genome.fa.s99.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold99
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1377724

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1130 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685161--686032	28	30.5	28	86	4	1075	29	31	17	22	1.96
685161--686032	284	3.0	284	90	2	1291	29	31	17	22	1.96
685161--686032	227	3.8	228	89	2	1243	29	31	17	22	1.96
691483--691853	185	2.0	185	93	0	625	28	26	14	30	1.95
692077--692139	27	2.3	27	83	0	72	28	31	12	26	1.93
696723--696802	26	3.0	26	77	1	88	37	11	10	41	1.74
703029--703148	61	2.0	60	91	4	197	49	5	6	39	1.51
703119--703178	21	2.7	24	80	17	83	50	0	0	50	1.00
703133--703206	21	3.5	21	80	9	71	47	0	0	52	1.00
703169--703217	26	2.0	23	88	11	71	42	0	0	57	0.99
704256--704288	15	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
704399--704531	60	2.3	60	80	8	150	45	6	6	42	1.53
705483--705548	30	2.2	30	89	5	107	37	3	1	57	1.23
706186--706217	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
707235--707309	37	2.0	37	82	5	89	45	1	2	50	1.24
707421--707467	17	2.9	16	74	20	53	55	0	0	44	0.99
707438--707496	25	2.3	26	82	5	75	49	0	1	49	1.11
708160--708274	49	2.3	49	91	2	178	28	15	20	35	1.93
708516--708552	19	1.9	19	88	0	56	27	29	18	24	1.98
709042--709193	76	2.0	76	98	0	295	35	23	11	29	1.90
711717--712071	176	2.0	177	98	0	694	35	16	20	26	1.94
712896--713013	49	2.4	50	86	1	175	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712896--713019	50	2.5	49	88	1	185	26	17	21	33	1.96
714079--714117	5	7.8	5	88	0	60	79	0	15	5	0.90
716420--716473	17	3.3	17	68	19	51	35	1	5	57	1.33
717107--717169	26	2.3	28	78	8	67	39	3	3	53	1.33
721268--721594	156	2.1	157	82	7	405	40	18	13	26	1.89
721270--721671	156	2.6	155	79	10	367	40	17	13	27	1.88
724005--724517	152	3.4	151	78	6	518	49	9	9	31	1.67
732997--733037	15	2.9	15	89	10	61	85	0	4	9	0.73
733042--733098	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
733154--733221	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
733175--733199	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
733156--733218	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
733261--733286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
733241--733307	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
735637--735769	51	2.6	50	77	8	142	33	24	9	33	1.86
735753--735834	28	2.9	28	83	7	105	25	31	15	26	1.96
737471--737539	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
737495--737519	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
741359--741735	79	4.8	78	77	7	359	32	16	24	26	1.96
741392--741736	158	2.2	158	83	5	421	32	16	25	25	1.96
741675--741794	50	2.4	50	87	1	159	35	14	25	25	1.93
744132--744238	20	4.8	20	76	20	97	42	14	15	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744071--744237	62	2.6	63	84	7	192	42	14	14	28	1.85
744184--744238	20	2.8	20	100	0	110	45	10	14	29	1.79
744824--745056	46	5.5	44	74	14	177	38	12	27	21	1.90
744824--745035	88	2.4	90	81	6	231	41	11	26	20	1.86
745032--745733	61	11.4	60	87	4	872	27	18	27	26	1.98
745032--745735	246	2.9	244	87	4	963	28	18	27	26	1.98
745030--745733	307	2.3	307	87	3	1033	27	18	27	26	1.98
745652--745832	100	1.8	99	85	5	258	24	18	29	27	1.98
746817--746881	1	65.0	1	75	0	58	1	1	9	87	0.67
746817--746881	16	4.1	16	78	4	69	1	1	9	87	0.67
746817--746882	25	2.7	25	84	9	84	3	1	9	86	0.74
746819--746879	31	2.0	31	90	6	97	1	1	9	86	0.70
746817--746882	23	2.7	24	84	11	82	3	1	9	86	0.74
759214--759421	79	2.6	79	79	7	242	36	14	23	25	1.93
