genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  321909

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
506--923	180	2.3	180	79	5	441	42	9	9	38	1.69
1308--2194	178	5.0	175	73	9	589	38	8	10	42	1.69
2041--2317	153	1.8	152	82	7	362	42	8	10	38	1.69
2193--2675	181	2.7	176	79	5	524	42	8	9	39	1.69
2705--4948	181	12.4	180	75	6	1546	40	8	10	40	1.68
2694--16440	362	38.5	358	72	11	6321	40	8	10	41	1.68
2833--16007	719	18.4	722	71	12	2833	40	8	10	41	1.68
2810--16007	539	24.6	541	71	13	1349	40	8	10	41	1.68
4961--5424	181	2.6	182	77	5	465	41	9	9	39	1.70
5444--5957	176	2.9	176	79	7	504	42	7	8	41	1.63
5825--6156	160	2.1	160	82	8	408	40	8	10	41	1.69
5653--6310	341	1.9	337	82	6	801	40	8	9	41	1.67
5985--15860	181	55.6	181	71	12	610	40	8	10	41	1.68
5985--10894	181	27.6	177	72	11	2385	40	8	10	41	1.68
6444--6913	169	2.7	169	78	12	459	40	7	9	42	1.64
6993--7333	182	1.9	182	80	4	402	39	7	10	41	1.68
7437--15905	181	47.6	179	72	11	3635	40	7	10	41	1.68
7420--16517	359	25.6	358	74	10	5534	40	8	10	41	1.68
10770--11085	154	2.0	156	82	7	376	41	8	10	39	1.70
10924--16517	358	15.7	358	73	11	3307	39	8	10	41	1.68
10936--16420	180	30.9	169	71	13	1896	39	8	10	41	1.68
13722--16148	860	2.7	861	81	10	2337	39	7	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16009--16440	178	2.4	171	78	10	420	37	9	9	44	1.68
16200--16813	314	1.9	314	78	9	644	38	8	10	42	1.71
16031--17007	490	2.0	493	82	6	1189	38	8	10	41	1.71
16524--20365	356	10.7	350	71	12	1380	39	8	10	41	1.70
16536--20304	180	20.9	178	72	10	1884	39	8	10	40	1.71
16545--20304	179	20.8	178	72	11	1707	39	8	10	40	1.71
27563--27600	20	1.9	20	89	10	60	34	15	0	50	1.45
29690--30662	181	5.4	180	79	4	929	41	9	7	41	1.67
29686--30662	360	2.7	355	80	4	1045	41	9	7	40	1.67
29690--30662	538	1.8	540	81	4	1237	41	9	7	41	1.67
31906--32140	118	2.0	118	81	5	278	41	6	8	42	1.61
32025--33182	180	6.5	177	76	8	906	39	7	10	41	1.68
32091--33061	356	2.7	355	77	7	937	39	7	10	42	1.68
32025--33182	176	6.5	176	76	8	868	39	7	10	41	1.68
43046--44599	181	8.7	179	77	7	1122	42	10	7	39	1.68
44607--45173	180	3.1	182	81	4	614	41	8	8	41	1.66
45328--46429	537	2.1	537	82	4	1314	39	10	9	41	1.72
45328--46427	180	6.1	179	74	7	747	39	10	9	41	1.72
46491--48237	181	9.7	181	76	6	1368	41	10	8	39	1.70
46505--48078	538	2.9	528	80	6	1580	41	10	7	40	1.69
49951--50027	38	2.0	38	84	0	100	28	29	11	29	1.92
55743--60648	181	27.4	179	72	10	2596	41	10	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55742--60652	361	13.7	360	74	9	2921	41	10	8	39	1.70
57189--57239	17	2.8	19	77	17	72	39	9	7	43	1.67
57680--57728	19	2.6	19	93	0	80	55	2	12	30	1.48
57822--60648	180	15.9	176	71	11	1092	41	10	8	39	1.70
58128--58792	354	1.9	355	82	5	842	41	10	9	38	1.70
59570--60550	358	2.7	352	76	9	894	40	9	8	40	1.69
61393--62621	180	6.9	181	76	9	495	39	11	8	40	1.71
60743--71981	361	31.3	362	71	11	4171	41	9	8	40	1.69
60676--69947	181	51.6	179	72	11	4149	41	10	8	39	1.69
63160--63953	360	2.2	364	80	5	876	44	8	8	38	1.64
64078--71981	181	44.5	180	73	11	4423	41	9	8	40	1.68
68930--68962	16	2.1	16	88	11	50	51	6	9	33	1.58
69555--69587	16	2.0	17	88	5	50	36	9	6	48	1.60
69388--69710	169	1.9	168	84	3	434	43	9	6	40	1.64
69777--70082	168	1.8	168	83	2	409	41	9	10	38	1.71
71671--71723	18	3.0	18	72	13	56	35	7	7	49	1.60
