14	184	0	0	67	31	0.95
806317--806472	19	8.6	18	68	20	67	0	0	66	33	0.97
806485--806534	12	4.0	13	78	17	61	0	2	56	42	1.11
806482--806531	23	2.0	23	85	14	64	0	2	58	40	1.10
806486--806624	40	3.5	37	75	13	100	0	2	61	35	1.08
806521--806574	19	2.7	20	77	8	65	0	0	59	40	0.98
806521--806624	40	2.6	42	81	14	114	0	1	63	34	1.06
814580--814604	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814560--814626	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
814667--814691	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814700--814828	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
818139--818169	15	2.1	15	93	0	53	80	3	0	16	0.83
820243--820706	236	2.0	237	82	8	579	32	14	26	27	1.94
820251--820706	79	5.8	78	82	6	458	32	14	25	27	1.94
825611--825744	50	2.7	50	88	1	189	41	17	17	24	1.90
825611--825738	49	2.6	49	89	1	184	41	17	16	25	1.89
826189--826233	20	2.2	20	92	0	72	33	15	11	40	1.83
832757--832794	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
832760--832832	20	3.7	19	82	10	69	34	15	13	36	1.86
842545--842715	88	1.9	88	83	2	218	43	13	12	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843602--843659	29	2.0	29	90	3	91	41	32	5	20	1.75
843791--843845	12	4.8	11	77	14	58	0	18	1	80	0.81
843798--843832	14	2.4	14	95	4	61	0	17	0	82	0.66
844322--844655	165	2.0	164	80	11	380	48	9	11	30	1.71
846145--846215	20	3.5	20	86	3	99	33	18	8	39	1.81
846479--846603	59	2.1	58	82	7	146	47	16	10	26	1.78
846567--846746	58	3.1	57	76	13	172	50	9	14	25	1.73
846567--846748	57	3.2	57	78	9	190	50	9	14	25	1.72
851832--851870	21	1.9	21	94	5	71	43	12	23	20	1.86
852882--852942	20	3.0	20	81	11	79	36	18	9	36	1.84
852889--852942	20	2.6	21	94	2	92	35	18	11	35	1.86
853767--854004	129	1.9	129	88	0	361	37	12	10	39	1.78
861635--861682	19	2.5	20	82	6	62	6	16	4	72	1.20
861720--861787	28	2.4	28	92	0	109	11	22	22	44	1.85
862112--862161	8	6.4	8	83	4	66	20	0	0	80	0.72
862117--862174	15	3.9	15	76	13	57	20	0	1	77	0.86
862114--862174	23	2.8	21	87	7	77	19	0	1	78	0.83
862112--862174	31	2.1	30	88	8	92	20	0	1	77	0.85
862650--862935	43	6.8	43	74	8	151	34	19	30	15	1.93
862667--863244	42	13.8	42	75	8	387	34	18	28	18	1.95
862676--863299	84	7.5	84	79	4	539	34	18	29	18	1.95
867423--867479	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867403--867500	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
867401--867498	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
867541--867565	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
867574--867702	52	2.5	52	96	0	240	35	18	17	27	1.94
882446--882471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
882428--882492	34	2.0	33	90	6	105	44	13	12	29	1.81
886524--886554	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
887050--887075	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
889293--889337	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
891141--891171	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
893190--893264	20	3.5	20	75	16	69	26	16	14	42	1.86
893386--893432	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
893388--893430	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
895787--895812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
898537--898585	13	3.9	13	84	10	66	32	16	18	32	1.93
900348--900443	48	2.0	48	100	0	192	43	4	14	37	1.65
901168--901232	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
901186--901211	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
901168--901232	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
906085--906132	19	2.5	20	82	6	62	6	16	4	72	1.20
906174--906229	28	2.0	28	96	0	103	10	23	21	44	1.83
906542--906616	23	3.4	22	76	10	73	21	0	2	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906564--906632	31	2.2	31	87	5	95	20	0	1	78	0.83
906564--906632	23	3.0	23	84	2	84	20	0	1	78	0.83
906564--906632	8	8.9	8	79	6	70	20	0	1	78	0.83
907818--907874	6	9.5	6	98	0	105	50	14	0	35	1.42
908024--908055	15	2.1	15	100	0	64	31	25	9	34	1.87
916359--916401	3	14.7	3	95	4	79	0	30	0	69	0.88
920480--920513	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
921010--921056	20	2.3	20	92	3	76	55	0	6	38	1.26
921018--921059	20	2.1	20	100	0	84	57	0	4	38	1.20
921222--921296	27	3.0	27	86	9	97	40	0	1	58	1.06
921245--921293	15	3.5	15	70	16	50	42	0	2	55	1.11
921259--921322	30	2.1	30	83	13	78	43	0	1	54	1.09
921489--921536	22	2.2	22	85	7	62	41	2	0	56	1.11
938767--938791	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
938749--938812	33	1.9	33	87	6	94	32	20	14	32	1.92
938842--938880	20	2.0	20	84	0	51	30	7	15	46	1.74
939975--940040	33	2.0	33	100	0	132	36	12	24	27	1.91
941161--941186	10	2.6	10	100	0	52	84	7	0	7	0.77
943774--943863	37	2.4	37	90	0	135	26	26	5	41	1.78
946790--946835	21	2.2	20	88	3	65	39	17	6	36	1.76
948593--948680	20	4.4	20	87	4	126	32	17	10	39	1.83
956665--956712	15	3.2	15	75	0	60	41	41	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960036--960234	76	2.6	78	80	5	208	28	15	30	25	1.96
960194--960267	28	2.6	28	87	8	98	24	17	32	25	1.97
960251--960420	52	3.3	50	79	11	182	32	12	24	29	1.93
960394--960475	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
962894--962919	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
962873--962939	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
962959--963022	19	3.7	18	76	23	75	35	14	12	37	1.83
962981--963005	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
962962--963022	32	1.9	32	96	0	113	36	14	13	36	1.85
963082--963147	21	3.1	21	97	0	123	37	19	10	31	1.86
964233--965020	55	14.3	55	91	4	1170	20	20	30	29	1.97
966002--966049	13	3.8	13	81	15	64	0	2	10	87	0.62
966002--966049	25	2.0	24	91	4	78	0	2	10	87	0.62
966017--966046	11	2.7	11	100	0	60	0	0	6	93	0.35
966002--966048	20	2.4	19	86	6	67	0	2	8	89	0.57
978457--978660	76	2.6	78	80	5	218	28	16	29	25	1.96
978612--978683	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
978672--978841	52	3.3	50	79	11	182	32	12	24	29	1.93
978815--978896	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
981314--981339	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
981293--981359	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
981379--981446	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
981401--981425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
981382--981444	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
981502--981567	21	3.1	21	97	0	123	37	19	10	31	1.86
986443--986954	28	18.3	28	73	8	314	27	29	18	23	1.98
986443--986978	84	6.3	83	73	11	358	27	29	18	23	1.98
986453--986978	112	4.6	111	80	6	447	28	29	19	23	1.98
987192--987276	44	1.9	44	83	4	109	24	23	12	38	1.90
987782--987836	20	2.8	20	82	0	74	34	12	12	40	1.82
994250--994287	20	1.9	20	94	0	67	34	15	10	39	1.82
994310--994364	20	2.7	21	85	5	76	30	18	14	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10