759377--759493	51	2.3	50	82	11	141	33	14	25	26	1.94
759297--759571	130	2.1	130	82	4	322	33	14	25	26	1.94
760585--761190	79	7.7	78	80	8	561	33	13	25	27	1.93
760571--761190	157	3.9	156	80	8	607	33	13	24	27	1.93
760596--761190	236	2.5	234	90	4	912	32	13	25	27	1.94
761069--761267	107	1.9	107	87	2	292	32	14	27	26	1.94
761136--761216	28	2.8	28	78	16	85	33	13	28	24	1.93
761169--761223	28	2.0	28	92	0	92	29	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763916--764072	32	5.1	31	84	9	187	22	31	15	29	1.95
763919--764066	62	2.4	62	87	3	208	24	31	16	27	1.97
764014--764821	34	23.8	34	83	8	842	20	33	12	33	1.90
764014--764821	69	11.9	69	81	10	943	20	33	12	33	1.90
764014--764828	208	4.0	208	89	7	1251	20	34	12	33	1.90
764520--764821	71	4.3	71	88	5	461	19	33	11	34	1.88
764826--764896	34	2.1	35	97	2	135	25	39	16	18	1.91
764520--764841	105	3.0	104	88	6	438	19	35	11	33	1.88
764963--765030	21	3.2	21	62	25	52	25	29	17	27	1.97
764942--765166	43	5.1	43	86	6	306	25	24	18	31	1.98
764979--765049	24	3.2	24	61	19	62	23	28	19	28	1.99
764984--765052	22	3.2	22	62	25	56	23	28	17	30	1.97
764942--765219	92	3.0	91	86	6	368	25	24	17	32	1.97
764891--765166	135	2.0	135	91	0	444	25	25	18	31	1.97
765120--765273	52	2.9	52	80	6	175	25	23	14	36	1.93
765138--765462	67	5.5	55	72	16	199	24	24	13	37	1.91
765223--765465	67	3.8	67	78	12	303	25	23	12	38	1.90
765169--765466	122	2.4	121	92	1	479	25	23	12	38	1.90
773613--773638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
774495--775154	94	7.0	94	89	1	928	26	28	17	27	1.98
775101--775596	62	8.1	63	84	4	622	24	26	18	30	1.98
775624--776000	42	8.9	41	72	13	192	21	23	11	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780156--780397	67	3.8	67	79	12	319	38	11	23	26	1.89
780221--780501	55	5.0	54	75	13	210	35	13	24	26	1.92
780159--780431	122	2.2	122	93	1	467	37	12	24	26	1.90
780455--780730	43	6.1	43	84	9	345	30	17	25	25	1.97
780402--780725	92	3.5	91	86	7	388	31	17	25	26	1.97
780569--780637	22	3.2	22	62	25	56	30	17	28	23	1.97
780572--780642	24	3.2	24	61	19	62	28	19	28	23	1.99
780455--780730	135	2.0	135	93	0	471	30	17	25	25	1.97
780730--780794	34	1.9	34	100	0	130	16	18	36	27	1.93
780805--781575	34	22.6	34	84	7	814	33	12	33	20	1.90
781045--781198	27	5.2	28	80	14	159	28	14	36	20	1.92
781133--781574	69	6.4	69	82	6	547	33	12	34	19	1.90
780800--781607	208	3.9	207	88	7	1222	33	12	33	20	1.90
781549--781679	32	4.2	30	81	10	111	30	14	31	23	1.94
781555--781673	62	1.9	62	87	0	175	27	15	31	25	1.96
782617--782648	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
801735--801816	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
801799--801968	51	3.3	50	78	9	189	32	11	26	30	1.91
801951--802023	27	2.6	28	81	14	89	20	20	34	24	1.97
804491--804516	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
804556--804623	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
804578--804602	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804559--804621	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
804679--804735	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
804738--804775	20	1.9	20	94	0	67	13	2	0	84	0.73
805371--805992	55	11.3	54	90	4	883	21	20	30	28	1.98
806161--806380	13	17.4	13	67	16	74	0	1	72	25	0.92
806160--806372	19	11.4	18	67	20	75	0	1	72	25	0.92
806244--806298	20	2.7	21	86	5	69	0	1	76	21	0.88
806291--806370	9	8.7	9	72	5	52	0	0	75	25	0.81
806159--806385	27	8.7	26	69	22	106	0	1	72	26	0.93
806236--806356	28	4.4	28	74	11	81	0	0	73	25	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10