71100--71992	360	2.5	359	77	7	894	41	8	8	41	1.67
72505--73975	181	8.2	180	76	7	619	39	8	9	41	1.69
72399--75481	360	8.6	356	73	11	1424	40	8	9	42	1.67
72399--82717	539	19.3	537	70	13	2782	40	8	9	42	1.68
74207--74522	160	2.0	158	84	1	407	43	6	9	39	1.64
74365--75513	181	6.4	182	78	6	991	40	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75409--75690	149	1.9	148	87	7	421	37	7	10	44	1.67
75558--76682	181	6.2	179	75	8	877	40	8	9	41	1.68
76037--76069	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
75525--76656	542	2.1	543	79	5	1216	40	8	10	41	1.69
76719--78270	181	8.7	180	74	10	1093	39	8	10	41	1.70
76734--78270	355	4.3	359	73	10	870	39	8	10	41	1.70
78141--78415	145	1.9	146	86	6	398	39	6	9	44	1.63
77748--78774	504	2.0	502	82	4	1210	40	7	9	41	1.67
77605--78914	685	1.9	682	81	6	1607	40	7	9	42	1.65
78281--79662	359	3.9	353	75	10	1088	40	7	8	42	1.65
78281--79606	180	7.4	175	73	11	596	40	7	8	42	1.64
80385--82722	181	13.0	180	77	6	1886	39	7	9	42	1.67
80385--82721	899	2.6	892	80	4	2477	39	7	9	42	1.67
79721--82726	720	4.2	714	76	7	2385	39	7	10	42	1.68
82679--82764	18	4.9	17	71	13	59	44	9	8	38	1.66
82669--82776	53	2.0	53	100	0	216	41	9	9	39	1.69
83887--86374	181	13.9	181	77	6	1961	41	7	9	41	1.66
85771--85803	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
86365--88215	181	10.3	181	76	8	1362	41	8	9	41	1.67
86365--88215	180	10.3	173	73	11	927	41	8	9	41	1.67
86365--88207	546	3.4	536	77	8	1667	40	8	9	41	1.66
88446--88713	134	2.0	133	83	2	340	41	9	10	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88579--96494	181	44.0	180	72	10	3902	42	9	8	39	1.68
88724--94605	356	16.4	357	70	12	916	41	9	8	39	1.68
90693--91209	183	2.8	180	84	3	617	43	9	6	39	1.65
91578--91953	201	1.9	201	80	3	443	41	7	8	42	1.65
88589--96467	538	14.6	536	72	10	2984	42	9	8	40	1.68
94175--94207	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
94592--94665	34	2.2	34	85	0	94	31	6	12	50	1.66
91779--96494	182	26.2	176	71	12	1276	42	10	7	39	1.67
96605--97949	181	7.4	180	80	5	1211	41	8	8	41	1.66
97934--97972	19	2.1	19	90	0	60	48	10	0	41	1.37
97785--98104	162	2.0	162	82	1	390	40	7	8	43	1.63
98331--100689	181	13.2	177	74	9	637	39	7	10	42	1.68
98200--103761	180	30.8	179	72	11	2580	40	7	9	42	1.66
98557--100471	719	2.7	711	78	6	1890	39	8	10	42	1.68
98504--100677	898	2.4	892	78	6	2197	39	8	10	42	1.68
97948--103761	360	16.1	359	72	10	2913	40	7	9	42	1.66
103827--104780	180	5.3	182	72	10	551	40	8	9	41	1.67
104372--104419	19	2.6	19	96	3	89	50	10	4	35	1.56
105000--105580	179	3.2	182	76	7	461	40	8	9	42	1.67
105877--106789	356	2.6	355	81	4	973	39	8	10	41	1.70
105877--106857	181	5.5	180	75	7	748	39	8	10	40	1.71
106728--107004	147	1.9	146	86	2	394	39	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106372--107337	507	1.9	501	81	5	1167	39	8	9	42	1.68
106847--107572	181	4.0	180	80	4	802	39	8	10	41	1.69
107239--107899	337	2.0	338	80	5	771	40	7	10	41	1.68
107056--108081	518	2.0	519	80	4	1167	39	8	10	41	1.69
108557--109005	179	2.5	180	81	7	527	40	7	8	44	1.63
108996--109266	136	2.0	134	91	2	436	41	8	9	40	1.68
109465--109781	167	1.9	167	84	2	431	41	7	8	42	1.63
111431--112305	349	2.5	349	80	10	892	42	10	6	40	1.66
110926--112305	179	7.9	171	73	13	729	43	10	7	38	1.67
111054--114187	182	17.5	180	71	11	1465	42	10	7	39	1.66

Tables:   1   2   3   4